More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4726 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4726  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 325 aa  641    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.440183  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  72.05 
 
 		 304 aa  355  6.999999999999999e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.243267  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4274  hypothetical protein  50 
 
 		 368 aa  208  9e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4144  MscS mechanosensitive ion channel  50 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.789982 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4255  mechanosensitive (MS) ion channel protein  50 
 
 		 311 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2712  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  29.36 
 
 		 507 aa  108  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0470198  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1534  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  27.43 
 
 		 501 aa  105  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.231252  normal  0.283254 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2775  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.43 
 
 		 493 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.85719 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2519  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.43 
 
 		 492 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.806579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3071  hypothetical protein  30.04 
 
 		 366 aa  102  6e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.962312  normal  0.378174 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1867  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  27.36 
 
 		 480 aa  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0456814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0258  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.85 
 
 		 492 aa  100  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.986681 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2122  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  33.66 
 
 		 489 aa  98.2  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.510942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5823  MscS mechanosensitive ion channel  27.85 
 
 		 345 aa  97.1  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.440829 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6131  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  27.78 
 
 		 489 aa  95.5  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1633  hypothetical protein  27.31 
 
 		 364 aa  94  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.246622  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7035  MscS mechanosensitive ion channel  32.19 
 
 		 493 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.666416  normal  0.218312 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  29.13 
 
 		 393 aa  93.6  4e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1460  MscS mechanosensitive ion channel  32.04 
 
 		 493 aa  93.2  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6368  MscS mechanosensitive ion channel  32.04 
 
 		 493 aa  93.2  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1530  MscS Mechanosensitive ion channel  27.67 
 
 		 372 aa  91.3  2e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.421553 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0141  MscS Mechanosensitive ion channel  28.51 
 
 		 373 aa  90.5  4e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195967  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1178  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  25.96 
 
 		 505 aa  90.5  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.811879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  26.47 
 
 		 806 aa  88.6  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2842  MscS mechanosensitive ion channel  25.24 
 
 		 369 aa  89  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2303  MscS Mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 512 aa  88.2  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.697138  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3626  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  28.77 
 
 		 489 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5283  MscS Mechanosensitive ion channel  25.72 
 
 		 376 aa  87.4  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2387  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  28.3 
 
 		 490 aa  87  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1770  MscS mechanosensitive ion channel  27.75 
 
 		 406 aa  86.7  5e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2790  MscS mechanosensitive ion channel  27.69 
 
 		 335 aa  86.7  6e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.756482  normal  0.557915 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6888  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  27.15 
 
 		 506 aa  86.7  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2696  MscS Mechanosensitive ion channel  28.36 
 
 		 369 aa  86.3  7e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.415509  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1942  MscS mechanosensitive ion channel  24.17 
 
 		 360 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2105  MscS Mechanosensitive ion channel  27.18 
 
 		 414 aa  84  0.000000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600957  normal  0.059013 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2837  MscS Mechanosensitive ion channel  31.03 
 
 		 366 aa  84  0.000000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.426677  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2065  MscS mechanosensitive ion channel  24.53 
 
 		 359 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1968  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  25.3 
 
 		 475 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1529  MscS Mechanosensitive ion channel  24.06 
 
 		 385 aa  82.8  0.000000000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1647  MscS Mechanosensitive ion channel  29 
 
 		 429 aa  82.4  0.00000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5166  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  26.96 
 
 		 475 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0740457  normal  0.0860349 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2393  MscS Mechanosensitive ion channel  27.88 
 
 		 408 aa  82  0.00000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12461  transmembrane protein  30.67 
 
 		 481 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5308  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  26.96 
 
 		 508 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.119708 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1146  MscS mechanosensitive ion channel  24.42 
 
 		 366 aa  82  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.779955  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5256  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  26.96 
 
 		 475 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.584441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0820  MscS mechanosensitive ion channel  26.94 
 
 		 849 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0343003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1250  MscS mechanosensitive ion channel  24.14 
 
 		 361 aa  81.3  0.00000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00000000000414305  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0226  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.22 
 
 		 473 aa  80.9  0.00000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.512445  normal  0.203081 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1546  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  25.13 
 
 		 479 aa  80.5  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1093  MscS Mechanosensitive ion channel  26.63 
 
 		 389 aa  80.1  0.00000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.464677  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  22.91 
 
 		 362 aa  80.1  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  21.15 
 
 		 362 aa  79.7  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2440  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  28.35 
 
