More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1524 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1524  mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 291 aa  587  1e-167  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.288114  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2049  mechanosensitive ion channel  86.25 
 
 		 291 aa  520  1e-147  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.492316  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02267  hypothetical protein  72.96 
 
 		 292 aa  429  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5463  MscS Mechanosensitive ion channel  47.22 
 
 		 343 aa  252  4.0000000000000004e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2895  helix-turn-helix, AraC type  36.64 
 
 		 264 aa  174  9.999999999999999e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0170548 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0141  MscS Mechanosensitive ion channel  31.42 
 
 		 373 aa  153  4e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195967  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1093  MscS mechanosensitive ion channel  32.54 
 
 		 271 aa  145  6e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.746887  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2715  small-conductance mechanosensitive channel  31.25 
 
 		 270 aa  134  3e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0849  MscS mechanosensitive ion channel  30.94 
 
 		 270 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.925309  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0330  hypothetical protein  29.96 
 
 		 287 aa  130  3e-29  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0108  MscS mechanosensitive ion channel  29.64 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2780  hypothetical protein  33.17 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.188886  normal  0.0383383 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0987  MscS Mechanosensitive ion channel  31.72 
 
 		 238 aa  107  2e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1569  MscS mechanosensitive ion channel  28.97 
 
 		 342 aa  100  2e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.50156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1914  MscS mechanosensitive ion channel  28.26 
 
 		 275 aa  100  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0951  MscS Mechanosensitive ion channel  32.79 
 
 		 341 aa  95.9  7e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1137  MscS Mechanosensitive ion channel  28.12 
 
 		 276 aa  94  3e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.463886 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  27.78 
 
 		 362 aa  90.1  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  26.13 
 
 		 860 aa  89.4  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  27.23 
 
 		 360 aa  88.2  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0661  MscS Mechanosensitive ion channel  33.78 
 
 		 295 aa  87  3e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  27.78 
 
 		 362 aa  87  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1608  MscS mechanosensitive ion channel  28.8 
 
 		 868 aa  86.7  5e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1895  MscS Mechanosensitive ion channel  36.57 
 
 		 286 aa  86.3  5e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.461855 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2065  MscS mechanosensitive ion channel  29.82 
 
 		 359 aa  86.3  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  22.98 
 
 		 806 aa  86.3  6e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  23.69 
 
 		 299 aa  85.9  7e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1633  hypothetical protein  25.25 
 
 		 364 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246622  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  22.39 
 
 		 830 aa  83.2  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  24.31 
 
 		 874 aa  83.2  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1300  MscS mechanosensitive ion channel  24.6 
 
 		 343 aa  82.8  0.000000000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.987941  hitchhiker  0.00895683 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2830  MscS mechanosensitive ion channel  26.83 
 
 		 269 aa  82.8  0.000000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3222  MscS mechanosensitive ion channel  26.29 
 
 		 866 aa  80.9  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2389  MscS mechanosensitive ion channel  26.47 
 
 		 429 aa  81.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  24.71 
 
 		 910 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5378  MscS Mechanosensitive ion channel  23.53 
 
 		 909 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287309  normal  0.723398 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  26.67 
 
 		 637 aa  80.5  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1852  MscS Mechanosensitive ion channel  25.93 
 
 		 344 aa  80.1  0.00000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.390235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0091  MscS Mechanosensitive ion channel  33.88 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  28.91 
 
 		 270 aa  79.3  0.00000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  25.57 
 
 		 291 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1518  hypothetical protein  27.13 
 
 		 732 aa  77.4  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  27.41 
 
 		 636 aa  78.2  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  27.01 
 
 		 636 aa  78.2  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 840 aa  77.4  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4476  MscS mechanosensitive ion channel  25.52 
 
 		 799 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.878237 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1187  MscS Mechanosensitive ion channel  31.82 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0250538  hitchhiker  0.00000123969 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1146  MscS mechanosensitive ion channel  28.03 
 
 		 366 aa  75.9  0.0000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.779955  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0707  MscS mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 855 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  25.91 
 
 		 806 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0381  MscS mechanosensitive ion channel  27.22 
 
 		 815 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  30.46 
 
 		 393 aa  75.1  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0740  MscS mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 803 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0773  MscS mechanosensitive ion channel  29.78 
 
 		 401 aa  75.1  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4029  putative mechanosensitive ion channel  26.37 
 
 		 832 aa  75.5  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  25.91 
 
 		 807 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  26.78 
 
 		 547 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  27.24 
 
 		 533 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2000  MscS Mechanosensitive ion channel  32.23 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.03582 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0741  MscS mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 803 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  25.89 
 
 		 879 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2392  MscS mechanosensitive ion channel  26.85 
 
 		 794 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.211304  hitchhiker  0.00331512 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  23.36 
 
 		 909 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  23.36 
 
 		 947 aa  73.6  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2696  MscS Mechanosensitive ion channel  25.99 
 
 		 369 aa  73.9  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.415509  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4003  MscS mechanosensitive ion channel  27.98 
 
 		 362 aa  73.9  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0737574  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45100  potassium efflux protein KefA  24.76 
 
 		 1117 aa  73.2  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534635  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0767  small-conductance mechanosensitive ion channel  29.21 
 
 		 401 aa  73.2  0.000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.967765  normal  0.366005 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  24.32 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  24.86 
 
 		 825 aa  73.6  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2316  mechanosensitive ion channel family protein  24.76 
 
 		 773 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  22.11 
 
 		 832 aa  73.6  0.000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5283  MscS Mechanosensitive ion channel  28 
 
 		 376 aa  73.2  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  28.17 
 
 		 685 aa  73.2  0.000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  27.87 
 
 		 531 aa  73.2  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  21.67 
 
 		 845 aa  73.2  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  26.47 
 
 		 843 aa  73.2  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2842  MscS mechanosensitive ion channel  30.77 
 
 		 369 aa  72.8  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3427  MscS mechanosensitive ion channel  24.3 
 
 		 428 aa  72.4  0.000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.259375  normal  0.309045 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3656  MscS mechanosensitive ion channel  26.34 
 
 		 856 aa  72.4  0.000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.570339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4556  MscS Mechanosensitive ion channel  24.41 
 
 		 883 aa  72  0.000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0198839  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  20.48 
 
 		 844 aa  72.4  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1404  MscS Mechanosensitive ion channel  25.41 
 
 		 817 aa  72.4  0.000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0820  MscS mechanosensitive ion channel  23.73 
 
 		 849 aa  72.4  0.000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0343003  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00416  fused conserved protein  25.13 
 
 		 1120 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  25.13 
 
 		 1120 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  25.13 
 
 		 1118 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3071  hypothetical protein  22.87 
 
 		 366 aa  72  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.962312  normal  0.378174 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  25.13 
 
 		 1120 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3452  MscS mechanosensitive ion channel  25.41 
 
 		 816 aa  72  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  20.48 
 
 		 843 aa  72  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  25.13 
 
 		 1120 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  25.13 
 
 		 1120 aa  72  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00421  hypothetical protein  25.13 
 
 		 1120 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  25.13 
 
 		 1120 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  25.13 
 
 		 1120 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2869  MscS Mechanosensitive ion channel  25.41 
 
 		 815 aa  71.6  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.266209  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  24.62 
 
 		 1120 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  24.62 
 
 		 1118 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2052  MscS Mechanosensitive ion channel  23.86 
 
 		 810 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>