More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4142 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4142  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 384 aa  783    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.93898  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2989  Ricin B lectin  58.19 
 
 		 474 aa  405  1.0000000000000001e-112  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000129425 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0308  MscS mechanosensitive ion channel  56.11 
 
 		 459 aa  396  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02489  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  53.39 
 
 		 367 aa  349  4e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1189  MscS Mechanosensitive ion channel  43.52 
 
 		 445 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0743  MscS Mechanosensitive ion channel  38.58 
 
 		 460 aa  242  6e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1940  MscS mechanosensitive ion channel  38.17 
 
 		 489 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5986  MscS Mechanosensitive ion channel  30.93 
 
 		 337 aa  167  2e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3659  MscS mechanosensitive ion channel  34.09 
 
 		 439 aa  155  9e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.19276  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10253  hypothetical protein  33.48 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00229932  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0102  MscS mechanosensitive ion channel  28.41 
 
 		 537 aa  145  2e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.102568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0890  MscS mechanosensitive ion channel  33.09 
 
 		 330 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000201965 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2422  MscS mechanosensitive ion channel  28.22 
 
 		 572 aa  141  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0293  MscS mechanosensitive ion channel  32.16 
 
 		 447 aa  131  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0663  MscS Mechanosensitive ion channel  31.23 
 
 		 336 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01752  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  29.71 
 
 		 328 aa  128  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.249612  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00500  MscS Mechanosensitive ion channel  25.93 
 
 		 334 aa  128  2.0000000000000002e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3168  MscS Mechanosensitive ion channel  27.5 
 
 		 311 aa  127  3e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0116515  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  31.44 
 
 		 531 aa  127  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4090  MscS mechanosensitive ion channel  29.29 
 
 		 349 aa  127  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014249  Aazo_5329  mechanosensitive ion channel protein MscS  35.02 
 
 		 331 aa  124  4e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  27.36 
 
 		 532 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4521  MscS Mechanosensitive ion channel  27.78 
 
 		 291 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.958869 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  29.41 
 
 		 561 aa  120  3.9999999999999996e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  35.08 
 
 		 276 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1074  MscS mechanosensitive ion channel  31.22 
 
 		 360 aa  117  3e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.287098  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  28.26 
 
 		 534 aa  117  3e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0359  MscS mechanosensitive ion channel  31.16 
 
 		 360 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.821631  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  27.47 
 
 		 563 aa  117  3.9999999999999997e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2641  MscS Mechanosensitive ion channel  31.84 
 
 		 280 aa  116  6e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0091  MscS Mechanosensitive ion channel  30.24 
 
 		 297 aa  116  6.9999999999999995e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1775  MscS mechanosensitive ion channel  33.16 
 
 		 283 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1689  MscS mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 356 aa  114  3e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  31.43 
 
 		 540 aa  114  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1552  MscS mechanosensitive ion channel  31.16 
 
 		 359 aa  114  3e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.101944 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  28.63 
 
 		 275 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  29.76 
 
 		 292 aa  113  5e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2000  MscS Mechanosensitive ion channel  28.91 
 
 		 302 aa  113  6e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.03582 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1187  MscS Mechanosensitive ion channel  27.09 
 
 		 305 aa  113  7.000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0250538  hitchhiker  0.00000123969 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  31.07 
 
 		 297 aa  112  8.000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1895  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 286 aa  112  9e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.461855 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  28 
 
 		 280 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  26.06 
 
 		 538 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  26.92 
 
 		 533 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  27.52 
 
 		 547 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  27.42 
 
 		 298 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  29.9 
 
 		 494 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1417  MscS Mechanosensitive ion channel  26.17 
 
 		 304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  27.99 
 
 		 842 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  29.57 
 
 		 266 aa  109  6e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  31.58 
 
 		 362 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1496  MscS Mechanosensitive ion channel  22.26 
 
 		 295 aa  109  9.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  30.48 
 
 		 400 aa  109  9.000000000000001e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1853  MscS mechanosensitive ion channel  27.48 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2010  MscS Mechanosensitive ion channel  30.8 
 
 		 447 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3392  MscS Mechanosensitive ion channel  28.89 
 
 		 833 aa  108  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2035  MscS Mechanosensitive ion channel  30.8 
 
 		 447 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0661  MscS Mechanosensitive ion channel  28.92 
 
 		 295 aa  108  2e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1486  MscS Mechanosensitive ion channel  27.54 
 
 		 272 aa  108  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3343  mechanosensitive ion channel protein  29.28 
 
 		 813 aa  108  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.183155 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4382  MscS mechanosensitive ion channel  31.82 
 
 		 262 aa  106  5e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.496887  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0476  MscS mechanosensitive ion channel  30.2 
 
 		 279 aa  107  5e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.139506  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2128  MscS mechanosensitive ion channel  27.78 
 
 		 270 aa  106  6e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  29.17 
 
 		 322 aa  106  7e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  34.97 
 
 		 279 aa  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0795  MscS mechanosensitive ion channel  33.87 
 
 		 269 aa  104  2e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13183  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  25.49 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1042  MscS Mechanosensitive ion channel  28.5 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  28.29 
 
 		 547 aa  104  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1093  MscS Mechanosensitive ion channel  29.95 
 
 		 389 aa  104  2e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.464677  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  31.63 
 
 		 274 aa  104  2e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  29.47 
 
 		 362 aa  104  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  30.23 
 
 		 685 aa  104  3e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  28.74 
 
 		 286 aa  103  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  28.74 
 
 		 286 aa  103  5e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  28.74 
 
 		 286 aa  103  5e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  28.74 
 
 		 286 aa  103  5e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  30.36 
 
 		 270 aa  103  5e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2090  hypothetical protein  28.5 
 
 		 301 aa  103  5e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  28.74 
 
 		 286 aa  103  5e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  28.74 
 
 		 291 aa  103  5e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  28.74 
 
 		 286 aa  103  5e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  28.74 
 
 		 286 aa  103  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  28.74 
 
 		 286 aa  103  5e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  27.94 
 
 		 544 aa  103  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  32.31 
 
 		 283 aa  103  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2284  MscS mechanosensitive ion channel  29.7 
 
 		 273 aa  103  6e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1584  MscS mechanosensitive ion channel  27.1 
 
 		 279 aa  102  9e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00518641  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  29.87 
 
 		 637 aa  102  9e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 273 aa  102  9e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1701  phosphoglycerate mutase  27.1 
 
 		 310 aa  102  1e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1335  MscS mechanosensitive ion channel  28.2 
 
 		 275 aa  102  1e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000063147 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1934  mechanosensitive ion channel family protein  31.55 
 
 		 287 aa  102  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.117079  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0521  MscS mechanosensitive ion channel  29.12 
 
 		 200 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.108923  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1587  MscS mechanosensitive ion channel  32.86 
 
 		 807 aa  102  1e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.370206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2355  MscS mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0549147  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  26.79 
 
 		 549 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  26.79 
 
 		 549 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0811  small-conductance mechanosensitive channel protein  29.21 
 
 		 451 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3468  MscS mechanosensitive ion channel  30.26 
 
 		 550 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>