More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3300 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_2833  alpha amylase catalytic region  73.86 
 
 		 548 aa  863    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518671  normal  0.538121 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3102  alpha amylase catalytic region  74.04 
 
 		 548 aa  867    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.355967  normal  0.289712 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0390  alpha amylase catalytic region  60.51 
 
 		 550 aa  674    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622906  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3304  alpha amylase, catalytic region  59.12 
 
 		 550 aa  662    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.251779  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0788  alpha-glucosidase  59.11 
 
 		 550 aa  652    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0358  alpha amylase catalytic region  60.31 
 
 		 550 aa  671    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.404275 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0295  alpha amylase catalytic region  59.33 
 
 		 551 aa  656    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3300  alpha-glucosidase  100 
 
 		 555 aa  1155    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1649  alpha-glucosidase  58.82 
 
 		 552 aa  646    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.856905  hitchhiker  0.000000195123 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2320  alpha amylase catalytic region  71.93 
 
 		 547 aa  822    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80263 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1949  alpha amylase protein  58.5 
 
 		 553 aa  626  1e-178  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2088  alpha amylase catalytic region  57.34 
 
 		 541 aa  627  1e-178  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0021  alpha amylase catalytic region  56.95 
 
 		 530 aa  619  1e-176  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193993  normal  0.266827 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0261  alpha amylase  56.32 
 
 		 537 aa  619  1e-176  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0029  alpha amylase, catalytic region  56.42 
 
 		 536 aa  619  1e-176  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3326  alpha amylase catalytic region  58.96 
 
 		 547 aa  615  1e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0984  alpha amylase family protein  55.17 
 
 		 538 aa  613  9.999999999999999e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1370  alpha amylase domain-containing protein  58.1 
 
 		 536 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3325  alpha amylase catalytic region  55.18 
 
 		 556 aa  614  9.999999999999999e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0039  alpha amylase, catalytic region  58.3 
 
 		 536 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1889  alpha amylase, catalytic region  55.89 
 
 		 541 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2086  alpha amylase catalytic region  54.88 
 
 		 540 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2039  alpha amylase catalytic region  54.49 
 
 		 540 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2299  alpha amylase catalytic region  54.88 
 
 		 540 aa  604  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.495294  normal  0.823743 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4573  hypothetical protein  54.88 
 
 		 540 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2287  alpha amylase catalytic region  54.88 
 
 		 540 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2210  alpha amylase catalytic region  54.49 
 
 		 586 aa  600  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.408019  hitchhiker  0.00161183 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4341  alpha amylase catalytic region  54.17 
 
 		 539 aa  601  1e-170  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0601  alpha-glucosidase  54.46 
 
 		 540 aa  597  1e-169  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.642438 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2311  alpha amylase, catalytic region  54.12 
 
 		 540 aa  596  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.679266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1662  alpha amylase, catalytic region  55.34 
 
 		 544 aa  595  1e-169  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723863  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2209  alpha amylase, catalytic region  55.69 
 
 		 540 aa  592  1e-168  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1788  alpha amylase, catalytic region  54.27 
 
 		 544 aa  593  1e-168  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.606639  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1017  alpha amylase catalytic region  54.66 
 
 		 537 aa  595  1e-168  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.487933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2028  alpha amylase, catalytic region  51.36 
 
 		 557 aa  589  1e-167  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3128  alpha amylase, catalytic region  57.17 
 
 		 542 aa  590  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.209805  normal  0.0115348 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2213  oligo-1,6-glucosidase  54.49 
 
 		 540 aa  587  1e-166  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2133  alpha amylase, catalytic region  55.08 
 
 		 540 aa  585  1e-166  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3112  alpha amylase protein  55.67 
 
 		 535 aa  580  1e-164  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.364914  normal  0.605124 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0416  alpha amylase catalytic region  54.91 
 
 		 557 aa  577  1.0000000000000001e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2620  alpha amylase catalytic region  53.49 
 
 		 560 aa  556  1e-157  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4089  alpha amylase catalytic region  51.84 
 
 		 540 aa  531  1e-149  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2954  alpha amylase catalytic region  49.06 
 
 		 549 aa  521  1e-146  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0067439 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2736  alpha amylase, catalytic region  50.19 
 
 		 543 aa  509  1e-143  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.70509  normal  0.436177 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1891  alpha amylase, catalytic region  51.91 
 
 		 544 aa  506  9.999999999999999e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.687574  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0184  alpha amylase, catalytic region  49.7 
 
 		 547 aa  505  9.999999999999999e-143  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.341726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5769  alpha amylase catalytic region  41.18 
 
 		 535 aa  428  1e-118  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4274  alpha amylase catalytic region  44.25 
 
 		 529 aa  428  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0835  alpha amylase catalytic region  42.59 
 
 		 549 aa  427  1e-118  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0307  alpha amylase catalytic subunit  44.16 
 
 		 525 aa  419  1e-116  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0107  alpha amylase catalytic region  42.3 
 
 		 543 aa  420  1e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4891  alpha amylase, catalytic region  42.74 
 
