More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2954 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2954  alpha amylase catalytic region  100 
 
 		 549 aa  1134    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0067439 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3300  alpha-glucosidase  49.06 
 
 		 555 aa  521  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0390  alpha amylase catalytic region  47.05 
 
 		 550 aa  512  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622906  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0358  alpha amylase catalytic region  47.05 
 
 		 550 aa  512  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.404275 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3102  alpha amylase catalytic region  48.73 
 
 		 548 aa  509  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.355967  normal  0.289712 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2320  alpha amylase catalytic region  49.9 
 
 		 547 aa  511  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80263 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2833  alpha amylase catalytic region  48.73 
 
 		 548 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518671  normal  0.538121 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3304  alpha amylase, catalytic region  48.24 
 
 		 550 aa  503  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.251779  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1370  alpha amylase domain-containing protein  48.59 
 
 		 536 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0261  alpha amylase  49.5 
 
 		 537 aa  492  9.999999999999999e-139  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0039  alpha amylase, catalytic region  48.78 
 
 		 536 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1889  alpha amylase, catalytic region  48.1 
 
 		 541 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0984  alpha amylase family protein  48.58 
 
 		 538 aa  488  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1949  alpha amylase protein  46.8 
 
 		 553 aa  487  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2039  alpha amylase catalytic region  46.91 
 
 		 540 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2209  alpha amylase, catalytic region  47.96 
 
 		 540 aa  483  1e-135  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1788  alpha amylase, catalytic region  44.91 
 
 		 544 aa  483  1e-135  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.606639  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2311  alpha amylase, catalytic region  47.6 
 
 		 540 aa  484  1e-135  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.679266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1017  alpha amylase catalytic region  49.1 
 
 		 537 aa  484  1e-135  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.487933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0029  alpha amylase, catalytic region  47.65 
 
 		 536 aa  483  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2213  oligo-1,6-glucosidase  48.16 
 
 		 540 aa  479  1e-134  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1649  alpha-glucosidase  47.12 
 
 		 552 aa  479  1e-134  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.856905  hitchhiker  0.000000195123 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2299  alpha amylase catalytic region  46.71 
 
 		 540 aa  481  1e-134  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.495294  normal  0.823743 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0601  alpha-glucosidase  45.09 
 
 		 540 aa  479  1e-134  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.642438 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2086  alpha amylase catalytic region  46.51 
 
 		 540 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0788  alpha-glucosidase  47.08 
 
 		 550 aa  480  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2133  alpha amylase, catalytic region  47.76 
 
 		 540 aa  479  1e-134  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4573  hypothetical protein  46.51 
 
 		 540 aa  480  1e-134  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2287  alpha amylase catalytic region  46.51 
 
 		 540 aa  480  1e-134  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3325  alpha amylase catalytic region  45.86 
 
 		 556 aa  475  1e-133  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2620  alpha amylase catalytic region  47.91 
 
 		 560 aa  477  1e-133  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1662  alpha amylase, catalytic region  44.42 
 
 		 544 aa  478  1e-133  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723863  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2210  alpha amylase catalytic region  45.47 
 
 		 586 aa  472  1e-132  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.408019  hitchhiker  0.00161183 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3326  alpha amylase catalytic region  45.82 
 
 		 547 aa  469  1.0000000000000001e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0295  alpha amylase catalytic region  47.83 
 
 		 551 aa  467  9.999999999999999e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2028  alpha amylase, catalytic region  44.75 
 
 		 557 aa  463  1e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2736  alpha amylase, catalytic region  46.2 
 
 		 543 aa  463  1e-129  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.70509  normal  0.436177 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0021  alpha amylase catalytic region  44.76 
 
 		 530 aa  464  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193993  normal  0.266827 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2088  alpha amylase catalytic region  45.82 
 
 		 541 aa  465  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3112  alpha amylase protein  46.1 
 
 		 535 aa  461  9.999999999999999e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.364914  normal  0.605124 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0184  alpha amylase, catalytic region  44.46 
 
 		 547 aa  459  9.999999999999999e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.341726  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0416  alpha amylase catalytic region  48.52 
 
 		 557 aa  460  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4341  alpha amylase catalytic region  45.91 
 
 		 539 aa  457  1e-127  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4089  alpha amylase catalytic region  45.72 
 
 		 540 aa  453  1.0000000000000001e-126  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3128  alpha amylase, catalytic region  45.56 
 
 		 542 aa  426  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.209805  normal  0.0115348 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1891  alpha amylase, catalytic region  43.36 
 
 		 544 aa  413  1e-114  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.687574  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4274  alpha amylase catalytic region  42.75 
 
 		 529 aa  397  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0107  alpha amylase catalytic region  42.83 
 
 		 543 aa  394  1e-108  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5528  alpha amylase catalytic region  42.06 
 
 		 545 aa  390  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.283745  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1475  alpha amylase catalytic region  39.56 
 
 		 553 aa  384  1e-105  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0921  alpha amylase  41.67 
 
 		 568 aa  385  1e-105  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0194055 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0835  alpha amylase catalytic region  41.43 
 
