More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0849 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0849  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 270 aa  555  1e-157  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.925309  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1093  MscS mechanosensitive ion channel  73.23 
 
 		 271 aa  420  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.746887  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2715  small-conductance mechanosensitive channel  39.04 
 
 		 270 aa  171  2e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0141  MscS Mechanosensitive ion channel  36.64 
 
 		 373 aa  152  8e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195967  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1524  mechanosensitive ion channel  31.08 
 
 		 291 aa  144  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.288114  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0108  MscS mechanosensitive ion channel  30.35 
 
 		 291 aa  144  2e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2049  mechanosensitive ion channel  30.2 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.492316  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02267  hypothetical protein  31.58 
 
 		 292 aa  129  4.0000000000000003e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5463  MscS Mechanosensitive ion channel  31.62 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2895  helix-turn-helix, AraC type  29.02 
 
 		 264 aa  113  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0170548 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0330  hypothetical protein  28.75 
 
 		 287 aa  112  5e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0987  MscS Mechanosensitive ion channel  34.29 
 
 		 238 aa  106  5e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2830  MscS mechanosensitive ion channel  27.39 
 
 		 269 aa  90.5  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2780  hypothetical protein  26.82 
 
 		 301 aa  82.8  0.000000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.188886  normal  0.0383383 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  26.97 
 
 		 830 aa  77.4  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1137  MscS Mechanosensitive ion channel  26.03 
 
 		 276 aa  76.3  0.0000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.463886 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  27.07 
 
 		 393 aa  75.5  0.0000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1914  MscS mechanosensitive ion channel  28.34 
 
 		 275 aa  75.1  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0442  MscS Mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 279 aa  72.4  0.000000000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1730  MscS Mechanosensitive ion channel  29.67 
 
 		 276 aa  71.6  0.00000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.351236  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3626  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  31.36 
 
 		 489 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0820  MscS mechanosensitive ion channel  24.42 
 
 		 849 aa  69.7  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0343003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3452  MscS mechanosensitive ion channel  25.58 
 
 		 816 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5154  MscS mechanosensitive ion channel  26.01 
 
 		 814 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0457644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1546  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  28.46 
 
 		 479 aa  68.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5006  MscS mechanosensitive ion channel  26.16 
 
 		 814 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6691  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  34.52 
 
 		 485 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2528  MscS mechanosensitive ion channel  30.1 
 
 		 817 aa  68.6  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.290655  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10253  hypothetical protein  39.02 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00229932  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3100  MscS mechanosensitive ion channel  26.16 
 
 		 820 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.416731  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5267  MscS mechanosensitive ion channel  26.16 
 
 		 820 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.269062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  25.35 
 
 		 847 aa  67.8  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  25.35 
 
 		 847 aa  67.8  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4629  MscS mechanosensitive ion channel  26.01 
 
 		 832 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  31.08 
 
 		 279 aa  66.2  0.0000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  23.01 
 
 		 840 aa  66.2  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5378  MscS Mechanosensitive ion channel  25.43 
 
 		 909 aa  66.2  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287309  normal  0.723398 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0707  MscS mechanosensitive ion channel  29.46 
 
 		 855 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3355  MscS Mechanosensitive ion channel  28.41 
 
 		 278 aa  65.5  0.0000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1062  MscS Mechanosensitive ion channel  25.15 
 
 		 310 aa  65.5  0.0000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.771269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3482  MscS mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 813 aa  65.5  0.0000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144458  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0381  MscS mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 815 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1633  hypothetical protein  34.94 
 
 		 364 aa  65.1  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246622  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1293  MscS Mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 814 aa  64.7  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  34.15 
 
 		 362 aa  64.7  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0258  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.6 
 
 		 492 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.986681 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2942  MscS mechanosensitive ion channel  36.47 
 
 		 304 aa  64.7  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.176096  normal  0.766616 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1199  mechanosensitive ion channel component  30.53 
 
 		 281 aa  65.1  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00000786613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  25.21 
 