 		 509 aa  79.7  0.00000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00769093 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6691  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  29.51 
 
 		 485 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6057  MscS Mechanosensitive ion channel  23.64 
 
 		 779 aa  79.3  0.00000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3144  MscS mechanosensitive ion channel  28.69 
 
 		 444 aa  79.3  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0287681 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  29.71 
 
 		 400 aa  78.2  0.0000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  26.64 
 
 		 825 aa  77.4  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  26.23 
 
 		 847 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  26.23 
 
 		 847 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1464  MscS Mechanosensitive ion channel  28.28 
 
 		 338 aa  77.4  0.0000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0767  small-conductance mechanosensitive ion channel  27.74 
 
 		 401 aa  77  0.0000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.967765  normal  0.366005 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0773  MscS mechanosensitive ion channel  27.74 
 
 		 401 aa  76.3  0.0000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5463  MscS Mechanosensitive ion channel  27.43 
 
 		 343 aa  75.9  0.0000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  28.48 
 
 		 291 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4142  MscS mechanosensitive ion channel  25.4 
 
 		 384 aa  75.5  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.93898  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1124  MscS Mechanosensitive ion channel  21.05 
 
 		 345 aa  74.7  0.000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.745547  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2162  periplasmic binding protein; mechanosensitive ion channel component  26.51 
 
 		 794 aa  74.7  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.387859 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2760  MscS Mechanosensitive ion channel  27.23 
 
 		 344 aa  74.7  0.000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.394899  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2475  MscS Mechanosensitive ion channel  26.92 
 
 		 334 aa  74.3  0.000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.288536  normal  0.672517 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3392  MscS Mechanosensitive ion channel  25.15 
 
 		 833 aa  74.3  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  25.83 
 
 		 806 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0308  MscS mechanosensitive ion channel  24.74 
 
 		 459 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02489  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  28.38 
 
 		 367 aa  73.9  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  26.05 
 
 		 807 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2829  MscS mechanosensitive ion channel  25.65 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4616  hypothetical protein  26.67 
 
 		 1108 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.115019  normal  1 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A4708  hypothetical protein  26.67 
 
 		 1108 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749013  normal  1 
 
 
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NC_011149  SeAg_B4625  hypothetical protein  26.67 
 
 		 1108 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.288253  n/a   
 
 
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NC_011083  SeHA_C4765  hypothetical protein  26.67 
 
 		 1108 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514219  normal  0.17769 
 
 
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NC_011205  SeD_A4744  hypothetical protein  26.67 
 
 		 1108 aa  73.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011138  MADE_01752  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  22.71 
 
 		 328 aa  73.2  0.000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.249612  n/a   
 
 
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NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  26.67 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
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NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  23.85 
 
 		 891 aa  73.2  0.000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  25.31 
 
 		 843 aa  72.8  0.000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  24.62 
 
 		 472 aa  72.8  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
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NC_011206  Lferr_1461  MscS Mechanosensitive ion channel  23.85 
 
 		 785 aa  72.8  0.000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013132  Cpin_1486  MscS Mechanosensitive ion channel  28.18 
 
 		 272 aa  72.4  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007355  Mbar_A2985  hypothetical protein  28.48 
 
 		 351 aa  72  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0299284  normal  0.0305677 
 
 
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NC_007912  Sde_2895  helix-turn-helix, AraC type  31.36 
 
 		 264 aa  72.4  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0170548 
 
 
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NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  24.44 
 
 		 842 aa  72  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
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NC_009674  Bcer98_4017  MscS mechanosensitive ion channel  34.01 
 
 		 285 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  27.03 
 
 		 637 aa  71.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
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NC_007005  Psyr_3549  MscS mechanosensitive ion channel  25.1 
 
 		 803 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.566467  normal  0.27975 
 
 
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NC_007912  Sde_3910  hypothetical protein  27.66 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007955  Mbur_0476  MscS mechanosensitive ion channel  27.31 
 
 		 279 aa  71.2  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.139506  n/a   
 
 
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NC_013158  Huta_0091  MscS Mechanosensitive ion channel  26.01 
 
 		 297 aa  71.6  0.00000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010322  PputGB1_0741  MscS mechanosensitive ion channel  24.71 
 
 		 803 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007802  Jann_3659  MscS mechanosensitive ion channel  28.43 
 
 		 439 aa  70.9  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.19276  normal  1 
 
 
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