More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2052 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2052  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 810 aa  1649    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3392  MscS Mechanosensitive ion channel  50.38 
 
 		 833 aa  815    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3343  mechanosensitive ion channel protein  44.53 
 
 		 813 aa  643    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.183155 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1599  MscS Mechanosensitive ion channel  27.9 
 
 		 862 aa  327  5e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2162  periplasmic binding protein; mechanosensitive ion channel component  27.79 
 
 		 794 aa  265  2e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.387859 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6057  MscS Mechanosensitive ion channel  25.4 
 
 		 779 aa  208  4e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  28.14 
 
 		 842 aa  197  5.000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2049  MscS mechanosensitive ion channel  24.28 
 
 		 783 aa  158  4e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.124312  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  24.81 
 
 		 806 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  39.11 
 
 		 636 aa  144  7e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  39.11 
 
 		 636 aa  144  8e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  33.21 
 
 		 843 aa  142  3e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1587  MscS mechanosensitive ion channel  37.57 
 
 		 807 aa  136  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.370206  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  35.64 
 
 		 1235 aa  135  3.9999999999999996e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  24.8 
 
 		 752 aa  134  6e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1518  hypothetical protein  29 
 
 		 732 aa  132  3e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  31.4 
 
 		 840 aa  130  9.000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  35.91 
 
 		 864 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  32.81 
 
 		 685 aa  128  4.0000000000000003e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  33.87 
 
 		 981 aa  127  8.000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1465  hypothetical protein  30.23 
 
 		 753 aa  126  2e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  31.72 
 
 		 874 aa  126  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  27.56 
 
 		 845 aa  126  2e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  34.72 
 
 		 1120 aa  125  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3204  potassium efflux protein KefA  34.72 
 
 		 1120 aa  125  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  34.72 
 
 		 1120 aa  125  3e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0991479 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00416  fused conserved protein  35.23 
 
 		 1120 aa  124  5e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  35.23 
 
 		 1120 aa  124  5e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  35.23 
 
 		 1118 aa  124  5e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  35.23 
 
 		 1120 aa  124  5e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  35.23 
 
 		 1120 aa  124  5e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  35.23 
 
 		 1120 aa  124  5e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00421  hypothetical protein  35.23 
 
 		 1120 aa  124  5e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  35.23 
 
 		 1120 aa  124  5e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  35.23 
 
 		 1120 aa  124  5e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1712  MscS mechanosensitive ion channel  35.88 
 
 		 291 aa  124  6e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  31.4 
 
 		 825 aa  124  7e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0538  potassium efflux protein KefA  36.27 
 
 		 1118 aa  124  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0581  potassium efflux protein KefA  36.27 
 
 		 1118 aa  124  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.467495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  36.27 
 
 		 1118 aa  124  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0528  potassium efflux protein KefA  36.27 
 
 		 1120 aa  124  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  36.27 
 
 		 1120 aa  124  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3447  mechanosensitive ion channel family protein  32.96 
 
 		 816 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.597927  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3012  MscS mechanosensitive ion channel  35 
 
 		 297 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3390  MscS mechanosensitive ion channel  37.2 
 
 		 861 aa  122  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  34.55 
 
 		 796 aa  121  3.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  35.75 
 
 		 795 aa  121  4.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  34.67 
 
 		 291 aa  120  7.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4556  MscS Mechanosensitive ion channel  29.92 
 
 		 883 aa  120  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0198839  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  27.56 
 
 		 832 aa  120  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  31.47 
 
 		 1144 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  29.3 
 
 		 879 aa  119  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1608  MscS mechanosensitive ion channel  37.43 
 
 		 868 aa  118  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45100  potassium efflux protein KefA  30.32 
 
 		 1117 aa  119  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534635  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  30.04 
 
 		 299 aa  118  3.9999999999999997e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  33.01 
 
 		 1111 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3443  MscS mechanosensitive ion channel  31.73 
 
 		 1067 aa  118  5e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3321  MscS mechanosensitive ion channel  28.92 
 
 		 1078 aa  118  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.660513  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3826  MscS Mechanosensitive ion channel  35.29 
 
 		 444 aa  117  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1447  MscS mechanosensitive ion channel  29.61 
 
 		 1166 aa  117  7.999999999999999e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0555  MscS mechanosensitive ion channel  32.76 
 
 		 1060 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0475901  normal  0.179203 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  34.55 
 
 		 472 aa  117  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0786  MscS mechanosensitive ion channel  31.98 
 
 		 1066 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.213544  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0588  transporter, putative  31.58 
 
 		 1067 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3551  MscS mechanosensitive ion channel  33.18 
 
 		 1062 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3045  potassium efflux protein KefA  32.64 
 
 		 1133 aa  116  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0587  MscS mechanosensitive ion channel  31.33 
 
 		 1067 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0226105 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  34.03 
 
 		 847 aa  115  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0586  MscS mechanosensitive ion channel  31.33 
 
 		 1067 aa  115  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0875624 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3721  MscS Mechanosensitive ion channel  33.67 
 
 		 1072 aa  115  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0547  MscS mechanosensitive ion channel  33.67 
 
 		 1067 aa  115  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3778  MscS mechanosensitive ion channel  33.67 
 
 		 1072 aa  115  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  34.03 
 
 		 847 aa  115  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3904  MscS mechanosensitive ion channel  33.67 
 
 		 1072 aa  115  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  29.9 
 
 		 322 aa  115  3e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4182  MscS mechanosensitive ion channel  30.49 
 
 		 1070 aa  115  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1130  potassium efflux protein KefA  32.28 
 
 		 1130 aa  115  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000811569 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  32.2 
 
 		 637 aa  115  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2035  MscS Mechanosensitive ion channel  31.08 
 
 		 447 aa  115  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1206  potassium efflux protein KefA  34.13 
 
 		 1098 aa  114  5e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1453  MscS mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 1105 aa  114  6e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3758  MscS Mechanosensitive ion channel  28.2 
 
 		 809 aa  114  7.000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.992907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3036  transporter, putative  31.73 
 
 		 1080 aa  114  8.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0415629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3291  MscS mechanosensitive ion channel  33.16 
 
 		 1068 aa  114  9e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.563171  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2257  MscS mechanosensitive ion channel  35.2 
 
 		 1110 aa  114  9e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371999  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0820  MscS mechanosensitive ion channel  33.51 
 
 		 849 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0343003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1632  MscS mechanosensitive ion channel  29.34 
 
 		 877 aa  113  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.253181  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  29.63 
 
 		 860 aa  113  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2527  MscS mechanosensitive ion channel  33.16 
 
 		 427 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2010  MscS Mechanosensitive ion channel  30.68 
 
 		 447 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1934  mechanosensitive ion channel family protein  31.43 
 
 		 287 aa  112  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.117079  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  32.58 
 
 		 830 aa  112  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0136  MscS mechanosensitive ion channel  27.06 
 
 		 451 aa  111  4.0000000000000004e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0399  potassium efflux protein KefA  30.96 
 
 		 1102 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0168  potassium efflux protein KefA  35.37 
 
 		 1110 aa  111  6e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1013  potassium efflux protein KefA  34.44 
 
 		 1128 aa  111  7.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5117  potassium efflux protein KefA  30.46 
 
 		 1102 aa  111  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666166  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  31.53 
 
 		 844 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  29.88 
 
 		 909 aa  110  8.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  29.96 
 
 		 298 aa  110  8.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>