More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5256 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



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Alignment on homolog gene
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E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5256  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 475 aa  945    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.584441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5166  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  98.53 
 
 		 475 aa  932    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0740457  normal  0.0860349 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5308  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  96.63 
 
 		 508 aa  885    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.119708 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1968  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  59.07 
 
 		 475 aa  536  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1867  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  52.3 
 
 		 480 aa  490  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0456814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6131  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  39.07 
 
 		 489 aa  332  8e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2387  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  40.38 
 
 		 490 aa  330  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3626  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  37.39 
 
 		 489 aa  318  1e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6691  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  40.18 
 
 		 485 aa  297  2e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6888  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  33.55 
 
 		 506 aa  263  6e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7035  MscS mechanosensitive ion channel  34.09 
 
 		 493 aa  242  9e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.666416  normal  0.218312 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0258  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  34.53 
 
 		 492 aa  241  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.986681 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1460  MscS mechanosensitive ion channel  33.68 
 
 		 493 aa  240  4e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6368  MscS mechanosensitive ion channel  33.68 
 
 		 493 aa  240  4e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1534  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  31.85 
 
 		 501 aa  232  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231252  normal  0.283254 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1178  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.77 
 
 		 505 aa  231  2e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.811879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2519  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  31.78 
 
 		 492 aa  228  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.806579  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2775  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.82 
 
 		 493 aa  216  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.85719 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2440  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  31.46 
 
 		 509 aa  204  4e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00769093 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2790  MscS mechanosensitive ion channel  36.59 
 
 		 335 aa  179  5.999999999999999e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.756482  normal  0.557915 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2122  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.59 
 
 		 489 aa  172  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.510942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5823  MscS mechanosensitive ion channel  34.19 
 
 		 345 aa  168  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.440829 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2712  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  26.9 
 
 		 507 aa  114  5e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0470198  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4274  hypothetical protein  29.6 
 
 		 368 aa  104  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1546  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  26.9 
 
 		 479 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4144  MscS mechanosensitive ion channel  31.47 
 
 		 311 aa  101  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.789982 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4255  mechanosensitive (MS) ion channel protein  31.47 
 
 		 311 aa  101  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1464  MscS Mechanosensitive ion channel  36.18 
 
 		 338 aa  97.4  5e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  26.89 
 
 		 304 aa  88.2  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.243267  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12461  transmembrane protein  23.34 
 
 		 481 aa  87.4  5e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3071  hypothetical protein  33.92 
 
 		 366 aa  87  7e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.962312  normal  0.378174 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0359  MscS mechanosensitive ion channel  26.84 
 
 		 360 aa  84.7  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.821631  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4726  MscS mechanosensitive ion channel  26.96 
 
 		 325 aa  85.1  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.440183  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0381  MscS mechanosensitive ion channel  31.14 
 
 		 815 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1186  MscS mechanosensitive ion channel  31.79 
 
 		 256 aa  84  0.000000000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.757811 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0215  hypothetical protein  57.14 
 
 		 80 aa  84  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.353652  normal  0.304293 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3452  MscS mechanosensitive ion channel  30.54 
 
 		 816 aa  83.6  0.000000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1552  MscS mechanosensitive ion channel  30.65 
 
 		 359 aa  83.6  0.000000000000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.101944 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0226  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  32.52 
 
 		 473 aa  82  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.512445  normal  0.203081 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3482  MscS mechanosensitive ion channel  29.35 
 
 		 813 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144458  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1404  MscS Mechanosensitive ion channel  30.32 
 
 		 817 aa  81.6  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2392  MscS mechanosensitive ion channel  29.05 
 
 		 794 aa  80.9  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.211304  hitchhiker  0.00331512 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1852  mechanosensitive ion channel family protein  29.66 
 
 		 804 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0601787  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1074  MscS mechanosensitive ion channel  25.54 
 
 		 360 aa  79.7  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.287098  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_3549  MscS mechanosensitive ion channel  30.11 
 
 		 803 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.566467  normal  0.27975 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2316  mechanosensitive ion channel family protein  29.34 
 
 		 773 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  28.42 
 
 		 840 aa  79  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2869  MscS Mechanosensitive ion channel  29.26 
 
 		 815 aa  78.2  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.266209  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1153  MscS Mechanosensitive ion channel  30.68 
 
 		 352 aa  78.6  0.0000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0986  mechanosensitive ion channel family protein  28.74 
 
 		 808 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.722323  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2264  mechanosensitive ion channel family protein  28.74 
 