 		 549 aa  380  1e-104  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1931  alpha amylase, catalytic region  42.67 
 
 		 541 aa  381  1e-104  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.126366  normal  0.0171494 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3863  alpha amylase catalytic region  43.53 
 
 		 541 aa  377  1e-103  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00249861  normal  0.684332 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4891  alpha amylase, catalytic region  41.15 
 
 		 538 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5268  alpha amylase catalytic region  41.62 
 
 		 540 aa  369  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0810  alpha amylase, catalytic region  42.3 
 
 		 540 aa  365  1e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.553058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3687  alpha amylase, catalytic region  39.88 
 
 		 540 aa  364  2e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5769  alpha amylase catalytic region  41.2 
 
 		 535 aa  362  8e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0672  alpha amylase, catalytic region  43.2 
 
 		 533 aa  362  1e-98  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.227468 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0356  alpha amylase, catalytic region  37.68 
 
 		 564 aa  361  2e-98  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.171609  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5242  alpha amylase catalytic region  42.74 
 
 		 538 aa  359  7e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0917  alpha amylase, catalytic region  40.58 
 
 		 542 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0777  alpha amylase catalytic region  39.19 
 
 		 532 aa  357  3.9999999999999996e-97  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.876516  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1969  alpha amylase catalytic region  40.48 
 
 		 536 aa  357  3.9999999999999996e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.786718  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0307  alpha amylase catalytic subunit  40.07 
 
 		 525 aa  356  5e-97  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0942  oligo-1,6-glucosidase, putative  40.22 
 
 		 539 aa  354  2.9999999999999997e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4167  alpha amylase catalytic region  40 
 
 		 574 aa  353  5e-96  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.718668  hitchhiker  0.00459901 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5238  alpha amylase catalytic region  40 
 
 		 524 aa  352  1e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0394755 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3310  alpha amylase, catalytic region  39.85 
 
 		 575 aa  351  2e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0226  alpha amylase catalytic region  39 
 
 		 537 aa  350  4e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.547651 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3077  alpha amylase catalytic region  41.87 
 
 		 535 aa  349  8e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0346516 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3169  alpha amylase, catalytic region  42.05 
 
 		 530 aa  347  2e-94  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1595  alpha amylase catalytic region  39.35 
 
 		 528 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0451037 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3323  alpha amylase catalytic region  37.69 
 
 		 570 aa  337  1.9999999999999998e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2553  alpha,alpha-phosphotrehalase  38.57 
 
 		 563 aa  337  1.9999999999999998e-91  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1251  Alpha amylase, catalytic region  37.15 
 
 		 561 aa  337  2.9999999999999997e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1621  alpha,alpha-phosphotrehalase  37.96 
 
 		 563 aa  337  3.9999999999999995e-91  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.459004  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1118  oligo-1,6-glucosidase  35.17 
 
 		 558 aa  335  7.999999999999999e-91  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00264328  normal  0.397885 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0165  alpha amylase catalytic region  36.54 
 
 		 557 aa  336  7.999999999999999e-91  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000167663  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22530  alpha amylase catalytic region  35.92 
 
 		 562 aa  335  1e-90  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4121  oligo-1,6-glucosidase  35.17 
 
 		 558 aa  333  4e-90  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00158128  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2302  alpha amylase catalytic region  40.71 
 
 		 518 aa  332  9e-90  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4140  oligo-1,6-glucosidase  34.48 
 
 		 558 aa  330  3e-89  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000871956  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7974  alpha amylase catalytic region  40 
 
 		 547 aa  330  3e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2716  alpha amylase catalytic region  34.2 
 
 		 559 aa  330  5.0000000000000004e-89  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0292835  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08330  sucrose isomerase  35.8 
 
 		 600 aa  330  5.0000000000000004e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3756  oligo-1,6-glucosidase  34.48 
 
 		 558 aa  329  7e-89  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000260004  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3772  oligo-1,6-glucosidase  34.48 
 
 		 558 aa  329  7e-89  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.719962  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4066  oligo-1,6-glucosidase  34.66 
 
 		 558 aa  329  9e-89  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.828435  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1988  alpha amylase catalytic region  40.2 
 
 		 546 aa  329  9e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4034  oligo-1,6-glucosidase  34.48 
 
 		 558 aa  329  9e-89  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3924  oligo-1,6-glucosidase  34.48 
 
 		 558 aa  329  1.0000000000000001e-88  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.12031  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4231  oligo-1,6-glucosidase  34.48 
 
 		 558 aa  329  1.0000000000000001e-88  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.24722  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3104  trehalose-6-phosphate hydrolase  40 
 
 		 515 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0986221  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0899  trehalose-6-phosphate hydrolase  36.67 
 
 		 560 aa  328  2.0000000000000001e-88  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2381  alpha-D-1,4-glucosidase  36.7 
 
 		 568 aa  328  2.0000000000000001e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0526  alpha amylase catalytic region  35.07 
 
 		 562 aa  327  3e-88  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3843  alpha amylase catalytic region  34.96 
 
 		 558 aa  327  3e-88  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00167819  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2303  alpha amylase catalytic region  42.38 
 
 		 448 aa  326  7e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.190789 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>