More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02489 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02489  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  100 
 
 		 367 aa  749    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0308  MscS mechanosensitive ion channel  52.31 
 
 		 459 aa  359  4e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4142  MscS mechanosensitive ion channel  53.39 
 
 		 384 aa  354  1e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.93898  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2989  Ricin B lectin  47.44 
 
 		 474 aa  337  2.9999999999999997e-91  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000129425 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1189  MscS Mechanosensitive ion channel  38.29 
 
 		 445 aa  257  2e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0743  MscS Mechanosensitive ion channel  46.96 
 
 		 460 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1940  MscS mechanosensitive ion channel  36.2 
 
 		 489 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5986  MscS Mechanosensitive ion channel  39.22 
 
 		 337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0102  MscS mechanosensitive ion channel  31.58 
 
 		 537 aa  153  5e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.102568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3659  MscS mechanosensitive ion channel  35.51 
 
 		 439 aa  148  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.19276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0293  MscS mechanosensitive ion channel  29.57 
 
 		 447 aa  147  3e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2422  MscS mechanosensitive ion channel  33.2 
 
 		 572 aa  145  8.000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10253  hypothetical protein  30.3 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00229932  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0890  MscS mechanosensitive ion channel  33.48 
 
 		 330 aa  134  3e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000201965 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00500  MscS Mechanosensitive ion channel  25.93 
 
 		 334 aa  130  5.0000000000000004e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01752  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  26.57 
 
 		 328 aa  129  6e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.249612  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4090  MscS mechanosensitive ion channel  26.3 
 
 		 349 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2000  MscS Mechanosensitive ion channel  29.19 
 
 		 302 aa  119  7e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.03582 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  35.68 
 
 		 561 aa  119  7e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0091  MscS Mechanosensitive ion channel  27.39 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3168  MscS Mechanosensitive ion channel  26.04 
 
 		 311 aa  118  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0116515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1417  MscS Mechanosensitive ion channel  28.63 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1187  MscS Mechanosensitive ion channel  26.19 
 
 		 305 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0250538  hitchhiker  0.00000123969 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0663  MscS Mechanosensitive ion channel  27.11 
 
 		 336 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014249  Aazo_5329  mechanosensitive ion channel protein MscS  33.33 
 
 		 331 aa  117  3.9999999999999997e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  30.67 
 
 		 531 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1486  MscS Mechanosensitive ion channel  27.87 
 
 		 272 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2284  MscS mechanosensitive ion channel  32.21 
 
 		 273 aa  113  5e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  34.81 
 
 		 276 aa  112  7.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4521  MscS Mechanosensitive ion channel  26.15 
 
 		 291 aa  112  9e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.958869 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4382  MscS mechanosensitive ion channel  35.36 
 
 		 262 aa  112  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.496887  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1584  MscS mechanosensitive ion channel  28.35 
 
 		 279 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00518641  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  28.33 
 
 		 400 aa  110  3e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  29.08 
 
 		 538 aa  109  6e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13183  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  27.94 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  29.13 
 
 		 563 aa  108  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  31.36 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  31.36 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  31.36 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  31.36 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  31.36 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  31.36 
 
 		 286 aa  108  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1074  MscS mechanosensitive ion channel  31.31 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.287098  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  31.36 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2771  MscS Mechanosensitive ion channel  26.87 
 
 		 296 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1689  MscS mechanosensitive ion channel  31.71 
 
 		 356 aa  108  2e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  31.36 
 
 		 291 aa  108  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  29.33 
 
 		 842 aa  107  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  31.36 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  28.88 
 
 		 266 aa  106  6e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0359  MscS mechanosensitive ion channel  31.84 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.821631  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2381  MscS mechanosensitive ion channel  29.55 
 
 		 287 aa  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.42777  hitchhiker  0.00000285336 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  30.74 
 
 		 297 aa  105  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  27.03 
 
 		 393 aa  105  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1552  MscS mechanosensitive ion channel  32.24 
 
 		 359 aa  103  3e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.101944 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3390  MscS mechanosensitive ion channel  33.49 
 
 		 861 aa  104  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2641  MscS Mechanosensitive ion channel  29.58 
 
 		 280 aa  104  3e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2238  mechanosensitive ion channel family protein  27.42 
 
 		 449 aa  103  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1129  mechanosensitive ion channel family protein  27.42 
 
 		 449 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 544 aa  103  4e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0971  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.42 
 
 		 450 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1029  mechanosensitive ion channel family protein  27.42 
 
 		 450 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.165892  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2654  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.42 
 
 		 450 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2108  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.42 
 
 		 450 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  28.63 
 
 		 532 aa  103  6e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0015  MscS mechanosensitive ion channel  25.19 
 
 		 287 aa  103  6e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  25.97 
 
 		 1144 aa  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  29.38 
 
 		 275 aa  103  6e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  27.68 
 
 		 534 aa  103  7e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  28.37 
 
 		 685 aa  102  8e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2393  MscS Mechanosensitive ion channel  29.5 
 
 		 408 aa  102  9e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  33.93 
 
 		 292 aa  102  9e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  28.91 
 
 		 280 aa  102  9e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  31.08 
 
 		 494 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0476  MscS mechanosensitive ion channel  26.56 
 
 		 279 aa  102  1e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.139506  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1496  MscS Mechanosensitive ion channel  23.84 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  28.97 
 
 		 274 aa  102  1e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  33.66 
 
 		 286 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  33.66 
 
 		 286 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  33.66 
 
 		 286 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  28.5 
 
 		 540 aa  101  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  27.59 
 
 		 533 aa  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2128  MscS mechanosensitive ion channel  29.66 
 
 		 270 aa  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  28.05 
 
 		 547 aa  101  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1587  MscS mechanosensitive ion channel  35.09 
 
 		 807 aa  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.370206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  33.66 
 
 		 286 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  33.66 
 
 		 286 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1895  MscS Mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 		 286 aa  100  3e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.461855 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0774  mechanosensitive ion channel family protein  27.02 
 
 		 450 aa  100  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2527  MscS mechanosensitive ion channel  26.59 
 
 		 427 aa  100  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  26.54 
 
 		 298 aa  101  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0975  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.02 
 
 		 450 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0661  MscS Mechanosensitive ion channel  30.51 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0108  MscS mechanosensitive ion channel  24.65 
 
 		 304 aa  99.4  9e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2426  MscS mechanosensitive ion channel  26.82 
 
 		 460 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610338  hitchhiker  0.0000133571 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  32.35 
 
 		 279 aa  98.6  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3343  mechanosensitive ion channel protein  33.1 
 
 		 813 aa  99  1e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.183155 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3155  MscS Mechanosensitive ion channel  27.54 
 
 		 451 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00105623  normal  0.0641339 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1775  MscS mechanosensitive ion channel  26.03 
 
 		 283 aa  98.6  2e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0514  MscS Mechanosensitive ion channel  25.59 
 
 		 288 aa  97.8  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>