More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_3626 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



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Organism name

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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_3626  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  100 
 
 
489 aa  980    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6691  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  54.9 
 
 
485 aa  536  1e-151  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6131  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  45.73 
 
 
489 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2387  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  46.03 
 
 
490 aa  442  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178532  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1867  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  39.5 
 
 
480 aa  374  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0456814  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7035  MscS mechanosensitive ion channel  44.81 
 
 
493 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.666416  normal  0.218312 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1460  MscS mechanosensitive ion channel  44.49 
 
 
493 aa  368  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6368  MscS mechanosensitive ion channel  44.49 
 
 
493 aa  368  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1968  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  41.59 
 
 
475 aa  352  8e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805203  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5308  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  38.58 
 
 
508 aa  317  3e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.119708 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5256  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  37.37 
 
 
475 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.584441  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5166  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  37.37 
 
 
475 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0740457  normal  0.0860349 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6888  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  34.27 
 
 
506 aa  280  6e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1178  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  33.47 
 
 
505 aa  270  5.9999999999999995e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.811879  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2775  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  33.61 
 
 
493 aa  267  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.85719 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2519  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  33.06 
 
 
492 aa  266  7e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.806579  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1534  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  34.6 
 
 
501 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231252  normal  0.283254 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2440  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  33.94 
 
 
509 aa  254  3e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00769093 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0258  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  32.77 
 
 
492 aa  243  5e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.986681 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5823  MscS mechanosensitive ion channel  31.62 
 
 
345 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.440829 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2790  MscS mechanosensitive ion channel  31.27 
 
 
335 aa  170  6e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.756482  normal  0.557915 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2122  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  28.2 
 
 
489 aa  164  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.510942  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2712  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  25.58 
 
 
507 aa  145  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0470198  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1546  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  24.39 
 
 
479 aa  111  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2303  MscS Mechanosensitive ion channel  24.19 
 
 
512 aa  96.3  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.697138  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  23.47 
 
 
472 aa  95.1  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4726  MscS mechanosensitive ion channel  30.59 
 
 
325 aa  92  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.440183  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4274  hypothetical protein  29.28 
 
 
368 aa  91.7  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4144  MscS mechanosensitive ion channel  29.62 
 
 
311 aa  90.9  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.789982 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  22.54 
 
 
637 aa  90.5  7e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4255  mechanosensitive (MS) ion channel protein  28.95 
 
 
311 aa  90.1  9e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  27.5 
 
 
825 aa  84.7  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  23.29 
 
 
449 aa  84.3  0.000000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3222  MscS mechanosensitive ion channel  27.57 
 
 
866 aa  84.7  0.000000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  30.57 
 
 
304 aa  83.6  0.000000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.243267  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1770  MscS mechanosensitive ion channel  29.78 
 
 
406 aa  82  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12461  transmembrane protein  26.74 
 
 
481 aa  81.3  0.00000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0736  MscS Mechanosensitive ion channel  21.39 
 
 
484 aa  79.7  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.67 
 
 
232 aa  79  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0765  MscS Mechanosensitive ion channel  20.96 
 
 
484 aa  79  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3375  MscS mechanosensitive ion channel  28.48 
 
 
302 aa  78.2  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.190462  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0452  MscS Mechanosensitive ion channel  25.93 
 
 
853 aa  77.8  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372575 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0987  MscS Mechanosensitive ion channel  26.4 
 
 
238 aa  76.6  0.0000000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5283  MscS Mechanosensitive ion channel  24.12 
 
 
376 aa  76.6  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  30.73 
 
 
381 aa  76.3  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  27.46 
 
 
830 aa  76.3  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1464  MscS Mechanosensitive ion channel  28.21 
 
 
338 aa  75.5  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  27.35 
 
 
840 aa  75.9  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  26.05 
 
 
825 aa  75.1  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  30.3 
 
 
400 aa  74.3  0.000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2162  periplasmic binding protein; mechanosensitive ion channel component  23.88 
 
 
794 aa  74.7  0.000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.387859 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1862  MscS mechanosensitive ion channel  23.15 
 
 
867 aa  74.3  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1186  MscS mechanosensitive ion channel  29.41 
 