 		 538 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1475  alpha amylase catalytic region  42.38 
 
 		 553 aa  418  9.999999999999999e-116  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3687  alpha amylase, catalytic region  42.06 
 
 		 540 aa  413  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0917  alpha amylase, catalytic region  43.37 
 
 		 542 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5528  alpha amylase catalytic region  40.26 
 
 		 545 aa  409  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.283745  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1969  alpha amylase catalytic region  39.27 
 
 		 536 aa  405  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.786718  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5242  alpha amylase catalytic region  43.37 
 
 		 538 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0810  alpha amylase, catalytic region  44.06 
 
 		 540 aa  403  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.553058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3863  alpha amylase catalytic region  43.95 
 
 		 541 aa  403  1e-111  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00249861  normal  0.684332 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5268  alpha amylase catalytic region  44.29 
 
 		 540 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0356  alpha amylase, catalytic region  42.2 
 
 		 564 aa  399  9.999999999999999e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.171609  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0672  alpha amylase, catalytic region  42.74 
 
 		 533 aa  401  9.999999999999999e-111  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.227468 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0921  alpha amylase  41.37 
 
 		 568 aa  399  1e-109  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0194055 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0777  alpha amylase catalytic region  42.44 
 
 		 532 aa  397  1e-109  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.876516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3077  alpha amylase catalytic region  44.29 
 
 		 535 aa  398  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0346516 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1931  alpha amylase, catalytic region  43.86 
 
 		 541 aa  397  1e-109  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.126366  normal  0.0171494 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3169  alpha amylase, catalytic region  42.24 
 
 		 530 aa  390  1e-107  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2294  Alpha amylase, catalytic region  44.69 
 
 		 542 aa  389  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.960991  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5238  alpha amylase catalytic region  43.17 
 
 		 524 aa  388  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0394755 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0942  oligo-1,6-glucosidase, putative  41 
 
 		 539 aa  382  1e-105  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2303  alpha amylase catalytic region  44.69 
 
 		 448 aa  383  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.190789 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0226  alpha amylase catalytic region  41.34 
 
 		 537 aa  384  1e-105  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.547651 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1595  alpha amylase catalytic region  42.38 
 
 		 528 aa  380  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0451037 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2302  alpha amylase catalytic region  40.59 
 
 		 518 aa  376  1e-103  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3898  alpha amylase catalytic region  42.94 
 
 		 526 aa  376  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.237178 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1988  alpha amylase catalytic region  42.91 
 
 		 546 aa  372  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4167  alpha amylase catalytic region  40.75 
 
 		 574 aa  368  1e-100  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.718668  hitchhiker  0.00459901 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7974  alpha amylase catalytic region  40.12 
 
 		 547 aa  364  2e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3310  alpha amylase, catalytic region  40.11 
 
 		 575 aa  363  5.0000000000000005e-99  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1154  alpha amylase catalytic region  38.49 
 
 		 577 aa  362  1e-98  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.144841  decreased coverage  0.0000326761 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3104  trehalose-6-phosphate hydrolase  42.14 
 
 		 515 aa  359  6e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0986221  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0899  trehalose-6-phosphate hydrolase  37.57 
 
 		 560 aa  353  5e-96  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0165  alpha amylase catalytic region  36.64 
 
 		 557 aa  353  5.9999999999999994e-96  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000167663  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09460  alpha amylase catalytic region  35.2 
 
 		 563 aa  352  1e-95  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0188478  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5893  alpha amylase catalytic region  43.65 
 
 		 507 aa  352  1e-95  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.186774 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1251  Alpha amylase, catalytic region  36.75 
 
 		 561 aa  348  2e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4926  alpha amylase catalytic region  37.89 
 
 		 578 aa  347  2e-94  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0526  alpha amylase catalytic region  34.79 
 
 		 562 aa  347  4e-94  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1739  alpha amylase catalytic region  43.16 
 
 		 550 aa  343  2.9999999999999997e-93  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000285446  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0775  alpha amylase, catalytic region  41.09 
 
 		 534 aa  343  5e-93  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11590  glycosidase  41.57 
 
 		 522 aa  342  8e-93  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3302  alpha amylase catalytic region  41.6 
 
 		 566 aa  342  9e-93  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.15105  normal  0.0149256 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1070  alpha-glucosidase  36.19 
 
 		 551 aa  342  1e-92  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.297332  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0745  alpha amylase catalytic region  40.83 
 
 		 543 aa  341  2e-92  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.215044  hitchhiker  0.000627206 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0695  alpha amylase catalytic region  42.71 
 
 		 533 aa  338  1.9999999999999998e-91  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.497083 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0833  alpha-glucosidase  41.99 
 
 		 544 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3323  alpha amylase catalytic region  37.13 
 
 		 570 aa  337  2.9999999999999997e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22530  alpha amylase catalytic region  35.93 
 
 		 562 aa  337  3.9999999999999995e-91  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1564  alpha-D-1,4-glucosidase  35.63 
 
 		 549 aa  337  3.9999999999999995e-91  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>