More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_3778 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_3551  MscS mechanosensitive ion channel  62.2 
 
 
1062 aa  1252    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0588  transporter, putative  88.85 
 
 
1067 aa  1878    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0547  MscS mechanosensitive ion channel  99.91 
 
 
1067 aa  2165    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0555  MscS mechanosensitive ion channel  63.8 
 
 
1060 aa  1318    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0475901  normal  0.179203 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3721  MscS Mechanosensitive ion channel  99.81 
 
 
1072 aa  2171    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0786  MscS mechanosensitive ion channel  66.92 
 
 
1066 aa  1372    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.213544  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3904  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 
1072 aa  2180    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3291  MscS mechanosensitive ion channel  88.39 
 
 
1068 aa  1867    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.563171  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0587  MscS mechanosensitive ion channel  88.85 
 
 
1067 aa  1877    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0226105 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3443  MscS mechanosensitive ion channel  89.03 
 
 
1067 aa  1884    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3778  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 
1072 aa  2180    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3321  MscS mechanosensitive ion channel  63.54 
 
 
1078 aa  1370    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.660513  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4182  MscS mechanosensitive ion channel  63.15 
 
 
1070 aa  1340    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3036  transporter, putative  64.27 
 
 
1080 aa  1358    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0415629  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0586  MscS mechanosensitive ion channel  88.85 
 
 
1067 aa  1872    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0875624 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0421  hypothetical protein  35.15 
 
 
1115 aa  551  1e-155  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.693078  hitchhiker  0.0000017841 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3934  hypothetical protein  34.79 
 
 
1107 aa  541  9.999999999999999e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0473  hypothetical protein  36.51 
 
 
1104 aa  541  9.999999999999999e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04029  predicted mechanosensitive channel  36.25 
 
 
1107 aa  537  1e-151  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.475668  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3831  MscS Mechanosensitive ion channel  36.25 
 
 
1107 aa  537  1e-151  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.915765  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5675  hypothetical protein  36.25 
 
 
1107 aa  536  1e-151  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00234961  normal  0.548719 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4630  hypothetical protein  36.06 
 
 
1107 aa  537  1e-151  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.250026  normal  0.0442574 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4691  hypothetical protein  36.58 
 
 
1107 aa  537  1e-151  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00421616  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4716  hypothetical protein  36.25 
 
 
1107 aa  537  1e-151  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00612141  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03991  hypothetical protein  36.25 
 
 
1107 aa  537  1e-151  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.391275  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4401  hypothetical protein  36.25 
 
 
1107 aa  537  1e-151  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.199255  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3851  hypothetical protein  36.15 
 
 
1107 aa  536  1e-151  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00332968 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3756  hypothetical protein  34.47 
 
 
1107 aa  534  1e-150  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0384  hypothetical protein  36.77 
 
 
1107 aa  535  1e-150  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4765  hypothetical protein  36.13 
 
 
1108 aa  531  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514219  normal  0.17769 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4708  hypothetical protein  36.13 
 
 
1108 aa  531  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749013  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4744  hypothetical protein  36.13 
 
 
1108 aa  531  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4616  hypothetical protein  36.13 
 
 
1108 aa  531  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.115019  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4625  hypothetical protein  36.13 
 
 
1108 aa  531  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.288253  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3664  hypothetical protein  36.03 
 
 
1113 aa  520  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.907056  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3811  hypothetical protein  36.03 
 
 
1113 aa  520  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.408276  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0711  hypothetical protein  36.03 
 
 
1113 aa  518  1.0000000000000001e-145  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.871081  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0345  hypothetical protein  35.08 
 
 
1103 aa  518  1.0000000000000001e-145  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.742298  unclonable  0.00000473028 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2151  MscS mechanosensitive ion channel  31.02 
 
 
1158 aa  408  1.0000000000000001e-112  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3045  potassium efflux protein KefA  30.82 
 
 
1133 aa  390  1e-106  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0445  potassium efflux protein KefA  31.15 
 
 
1117 aa  381  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953711  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3390  MscS mechanosensitive ion channel  33.26 
 
 
861 aa  380  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2257  MscS mechanosensitive ion channel  28.91 
 