 		 277 aa  63.9  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2981  hypothetical protein  26.74 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0759175  normal  0.0858863 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2869  MscS Mechanosensitive ion channel  29.73 
 
 		 815 aa  63.9  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.266209  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6131  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.51 
 
 		 489 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  30.71 
 
 		 806 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0740  MscS mechanosensitive ion channel  30.1 
 
 		 803 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2316  mechanosensitive ion channel family protein  24.42 
 
 		 773 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2387  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.25 
 
 		 490 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0741  MscS mechanosensitive ion channel  30.1 
 
 		 803 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  27.08 
 
 		 275 aa  63.5  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  30.71 
 
 		 807 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  25.43 
 
 		 909 aa  63.5  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02189  hypothetical protein  30.61 
 
 		 249 aa  63.2  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4476  MscS mechanosensitive ion channel  30.1 
 
 		 799 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.878237 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  25.43 
 
 		 947 aa  63.2  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  34.94 
 
 		 360 aa  63.5  0.000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2070  mechanosensitive ion channel family protein  24.42 
 
 		 809 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.563687  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2331  MscS mechanosensitive ion channel  27.72 
 
 		 307 aa  63.2  0.000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0340157  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2381  MscS mechanosensitive ion channel  30.51 
 
 		 287 aa  63.2  0.000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.42777  hitchhiker  0.00000285336 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2511  MscS mechanosensitive ion channel  33.11 
 
 		 282 aa  63.2  0.000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.399769  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  27.81 
 
 		 270 aa  63.2  0.000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0986  mechanosensitive ion channel family protein  24.42 
 
 		 808 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.722323  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1404  MscS Mechanosensitive ion channel  28.83 
 
 		 817 aa  63.2  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2264  mechanosensitive ion channel family protein  24.42 
 
 		 809 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  23.86 
 
 		 910 aa  63.2  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2125  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  24.42 
 
 		 809 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0467602  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  36.49 
 
 		 276 aa  62.8  0.000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2065  MscS mechanosensitive ion channel  34.94 
 
 		 359 aa  62.8  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0569  MscS Mechanosensitive ion channel  26.59 
 
 		 280 aa  62.8  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.912877  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1647  MscS Mechanosensitive ion channel  29.82 
 
 		 429 aa  62.4  0.000000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.15 
 
 		 289 aa  62.4  0.000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.15 
 
 		 289 aa  62.4  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  27.15 
 
 		 289 aa  62.4  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  25.2 
 
 		 806 aa  62.4  0.000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  25.42 
 
 		 860 aa  62  0.000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3168  MscS Mechanosensitive ion channel  31.71 
 
 		 311 aa  62  0.000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0116515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5308  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  29.31 
 
 		 508 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.119708 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1852  mechanosensitive ion channel family protein  31 
 
 		 804 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0601787  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3549  MscS mechanosensitive ion channel  31 
 
 		 803 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.566467  normal  0.27975 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2105  MscS Mechanosensitive ion channel  23.53 
 
 		 414 aa  61.6  0.00000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600957  normal  0.059013 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1867  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  24.58 
 
 		 480 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0456814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  30.52 
 
 		 274 aa  62  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1608  MscS mechanosensitive ion channel  29.55 
 
 		 868 aa  61.6  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  26.11 
 
 		 283 aa  62  0.00000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  30.49 
 
 		 362 aa  61.6  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5823  MscS mechanosensitive ion channel  27.5 
 
 		 345 aa  61.6  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.440829 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  25.52 
 
 		 268 aa  61.6  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3375  MscS mechanosensitive ion channel  29.41 
 
 		 302 aa  62  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.190462  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1895  MscS Mechanosensitive ion channel  35.06 
 
 		 286 aa  62  0.00000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.461855 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5256  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  29.31 
 
 		 475 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.584441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2989  Ricin B lectin  37.8 
 
 		 474 aa  61.2  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000129425 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  25.53 
 
 		 288 aa  60.8  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>