 		 809 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0987  MscS Mechanosensitive ion channel  36.03 
 
 		 238 aa  77.8  0.0000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2070  mechanosensitive ion channel family protein  28.74 
 
 		 809 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.563687  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2125  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  28.74 
 
 		 809 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0467602  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2303  MscS Mechanosensitive ion channel  21.27 
 
 		 512 aa  77.4  0.0000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.697138  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  29.52 
 
 		 807 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2528  MscS mechanosensitive ion channel  29.87 
 
 		 817 aa  75.5  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.290655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5006  MscS mechanosensitive ion channel  28.74 
 
 		 814 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3100  MscS mechanosensitive ion channel  28.74 
 
 		 820 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.416731  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5267  MscS mechanosensitive ion channel  28.74 
 
 		 820 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.269062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 393 aa  75.5  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0588  transporter, putative  26.67 
 
 		 1067 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1770  MscS mechanosensitive ion channel  29.38 
 
 		 406 aa  74.7  0.000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0141  MscS Mechanosensitive ion channel  30.89 
 
 		 373 aa  74.3  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195967  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  27.84 
 
 		 806 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3443  MscS mechanosensitive ion channel  26.67 
 
 		 1067 aa  74.7  0.000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1689  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 356 aa  74.3  0.000000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5154  MscS mechanosensitive ion channel  28.14 
 
 		 814 aa  74.3  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0457644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1862  MscS mechanosensitive ion channel  25.22 
 
 		 867 aa  73.9  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4629  MscS mechanosensitive ion channel  28.14 
 
 		 832 aa  73.9  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4476  MscS mechanosensitive ion channel  29.12 
 
 		 799 aa  73.9  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.878237 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3036  transporter, putative  25.99 
 
 		 1080 aa  73.9  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0415629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2842  MscS mechanosensitive ion channel  29.49 
 
 		 369 aa  73.6  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2355  MscS mechanosensitive ion channel  29.9 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0549147  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4029  putative mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 832 aa  73.6  0.000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3721  MscS Mechanosensitive ion channel  26.86 
 
 		 1072 aa  73.2  0.000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0707  MscS mechanosensitive ion channel  29.12 
 
 		 855 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0547  MscS mechanosensitive ion channel  26.86 
 
 		 1067 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3904  MscS mechanosensitive ion channel  26.86 
 
 		 1072 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1093  MscS Mechanosensitive ion channel  33.08 
 
 		 389 aa  73.2  0.00000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.464677  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1599  MscS Mechanosensitive ion channel  25.73 
 
 		 862 aa  72.8  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1293  MscS Mechanosensitive ion channel  30.6 
 
 		 814 aa  73.2  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3778  MscS mechanosensitive ion channel  26.86 
 
 		 1072 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  26.26 
 
 		 825 aa  73.2  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1124  MscS Mechanosensitive ion channel  28.23 
 
 		 345 aa  72  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.745547  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3222  MscS mechanosensitive ion channel  27.46 
 
 		 866 aa  72  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2393  MscS Mechanosensitive ion channel  32.84 
 
 		 408 aa  72  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0691  MscS Mechanosensitive ion channel  25.84 
 
 		 362 aa  72.4  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1417  MscS Mechanosensitive ion channel  29.7 
 
 		 304 aa  72  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0586  MscS mechanosensitive ion channel  25.64 
 
 		 1067 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0875624 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0740  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 803 aa  71.2  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333087  normal  1 
 
 
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NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  28.35 
 
 		 825 aa  71.2  0.00000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
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NC_011138  MADE_01752  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  29.73 
 
 		 328 aa  70.9  0.00000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.249612  n/a   
 
 
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NC_011666  Msil_0452  MscS Mechanosensitive ion channel  29.89 
 
 		 853 aa  70.9  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372575 
 
 
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NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  26.18 
 
 		 843 aa  70.9  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
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NC_008321  Shewmr4_0587  MscS mechanosensitive ion channel  25.64 
 
 		 1067 aa  70.9  0.00000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0226105 
 
 
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NC_009831  Ssed_0786  MscS mechanosensitive ion channel  25.42 
 
 		 1066 aa  70.9  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.213544  hitchhiker  0.000495101 
 
 
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NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  28.85 
 
 		 859 aa  70.5  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387595 
 
 
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NC_008942  Mlab_1701  phosphoglycerate mutase  29.09 
 
 		 310 aa  70.5  0.00000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012917  PC1_3756  hypothetical protein  26.4 
 
 		 1107 aa  70.5  0.00000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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