More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1968 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1968  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  100 
 
 
475 aa  951    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805203  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5256  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  58.99 
 
 
475 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.584441  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5308  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  58.55 
 
 
508 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.119708 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5166  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  59.65 
 
 
475 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0740457  normal  0.0860349 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1867  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  48.33 
 
 
480 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0456814  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3626  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  41.3 
 
 
489 aa  338  9e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6131  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  40.13 
 
 
489 aa  330  2e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6691  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  42.08 
 
 
485 aa  324  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2387  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  40.04 
 
 
490 aa  311  2e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178532  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7035  MscS mechanosensitive ion channel  36.51 
 
 
493 aa  265  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.666416  normal  0.218312 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1460  MscS mechanosensitive ion channel  36.31 
 
 
493 aa  263  6e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6368  MscS mechanosensitive ion channel  36.31 
 
 
493 aa  263  6e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0258  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  36.24 
 
 
492 aa  258  1e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.986681 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1178  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  32.96 
 
 
505 aa  239  6.999999999999999e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.811879  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6888  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.94 
 
 
506 aa  239  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1534  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  33.19 
 
 
501 aa  227  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231252  normal  0.283254 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2519  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.39 
 
 
492 aa  219  8.999999999999998e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.806579  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2775  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  29.98 
 
 
493 aa  218  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.85719 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2440  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  31.57 
 
 
509 aa  205  2e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00769093 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2122  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.71 
 
 
489 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.510942  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5823  MscS mechanosensitive ion channel  32.41 
 
 
345 aa  168  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.440829 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2790  MscS mechanosensitive ion channel  34.14 
 
 
335 aa  162  1e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.756482  normal  0.557915 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4274  hypothetical protein  29.2 
 
 
368 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4255  mechanosensitive (MS) ion channel protein  29.72 
 
 
311 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4144  MscS mechanosensitive ion channel  29.72 
 
 
311 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.789982 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2712  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  23.03 
 
 
507 aa  95.9  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0470198  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1546  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  20.75 
 
 
479 aa  94  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2303  MscS Mechanosensitive ion channel  23.45 
 
 
512 aa  92.8  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.697138  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  28.16 
 
 
449 aa  91.7  3e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12461  transmembrane protein  25.14 
 
 
481 aa  89  2e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1464  MscS Mechanosensitive ion channel  28.5 
 
 
338 aa  88.6  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  22.87 
 
 
472 aa  88.2  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0226  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  26.84 
 
 
473 aa  82.4  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.512445  normal  0.203081 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  22.95 
 
 
637 aa  81.6  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4726  MscS mechanosensitive ion channel  24.9 
 
 
325 aa  80.9  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.440183  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1186  MscS mechanosensitive ion channel  38.28 
 
 
256 aa  80.1  0.00000000000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.757811 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 
842 aa  79.7  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  26.84 
 
 
840 aa  79.3  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3012  MscS mechanosensitive ion channel  26.79 
 
 
297 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1862  MscS mechanosensitive ion channel  25.41 
 
 
867 aa  78.2  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  24.02 
 
 
304 aa  77.4  0.0000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.243267  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5270  MscS mechanosensitive ion channel  30.86 
 
 
285 aa  76.6  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1770  MscS mechanosensitive ion channel  25.34 
 
 
406 aa  75.9  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1124  MscS Mechanosensitive ion channel  25.21 
 
 
345 aa  75.9  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.745547  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2316  mechanosensitive ion channel family protein  31.21 
 
 
773 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3452  MscS mechanosensitive ion channel  27.98 
 
 
816 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203474  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  31.93 
 
 
910 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5006  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 
814 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  25.64 
 
 
825 aa  75.5  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3482  MscS mechanosensitive ion channel  29.17 
 
 
813 aa  75.9  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144458  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  26.42 
 
 
362 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3100  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 
820 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.416731  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4556  MscS Mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 
883 aa  75.9  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0198839  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5267  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 
820 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.269062  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0986  mechanosensitive ion channel family protein  31.21 
 