 
1110 aa  382  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371999  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00416  fused conserved protein  29.04 
 
 
1120 aa  378  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  29.04 
 
 
1120 aa  378  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0508  potassium efflux protein KefA  29.13 
 
 
1120 aa  378  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000540502  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  29.04 
 
 
1120 aa  377  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  29.13 
 
 
1118 aa  379  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00421  hypothetical protein  29.04 
 
 
1120 aa  378  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0397  potassium efflux protein KefA  29.23 
 
 
1120 aa  379  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0541  potassium efflux protein KefA  29.04 
 
 
1120 aa  378  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3151  potassium efflux protein KefA  29.04 
 
 
1120 aa  378  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.800258  normal  0.703774 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0945  potassium efflux protein KefA  28.52 
 
 
1115 aa  375  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.612496  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  29.8 
 
 
1111 aa  375  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  31.34 
 
 
1120 aa  369  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0581  potassium efflux protein KefA  31.34 
 
 
1118 aa  368  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.467495  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  31.34 
 
 
1118 aa  368  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0538  potassium efflux protein KefA  31.34 
 
 
1118 aa  368  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0528  potassium efflux protein KefA  31.34 
 
 
1120 aa  369  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3204  potassium efflux protein KefA  31.79 
 
 
1120 aa  366  1e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5024  potassium efflux system protein KefA, putative  30.21 
 
 
1134 aa  366  1e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  31.79 
 
 
1120 aa  366  1e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  31.79 
 
 
1120 aa  366  1e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0991479 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0501  potassium efflux protein KefA  30.22 
 
 
1134 aa  365  3e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1130  potassium efflux protein KefA  31.79 
 
 
1130 aa  358  1.9999999999999998e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000811569 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1013  potassium efflux protein KefA  29.99 
 
 
1128 aa  357  5e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0399  potassium efflux protein KefA  29.92 
 
 
1102 aa  357  5e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5117  potassium efflux protein KefA  30.18 
 
 
1102 aa  352  3e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.666166  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5067  potassium efflux protein KefA  30.18 
 
 
1102 aa  349  2e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4940  potassium efflux protein KefA  30.18 
 
 
1102 aa  348  3e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.310149  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45100  potassium efflux protein KefA  29 
 
 
1117 aa  345  2.9999999999999997e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534635  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2326  MscS mechanosensitive ion channel  31.28 
 
 
1127 aa  343  1e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0168  potassium efflux protein KefA  30 
 
 
1110 aa  337  5.999999999999999e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5759  potassium efflux protein KefA  28.17 
 
 
1118 aa  334  4e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.738971  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66400  potassium efflux protein KefA  28.25 
 
 
1118 aa  333  7.000000000000001e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1206  potassium efflux protein KefA  29.22 
 
 
1098 aa  330  7e-89  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  26.56 
 
 
1235 aa  322  1.9999999999999998e-86  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1447  MscS mechanosensitive ion channel  40.34 
 
 
1166 aa  297  7e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  27.92 
 
 
1144 aa  292  2e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1453  MscS mechanosensitive ion channel  27.44 
 
 
1105 aa  291  4e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  34.41 
 
 
840 aa  179  3e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  33.07 
 
 
806 aa  174  7.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  38.57 
 
 
299 aa  171  9e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  32.57 
 
 
842 aa  169  2.9999999999999998e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  31.7 
 
 
825 aa  162  4e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  30.84 
 
 
685 aa  152  3e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  29.23 
 
 
796 aa  151  7e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  33.92 
 
 
637 aa  151  8e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  32.54 
 
 
879 aa  150  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  32.05 
 
 
291 aa  150  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  32.2 
 
 
847 aa  147  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  32.2 
 
 
847 aa  147  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  34.85 
 
 
947 aa  147  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  34.85 
 
 
909 aa  147  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  30.43 
 
 
843 aa  146  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  34.22 
 
 
844 aa  145  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5378  MscS Mechanosensitive ion channel  32.12 
 
 
909 aa  145  5e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287309  normal  0.723398 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0820  MscS mechanosensitive ion channel  32.92 
 
 
849 aa  144  9e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0343003  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  31.91 
 
 
910 aa  144  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  34.88 
 
 
752 aa  142  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>