More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1093 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1093  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 271 aa  558  1e-158  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.746887  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0849  MscS mechanosensitive ion channel  74.06 
 
 		 270 aa  400  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.925309  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2715  small-conductance mechanosensitive channel  41.33 
 
 		 270 aa  179  5.999999999999999e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0108  MscS mechanosensitive ion channel  30.89 
 
 		 291 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0141  MscS Mechanosensitive ion channel  39.05 
 
 		 373 aa  149  5e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195967  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1524  mechanosensitive ion channel  32.54 
 
 		 291 aa  145  6e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.288114  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2049  mechanosensitive ion channel  29.84 
 
 		 291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.492316  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02267  hypothetical protein  32.81 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5463  MscS Mechanosensitive ion channel  30.68 
 
 		 343 aa  128  8.000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2895  helix-turn-helix, AraC type  29.22 
 
 		 264 aa  113  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0170548 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0330  hypothetical protein  27.57 
 
 		 287 aa  112  9e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0987  MscS Mechanosensitive ion channel  33.17 
 
 		 238 aa  108  1e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2830  MscS mechanosensitive ion channel  28.05 
 
 		 269 aa  94.7  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2780  hypothetical protein  26.89 
 
 		 301 aa  89.4  6e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.188886  normal  0.0383383 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  27.17 
 
 		 830 aa  84  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1914  MscS mechanosensitive ion channel  30.24 
 
 		 275 aa  83.2  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1137  MscS Mechanosensitive ion channel  25.3 
 
 		 276 aa  82.4  0.000000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.463886 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  24.71 
 
 		 847 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0820  MscS mechanosensitive ion channel  25.1 
 
 		 849 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0343003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  24.71 
 
 		 847 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3452  MscS mechanosensitive ion channel  26.44 
 
 		 816 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5006  MscS mechanosensitive ion channel  27.01 
 
 		 814 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3100  MscS mechanosensitive ion channel  27.01 
 
 		 820 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.416731  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5267  MscS mechanosensitive ion channel  27.01 
 
 		 820 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.269062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  28.02 
 
 		 879 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5154  MscS mechanosensitive ion channel  26.74 
 
 		 814 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0457644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3482  MscS mechanosensitive ion channel  26.67 
 
 		 813 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144458  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  26.23 
 
 		 393 aa  74.3  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4629  MscS mechanosensitive ion channel  26.74 
 
 		 832 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  26.59 
 
 		 910 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0381  MscS mechanosensitive ion channel  26.44 
 
 		 815 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5378  MscS Mechanosensitive ion channel  26.67 
 
 		 909 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287309  normal  0.723398 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  25.43 
 
 		 840 aa  72.8  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6057  MscS Mechanosensitive ion channel  27.36 
 
 		 779 aa  72.4  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0442  MscS Mechanosensitive ion channel  29.23 
 
 		 279 aa  72.4  0.000000000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2316  mechanosensitive ion channel family protein  25.86 
 
 		 773 aa  72  0.000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  26.9 
 
 		 909 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  26.9 
 
 		 947 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4556  MscS Mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 		 883 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0198839  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0986  mechanosensitive ion channel family protein  25.86 
 
 		 808 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.722323  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2125  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  25.86 
 
 		 809 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0467602  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2264  mechanosensitive ion channel family protein  25.86 
 
 		 809 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2070  mechanosensitive ion channel family protein  25.86 
 
 		 809 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.563687  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  28.26 
 
 		 860 aa  70.5  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1633  hypothetical protein  26.55 
 
 		 364 aa  70.1  0.00000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246622  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1529  MscS Mechanosensitive ion channel  27.43 
 
 		 385 aa  69.7  0.00000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1546  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  25.56 
 
 		 479 aa  68.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  26.92 
 
 		 270 aa  68.9  0.00000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2528  MscS mechanosensitive ion channel  25.95 
 
 		 817 aa  68.6  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.290655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1887  MscS Mechanosensitive ion channel  26.26 
 
 		 811 aa  68.6  0.0000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.723703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3355  MscS Mechanosensitive ion channel  30.3 
 
 		 278 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10253  hypothetical protein  36.59 
 
 		 307 aa  67.4  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00229932  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  26.7 
 
 		 362 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6691  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 485 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  23.86 
 
 		 362 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2392  MscS mechanosensitive ion channel  24.71 
 
 		 794 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.211304  hitchhiker  0.00331512 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0741  MscS mechanosensitive ion channel  32.04 
 
 		 803 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3626  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  38.26 
 
 		 489 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0740  MscS mechanosensitive ion channel  32.04 
 
 		 803 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333087  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0707  MscS mechanosensitive ion channel  32.04 
 
 		 855 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1647  MscS Mechanosensitive ion channel  28.98 
 
 		 429 aa  65.9  0.0000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4476  MscS mechanosensitive ion channel  32.04 
 
 		 799 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.878237 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3168  MscS Mechanosensitive ion channel  24.32 
 
 		 311 aa  65.9  0.0000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0116515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0258  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 492 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.986681 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1608  MscS mechanosensitive ion channel  25.99 
 
 		 868 aa  65.5  0.0000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1730  MscS Mechanosensitive ion channel  28 
 
 		 276 aa  65.9  0.0000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.351236  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1293  MscS Mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 814 aa  65.9  0.0000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2108  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  25.33 
 
 		 450 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2942  MscS mechanosensitive ion channel  36.25 
 
 		 304 aa  65.1  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.176096  normal  0.766616 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2238  mechanosensitive ion channel family protein  25.33 
 
 		 449 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1129  mechanosensitive ion channel family protein  25.33 
 
 		 449 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  24.86 
 
 		 360 aa  65.1  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  27.21 
 
 		 268 aa  64.7  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1029  mechanosensitive ion channel family protein  25.33 
 
 		 450 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.165892  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2393  MscS Mechanosensitive ion channel  24.71 
 
 		 408 aa  64.7  0.000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0971  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  25.33 
 
 		 450 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  32 
 
 		 807 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2654  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  25.33 
 
 		 450 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  32 
 
 		 806 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  25 
 
 		 825 aa  64.3  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  23.12 
 
 		 845 aa  64.7  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  24 
 
 		 806 aa  64.3  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1417  MscS Mechanosensitive ion channel  24.28 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1062  MscS Mechanosensitive ion channel  25.61 
 
 		 310 aa  64.7  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.771269  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2869  MscS Mechanosensitive ion channel  29.73 
 
 		 815 aa  63.9  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.266209  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3036  transporter, putative  24.37 
 
 		 1080 aa  63.9  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0415629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4616  hypothetical protein  24.75 
 
 		 1108 aa  63.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.115019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  30.92 
 
 		 283 aa  63.5  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4625  hypothetical protein  24.75 
 
 		 1108 aa  63.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.288253  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4765  hypothetical protein  24.75 
 
 		 1108 aa  63.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514219  normal  0.17769 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4744  hypothetical protein  24.75 
 
 		 1108 aa  63.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  24 
 
 		 277 aa  63.9  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4708  hypothetical protein  24.75 
 
 		 1108 aa  63.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0421  hypothetical protein  25.63 
 
 		 1115 aa  63.5  0.000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.693078  hitchhiker  0.0000017841 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2555  MscS mechanosensitive ion channel  24.8 
 
 		 460 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00500  MscS Mechanosensitive ion channel  29.05 
 
 		 334 aa  63.5  0.000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  25.29 
 
 		 874 aa  63.2  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1404  MscS Mechanosensitive ion channel  28.83 
 
 		 817 aa  63.2  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  25.71 
 
 		 279 aa  63.5  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  30.92 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>