 
808 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.722323  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2264  mechanosensitive ion channel family protein  31.21 
 
 
809 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0381  MscS mechanosensitive ion channel  27.38 
 
 
815 aa  74.7  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2070  mechanosensitive ion channel family protein  31.21 
 
 
809 aa  74.7  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.563687  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2125  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  31.21 
 
 
809 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0467602  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1093  MscS Mechanosensitive ion channel  28.19 
 
 
389 aa  73.6  0.000000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.464677  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  26.77 
 
 
879 aa  73.6  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  29.81 
 
 
393 aa  73.6  0.000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2528  MscS mechanosensitive ion channel  31.21 
 
 
817 aa  73.2  0.000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.290655  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3071  hypothetical protein  35.78 
 
 
366 aa  73.2  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.962312  normal  0.378174 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0773  MscS mechanosensitive ion channel  27.47 
 
 
401 aa  72.8  0.00000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4629  MscS mechanosensitive ion channel  27.98 
 
 
832 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1153  MscS Mechanosensitive ion channel  35.14 
 
 
352 aa  72.8  0.00000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5154  MscS mechanosensitive ion channel  27.98 
 
 
814 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0457644  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01752  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  34.19 
 
 
328 aa  72  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.249612  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2392  MscS mechanosensitive ion channel  28.74 
 
 
794 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.211304  hitchhiker  0.00331512 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  26.99 
 
 
1235 aa  72.4  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2479  MscS Mechanosensitive ion channel  27.18 
 
 
383 aa  71.6  0.00000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.827266 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2105  MscS Mechanosensitive ion channel  30.77 
 
 
414 aa  71.6  0.00000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600957  normal  0.059013 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0767  small-conductance mechanosensitive ion channel  26.92 
 
 
401 aa  71.2  0.00000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.967765  normal  0.366005 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  26.92 
 
 
859 aa  71.2  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1599  MscS Mechanosensitive ion channel  24.89 
 
 
862 aa  71.2  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2393  MscS Mechanosensitive ion channel  27.13 
 
 
408 aa  70.9  0.00000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13183  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  32.39 
 
 
316 aa  70.1  0.00000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4029  putative mechanosensitive ion channel  30.3 
 
 
832 aa  70.5  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  28.28 
 
 
843 aa  70.1  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0141  MscS Mechanosensitive ion channel  25.93 
 
 
373 aa  70.1  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195967  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  25.69 
 
 
636 aa  70.1  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1608  MscS mechanosensitive ion channel  27.32 
 
 
868 aa  70.1  0.00000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5628  mechanosensitive ion channel family protein  29.63 
 
 
293 aa  69.7  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0177271  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4017  MscS mechanosensitive ion channel  29.01 
 
 
285 aa  69.7  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1250  MscS mechanosensitive ion channel  26.73 
 
 
361 aa  69.3  0.0000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00000000000414305  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0935  MscS Mechanosensitive ion channel  29.38 
 
 
484 aa  69.7  0.0000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  27.18 
 
 
806 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3549  MscS mechanosensitive ion channel  27.09 
 
 
803 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.566467  normal  0.27975 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5604  mechanosensitive ion channel family protein  30.87 
 
 
293 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0082714  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2842  MscS mechanosensitive ion channel  39.29 
 
 
369 aa  68.6  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  30.46 
 
 
298 aa  68.6  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5331  mechanosensitive ion channel family protein  30.87 
 
 
293 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0115523  hitchhiker  0.00000270411 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0452  MscS Mechanosensitive ion channel  26.24 
 
 
853 aa  69.3  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372575 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  27.54 
 
 
807 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  27.78 
 
 
844 aa  68.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5283  MscS Mechanosensitive ion channel  29.49 
 
 
376 aa  69.3  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5330  mechanosensitive ion channel family protein  29.01 
 
 
293 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.368223  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5664  mechanosensitive ion channel family protein  29.01 
 
 
293 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.11477  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5587  mechanosensitive ion channel family protein  29.01 
 
 
293 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000187397 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>