More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4814 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4814  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 312 aa  626  1e-178  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0274542 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  55.16 
 
 		 310 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  55.16 
 
 		 310 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  54.34 
 
 		 310 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 310 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 310 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 310 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  55.16 
 
 		 310 aa  305  7e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4978  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 309 aa  214  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 307 aa  176  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 313 aa  170  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 315 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 303 aa  169  6e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 311 aa  162  5.0000000000000005e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 303 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 303 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 361 aa  151  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 349 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  34.75 
 
 		 363 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 317 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 348 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 347 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 342 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 342 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 345 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  145  9e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 296 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0474  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 321 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 320 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 315 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 316 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 311 aa  124  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 314 aa  114  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3293  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  30.86 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 304 aa  98.6  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  28.9 
 
 		 332 aa  93.2  6e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 325 aa  92.4  9e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  27.64 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  25.08 
 
 		 306 aa  89  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  26.9 
 
 		 311 aa  88.2  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 293 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3211  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 290 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 293 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 290 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 294 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  22.58 
 
 		 289 aa  86.7  4e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 289 aa  85.9  8e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 301 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 294 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  26 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 318 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 339 aa  83.6  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 318 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 303 aa  82.4  0.000000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.25 
 
 		 311 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  22.7 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2882  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 315 aa  82  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.241105  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  27.49 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2928  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4560  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 285 aa  80.9  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00464208  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  28.01 
 
 		 294 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6530  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 292 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165496 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 294 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 306 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  29.76 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 313 aa  79.7  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 316 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 321 aa  79.3  0.00000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  26.59 
 
 		 332 aa  79  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0603  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2039  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.479863  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>