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for query gene Bxe_B2387 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6131  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  80.2 
 
 
489 aa  797    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2387  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  100 
 
 
490 aa  978    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178532  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3626  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  46.03 
 
 
489 aa  432  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6691  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  44.56 
 
 
485 aa  410  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7035  MscS mechanosensitive ion channel  46.34 
 
 
493 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.666416  normal  0.218312 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1460  MscS mechanosensitive ion channel  45.93 
 
 
493 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6368  MscS mechanosensitive ion channel  45.93 
 
 
493 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1867  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  41.37 
 
 
480 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0456814  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5256  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  40.39 
 
 
475 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.584441  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5166  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  40.17 
 
 
475 aa  322  7e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0740457  normal  0.0860349 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5308  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  39.52 
 
 
508 aa  317  4e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.119708 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1968  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  39.65 
 
 
475 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805203  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6888  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  34.67 
 
 
506 aa  269  7e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2775  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  34.27 
 
 
493 aa  260  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.85719 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2519  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  33.86 
 
 
492 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.806579  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1178  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  32.91 
 
 
505 aa  250  3e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.811879  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1534  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  35.61 
 
 
501 aa  250  5e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231252  normal  0.283254 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0258  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  34.06 
 
 
492 aa  240  4e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.986681 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2440  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.33 
 
 
509 aa  218  2e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00769093 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5823  MscS mechanosensitive ion channel  33.1 
 
 
345 aa  165  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.440829 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2790  MscS mechanosensitive ion channel  32.98 
 
 
335 aa  163  6e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.756482  normal  0.557915 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2122  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  28.54 
 
 
489 aa  152  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.510942  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1546  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  25.96 
 
 
479 aa  131  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2712  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  26.04 
 
 
507 aa  123  8e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0470198  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2303  MscS Mechanosensitive ion channel  24.05 
 
 
512 aa  102  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.697138  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4274  hypothetical protein  28.34 
 
 
368 aa  95.1  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  34.76 
 
 
304 aa  95.1  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.243267  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4726  MscS mechanosensitive ion channel  29.44 
 
 
325 aa  93.6  7e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.440183  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4255  mechanosensitive (MS) ion channel protein  28.98 
 
 
311 aa  92.8  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4144  MscS mechanosensitive ion channel  28.98 
 
 
311 aa  92.8  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.789982 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  23.36 
 
 
472 aa  89.4  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  30.5 
 
 
825 aa  86.7  9e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  29.95 
 
 
879 aa  86.7  9e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  23.27 
 
 
637 aa  85.9  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12461  transmembrane protein  24.66 
 
 
481 aa  84.3  0.000000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4556  MscS Mechanosensitive ion channel  27.14 
 
 
883 aa  83.6  0.000000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0198839  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1862  MscS mechanosensitive ion channel  28.99 
 
 
867 aa  81.3  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  30.94 
 
 
910 aa  79.7  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3222  MscS mechanosensitive ion channel  27.7 
 
 
866 aa  79.3  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3375  MscS mechanosensitive ion channel  25.65 
 
 
302 aa  78.6  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.190462  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0108  MscS mechanosensitive ion channel  26.77 
 
 
291 aa  78.6  0.0000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3758  MscS Mechanosensitive ion channel  27.94 
 
 
809 aa  77.8  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.992907  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2162  periplasmic binding protein; mechanosensitive ion channel component  26.97 
 
 
794 aa  77.8  0.0000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.387859 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  27.42 
 
 
874 aa  77.4  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0141  MscS Mechanosensitive ion channel  29.86 
 
 
373 aa  77  0.0000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195967  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5470  MscS mechanosensitive ion channel  27 
 
 
835 aa  76.6  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5378  MscS Mechanosensitive ion channel  30.27 
 
 
909 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287309  normal  0.723398 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  27.68 
 
 
825 aa  75.5  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  29.73 
 
 
947 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3778  MscS mechanosensitive ion channel  25.39 
 
 
1072 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3721  MscS Mechanosensitive ion channel  25.39 
 
 
1072 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2842  MscS mechanosensitive ion channel  25.82 
 
 
369 aa  75.9  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  29.73 
 
 
909 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0587  MscS mechanosensitive ion channel  28.83 
 
 
1067 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0226105 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3904  MscS mechanosensitive ion channel  25.39 
 
 
1072 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0547  MscS mechanosensitive ion channel  25.39 
 
