More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_2162 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_2162  periplasmic binding protein; mechanosensitive ion channel component  100 
 
 		 794 aa  1620    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.387859 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2049  MscS mechanosensitive ion channel  32.12 
 
 		 783 aa  367  1e-100  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.124312  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6057  MscS Mechanosensitive ion channel  30.76 
 
 		 779 aa  354  2.9999999999999997e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1599  MscS Mechanosensitive ion channel  28.38 
 
 		 862 aa  328  3e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2052  MscS Mechanosensitive ion channel  27.79 
 
 		 810 aa  266  1e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3392  MscS Mechanosensitive ion channel  26.15 
 
 		 833 aa  246  1.9999999999999999e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3343  mechanosensitive ion channel protein  26.05 
 
 		 813 aa  218  2.9999999999999998e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.183155 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  24.59 
 
 		 842 aa  194  7e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  30.93 
 
 		 299 aa  142  3e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  36.51 
 
 		 845 aa  140  1e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1862  MscS mechanosensitive ion channel  29.37 
 
 		 867 aa  140  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  28.62 
 
 		 830 aa  140  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7380  mechanosensitive ion channel protein  38.31 
 
 		 439 aa  138  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  34.12 
 
 		 685 aa  134  3.9999999999999996e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  38.55 
 
 		 806 aa  134  6e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  31.18 
 
 		 843 aa  134  9e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  31.4 
 
 		 291 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  35.98 
 
 		 832 aa  133  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  29.55 
 
 		 825 aa  132  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  29.95 
 
 		 840 aa  127  5e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  27.18 
 
 		 891 aa  127  7e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1461  MscS Mechanosensitive ion channel  27.18 
 
 		 785 aa  127  9e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3012  MscS mechanosensitive ion channel  32.78 
 
 		 297 aa  126  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1518  hypothetical protein  30.5 
 
 		 732 aa  125  3e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  32.26 
 
 		 874 aa  125  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0579  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 440 aa  125  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0872803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1587  MscS mechanosensitive ion channel  33.67 
 
 		 807 aa  125  4e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.370206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  29.2 
 
 		 637 aa  124  7e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  40.82 
 
 		 796 aa  124  7e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 864 aa  124  8e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0820  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 849 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0343003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  34.57 
 
 		 981 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  31.69 
 
 		 825 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1465  hypothetical protein  30.89 
 
 		 753 aa  123  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1632  mechanosensitive ion channel family protein  31.23 
 
 		 782 aa  122  3e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274059  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5024  potassium efflux system protein KefA, putative  29.86 
 
 		 1134 aa  122  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0501  potassium efflux protein KefA  29.86 
 
 		 1134 aa  122  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0399  potassium efflux protein KefA  30.33 
 
 		 1102 aa  121  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5117  potassium efflux protein KefA  30.33 
 
 		 1102 aa  121  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  30.56 
 
 		 795 aa  120  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  30.6 
 
 		 298 aa  120  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0452  MscS Mechanosensitive ion channel  29.8 
 
 		 853 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0445  potassium efflux protein KefA  29.86 
 
 		 1117 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1608  MscS mechanosensitive ion channel  28.77 
 
 		 868 aa  118  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  32.28 
 
 		 847 aa  118  5e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1712  MscS mechanosensitive ion channel  33.96 
 
 		 291 aa  118  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  32.28 
 
 		 847 aa  118  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  31.18 
 
 		 844 aa  117  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  31.18 
 
 		 843 aa  117  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3447  mechanosensitive ion channel family protein  30.41 
 
 		 816 aa  117  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.597927  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  30.38 
 
 		 636 aa  117  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0156  MscS mechanosensitive ion channel  30.15 
 
 		 437 aa  117  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0421972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  31.49 
 
 		 636 aa  117  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5067  potassium efflux protein KefA  30.33 
 
 		 1102 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  28.22 
 
 		 1235 aa  117  1.0000000000000001e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4940  potassium efflux protein KefA  30.33 
 
 		 1102 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.310149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6436  MscS Mechanosensitive ion channel  28.87 
 
 		 432 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.227593 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3036  transporter, putative  28 
 
 		 1080 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0415629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0057  MscS mechanosensitive ion channel  27.9 
 
 		 437 aa  116  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  31.72 
 
 		 859 aa  116  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  27.82 
 
 		 1120 aa  115  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  27.82 
 
 		 1120 aa  115  3e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0991479 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3204  potassium efflux protein KefA  27.82 
 
 		 1120 aa  115  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  30 
 
 		 1111 aa  115  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  28.3 
 
 		 322 aa  115  3e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  34.21 
 
 		 909 aa  115  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  31.44 
 
 		 472 aa  115  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3045  potassium efflux protein KefA  28.46 
 
 		 1133 aa  114  5e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  34.21 
 
 		 947 aa  114  5e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  31.75 
 
 		 860 aa  114  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5470  MscS mechanosensitive ion channel  32.65 
 
 		 835 aa  114  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3222  MscS mechanosensitive ion channel  32.12 
 
 		 866 aa  114  9e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  31.63 
 
 		 879 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3910  hypothetical protein  28.67 
 
 		 301 aa  113  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4556  MscS Mechanosensitive ion channel  31.12 
 
 		 883 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0198839  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  32.46 
 
 		 910 aa  114  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03384  small-conductance mechanosensitive channel  29.22 
 
 		 803 aa  112  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.670806  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0528  potassium efflux protein KefA  28.72 
 
 		 1120 aa  112  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0581  potassium efflux protein KefA  28.72 
 
 		 1118 aa  112  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.467495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  28.72 
 
 		 1120 aa  112  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0538  potassium efflux protein KefA  28.72 
 
 		 1118 aa  112  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5378  MscS Mechanosensitive ion channel  33.16 
 
 		 909 aa  112  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287309  normal  0.723398 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  28.72 
 
 		 1118 aa  112  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1606  MscS mechanosensitive ion channel  32.09 
 
 		 307 aa  111  5e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.696801  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0136  MscS mechanosensitive ion channel  30.13 
 
 		 451 aa  111  6e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100396  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45100  potassium efflux protein KefA  28.1 
 
 		 1117 aa  110  7.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534635  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  29.83 
 
 		 1144 aa  110  9.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3758  MscS Mechanosensitive ion channel  26.45 
 
 		 809 aa  110  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.992907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2507  MscS mechanosensitive ion channel  26.73 
 
 		 475 aa  110  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1130  potassium efflux protein KefA  29.32 
 
 		 1130 aa  110  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000811569 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00421  hypothetical protein  28.72 
 
 		 1120 aa  109  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  28.72 
 
 		 1120 aa  109  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4765  hypothetical protein  28.28 
 
 		 1108 aa  109  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514219  normal  0.17769 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  28.72 
 
 		 1120 aa  109  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  28.72 
 
 		 1120 aa  109  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4625  hypothetical protein  28.28 
 
 		 1108 aa  109  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.288253  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4744  hypothetical protein  28.28 
 
 		 1108 aa  109  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4708  hypothetical protein  28.28 
 
 		 1108 aa  109  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1206  potassium efflux protein KefA  36.3 
 
 		 1098 aa  109  2e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  28.72 
 
 		 1118 aa  109  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>