 
256 aa  73.9  0.000000000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.757811 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1250  MscS mechanosensitive ion channel  25.63 
 
 
361 aa  73.6  0.000000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00000000000414305  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3659  MscS mechanosensitive ion channel  26.25 
 
 
439 aa  73.2  0.000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.19276  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5986  MscS Mechanosensitive ion channel  32.24 
 
 
337 aa  73.6  0.000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2780  hypothetical protein  24.71 
 
 
301 aa  72.8  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.188886  normal  0.0383383 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3071  hypothetical protein  29.05 
 
 
366 aa  72.8  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.962312  normal  0.378174 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  24.66 
 
 
806 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0330  hypothetical protein  25.65 
 
 
287 aa  72.4  0.00000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  31.98 
 
 
380 aa  72  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0381  MscS mechanosensitive ion channel  27.06 
 
 
815 aa  72  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3804  MscS Mechanosensitive ion channel  19.15 
 
 
495 aa  72  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  34.78 
 
 
393 aa  72.4  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2125  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.65 
 
 
809 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0467602  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1852  mechanosensitive ion channel family protein  25.31 
 
 
804 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0601787  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2070  mechanosensitive ion channel family protein  27.65 
 
 
809 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.563687  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0986  mechanosensitive ion channel family protein  27.65 
 
 
808 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.722323  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1153  MscS Mechanosensitive ion channel  36.26 
 
 
352 aa  71.6  0.00000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2264  mechanosensitive ion channel family protein  27.65 
 
 
809 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0641  hypothetical protein  29.1 
 
 
543 aa  71.6  0.00000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  24.66 
 
 
807 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03384  small-conductance mechanosensitive channel  25.25 
 
 
803 aa  71.2  0.00000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.670806  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0141  MscS Mechanosensitive ion channel  31.43 
 
 
373 aa  71.2  0.00000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195967  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2842  MscS mechanosensitive ion channel  26.5 
 
 
369 aa  70.9  0.00000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  24.71 
 
 
859 aa  70.9  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0849  MscS mechanosensitive ion channel  31.39 
 
 
270 aa  70.5  0.00000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.925309  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5803  Small-conductance mechanosensitive channel  27.9 
 
 
284 aa  70.5  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.528701 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3100  MscS mechanosensitive ion channel  27.65 
 
 
820 aa  70.5  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.416731  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5267  MscS mechanosensitive ion channel  27.65 
 
 
820 aa  70.5  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.269062  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3549  MscS mechanosensitive ion channel  24.66 
 
 
803 aa  70.1  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.566467  normal  0.27975 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1417  MscS Mechanosensitive ion channel  31.61 
 
 
304 aa  70.1  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3452  MscS mechanosensitive ion channel  27.06 
 
 
816 aa  70.1  0.00000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203474  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5006  MscS mechanosensitive ion channel  27.65 
 
 
814 aa  70.1  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2392  MscS mechanosensitive ion channel  24.8 
 
 
794 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.211304  hitchhiker  0.00331512 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2316  mechanosensitive ion channel family protein  26.58 
 
 
773 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0226  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  26.71 
 
 
473 aa  69.7  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.512445  normal  0.203081 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  30.12 
 
 
276 aa  69.3  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  24.62 
 
 
843 aa  69.3  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2479  MscS Mechanosensitive ion channel  25.6 
 
 
383 aa  68.6  0.0000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.827266 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1124  MscS Mechanosensitive ion channel  22.32 
 
 
345 aa  68.9  0.0000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.745547  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  26.49 
 
 
270 aa  69.3  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  24.88 
 
 
842 aa  68.9  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2215  MscS mechanosensitive ion channel  25.99 
 
 
820 aa  68.6  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.311174 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  24.79 
 
 
847 aa  68.6  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0707  MscS mechanosensitive ion channel  26.67 
 
 
855 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441898  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0740  MscS mechanosensitive ion channel  26.67 
 
 
803 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333087  normal 
 
 
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NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  25.51 
 
 
624 aa  68.6  0.0000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  24.62 
 
 
844 aa  68.6  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.275364 
 
 
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NC_008391  Bamb_4629  MscS mechanosensitive ion channel  26.13 
 
 
832 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
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