 
1067 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0586  MscS mechanosensitive ion channel  25.91 
 
 
1067 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0875624 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0897  MscS Mechanosensitive ion channel  30.34 
 
 
545 aa  75.1  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1250  MscS mechanosensitive ion channel  26.09 
 
 
361 aa  74.7  0.000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00000000000414305  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1572  MscS Mechanosensitive ion channel  33.09 
 
 
548 aa  75.1  0.000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00917582 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0857  MscS mechanosensitive ion channel  27.75 
 
 
840 aa  74.7  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0786  MscS Mechanosensitive ion channel  27.75 
 
 
840 aa  74.3  0.000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0664  cyclic nucleotide-binding  25.32 
 
 
449 aa  74.3  0.000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0101822  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3291  MscS mechanosensitive ion channel  25.39 
 
 
1068 aa  74.3  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.563171  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  29.95 
 
 
393 aa  73.9  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1852  mechanosensitive ion channel family protein  28.69 
 
 
804 aa  73.9  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0601787  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3443  MscS mechanosensitive ion channel  25.39 
 
 
1067 aa  73.9  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4616  hypothetical protein  26.58 
 
 
1108 aa  73.6  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.115019  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0588  transporter, putative  25.39 
 
 
1067 aa  73.9  0.000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4765  hypothetical protein  26.58 
 
 
1108 aa  73.6  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514219  normal  0.17769 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4625  hypothetical protein  26.58 
 
 
1108 aa  73.6  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.288253  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4744  hypothetical protein  26.58 
 
 
1108 aa  73.6  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4708  hypothetical protein  26.58 
 
 
1108 aa  73.6  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749013  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3656  MscS mechanosensitive ion channel  26.59 
 
 
856 aa  73.9  0.000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.570339  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3549  MscS mechanosensitive ion channel  28.69 
 
 
803 aa  73.6  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.566467  normal  0.27975 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 
845 aa  73.6  0.000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0381  MscS mechanosensitive ion channel  27.65 
 
 
815 aa  73.2  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1464  MscS Mechanosensitive ion channel  26.78 
 
 
338 aa  73.2  0.000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  28.21 
 
 
859 aa  73.2  0.000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1518  hypothetical protein  30.06 
 
 
732 aa  72.8  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3036  transporter, putative  27.1 
 
 
1080 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0415629  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2070  mechanosensitive ion channel family protein  27.65 
 
 
809 aa  72  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.563687  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0986  mechanosensitive ion channel family protein  27.65 
 
 
808 aa  72  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.722323  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2125  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.65 
 
 
809 aa  72  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0467602  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2264  mechanosensitive ion channel family protein  27.65 
 
 
809 aa  72  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  26.88 
 
 
891 aa  72  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  39.32 
 
 
400 aa  72  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0473  hypothetical protein  27.22 
 
 
1104 aa  72.4  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1461  MscS Mechanosensitive ion channel  26.88 
 
 
785 aa  72.4  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3831  MscS Mechanosensitive ion channel  25.95 
 
 
1107 aa  71.2  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.915765  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0345  hypothetical protein  25.32 
 
 
1103 aa  71.6  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.742298  unclonable  0.00000473028 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5675  hypothetical protein  25.95 
 
 
1107 aa  71.6  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00234961  normal  0.548719 
 
 
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NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  24.41 
 
 
752 aa  71.6  0.00000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010498  EcSMS35_4630  hypothetical protein  25.95 
 
 
1107 aa  71.2  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.250026  normal  0.0442574 
 
 
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NC_011666  Msil_0452  MscS Mechanosensitive ion channel  26.34 
 
 
853 aa  71.6  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372575 
 
 
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NC_009801  EcE24377A_4716  hypothetical protein  25.95 
 
 
1107 aa  71.2  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00612141  n/a   
 
 
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NC_010515  Bcenmc03_5006  MscS mechanosensitive ion channel  27.65 
 
 
814 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_010468  EcolC_3851  hypothetical protein  25.95 
 
 
1107 aa  71.6  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00332968 
 
 
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NC_008312  Tery_0812  MscS mechanosensitive ion channel  25.45 
 
 
643 aa  71.2  0.00000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.459246  normal 
 
 
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NC_008543  Bcen2424_5267  MscS mechanosensitive ion channel  27.65 
 
 
820 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.269062  normal 
 
 
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