More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3898 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009956  Dshi_3898  alpha amylase catalytic region  100 
 
 		 526 aa  1076    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.237178 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3300  alpha-glucosidase  43.14 
 
 		 555 aa  388  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1017  alpha amylase catalytic region  44.83 
 
 		 537 aa  379  1e-104  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.487933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1889  alpha amylase, catalytic region  40.73 
 
 		 541 aa  376  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0358  alpha amylase catalytic region  42.14 
 
 		 550 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.404275 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3304  alpha amylase, catalytic region  41.65 
 
 		 550 aa  373  1e-102  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.251779  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0295  alpha amylase catalytic region  43.8 
 
 		 551 aa  372  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0390  alpha amylase catalytic region  42.14 
 
 		 550 aa  370  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622906  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2213  oligo-1,6-glucosidase  41.57 
 
 		 540 aa  366  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3112  alpha amylase protein  41.98 
 
 		 535 aa  367  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.364914  normal  0.605124 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2311  alpha amylase, catalytic region  41.37 
 
 		 540 aa  365  1e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.679266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2209  alpha amylase, catalytic region  42.04 
 
 		 540 aa  364  2e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0788  alpha-glucosidase  40.51 
 
 		 550 aa  364  2e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2133  alpha amylase, catalytic region  42.04 
 
 		 540 aa  364  3e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0601  alpha-glucosidase  43.33 
 
 		 540 aa  361  2e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.642438 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2320  alpha amylase catalytic region  43.6 
 
 		 547 aa  360  3e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80263 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2210  alpha amylase catalytic region  39.71 
 
 		 586 aa  359  5e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.408019  hitchhiker  0.00161183 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2299  alpha amylase catalytic region  41.32 
 
 		 540 aa  359  6e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.495294  normal  0.823743 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2039  alpha amylase catalytic region  41.52 
 
 		 540 aa  359  6e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2088  alpha amylase catalytic region  43.26 
 
 		 541 aa  359  8e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1662  alpha amylase, catalytic region  41.15 
 
 		 544 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723863  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4573  hypothetical protein  41.12 
 
 		 540 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2287  alpha amylase catalytic region  41.12 
 
 		 540 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2086  alpha amylase catalytic region  41.12 
 
 		 540 aa  357  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0261  alpha amylase  43.58 
 
 		 537 aa  356  6.999999999999999e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0416  alpha amylase catalytic region  42.64 
 
 		 557 aa  355  8.999999999999999e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1949  alpha amylase protein  40.69 
 
 		 553 aa  353  4e-96  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2028  alpha amylase, catalytic region  39.84 
 
 		 557 aa  353  5e-96  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1788  alpha amylase, catalytic region  39.88 
 
 		 544 aa  353  5.9999999999999994e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.606639  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0029  alpha amylase, catalytic region  41.12 
 
 		 536 aa  352  1e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1649  alpha-glucosidase  41.58 
 
 		 552 aa  351  2e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.856905  hitchhiker  0.000000195123 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4341  alpha amylase catalytic region  38.98 
 
 		 539 aa  350  4e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3102  alpha amylase catalytic region  40.8 
 
 		 548 aa  349  6e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.355967  normal  0.289712 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0184  alpha amylase, catalytic region  40.3 
 
 		 547 aa  347  2e-94  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.341726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2833  alpha amylase catalytic region  42.76 
 
 		 548 aa  347  4e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518671  normal  0.538121 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0984  alpha amylase family protein  39.48 
 
 		 538 aa  346  5e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0039  alpha amylase, catalytic region  42.26 
 
 		 536 aa  346  7e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0021  alpha amylase catalytic region  38.6 
 
 		 530 aa  345  8e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193993  normal  0.266827 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1370  alpha amylase domain-containing protein  42.05 
 
 		 536 aa  345  8e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3325  alpha amylase catalytic region  38.57 
 
 		 556 aa  343  5.999999999999999e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3326  alpha amylase catalytic region  40.96 
 
 		 547 aa  341  2e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4089  alpha amylase catalytic region  41.43 
 
 		 540 aa  340  4e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3128  alpha amylase, catalytic region  42.24 
 
 		 542 aa  331  2e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.209805  normal  0.0115348 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2736  alpha amylase, catalytic region  42.63 
 
 		 543 aa  322  9.999999999999999e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.70509  normal  0.436177 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1891  alpha amylase, catalytic region  40 
 
 		 544 aa  321  1.9999999999999998e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.687574  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2620  alpha amylase catalytic region  42.11 
 
 		 560 aa  317  3e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2954  alpha amylase catalytic region  39.38 
 
 		 549 aa  308  1.0000000000000001e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0067439 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0835  alpha amylase catalytic region  37.52 
 
 		 549 aa  305  2.0000000000000002e-81  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4891  alpha amylase, catalytic region  38.93 
 
 		 538 aa  293  7e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4274  alpha amylase catalytic region  36.4 
 
 		 529 aa  291  2e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1595  alpha amylase catalytic region  39.13 
 
 		 528 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0451037 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2303  alpha amylase catalytic region  40.94 
 
 		 448 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.190789 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3169  alpha amylase, catalytic region  36.74 
 
 		 530 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09460  alpha amylase catalytic region  36.08 
 
 		 563 aa  284  3.0000000000000004e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0188478  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5769  alpha amylase catalytic region  35.76 
 
 		 535 aa  283  6.000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11590  glycosidase  38.27 
 
 		 522 aa  281  2e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0921  alpha amylase  35.28 
 
 		 568 aa  280  4e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0194055 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0226  alpha amylase catalytic region  38.57 
 
 		 537 aa  280  4e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.547651 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0777  alpha amylase catalytic region  38.39 
 
 		 532 aa  278  1e-73  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.876516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5242  alpha amylase catalytic region  40.09 
 
 		 538 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1134  alpha amylase catalytic region  36.93 
 
 		 531 aa  277  4e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.746257  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3863  alpha amylase catalytic region  39.32 
 
 		 541 aa  276  6e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00249861  normal  0.684332 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0695  alpha amylase catalytic region  37.29 
 
 		 533 aa  275  1.0000000000000001e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.497083 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3687  alpha amylase, catalytic region  35.59 
 
 		 540 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3307  HAD-superfamily hydrolase subfamily IA, variant 3  39.25 
 
 		 735 aa  275  2.0000000000000002e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.081208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0356  alpha amylase, catalytic region  36.36 
 
 		 564 aa  274  2.0000000000000002e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.171609  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0672  alpha amylase, catalytic region  36.62 
 
 		 533 aa  275  2.0000000000000002e-72  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.227468 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5238  alpha amylase catalytic region  37.89 
 
 		 524 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0394755 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0438  trehalose-6-phosphate hydrolase  34.44 
 
 		 551 aa  274  3e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.683069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0775  alpha amylase, catalytic region  37.41 
 
 		 534 aa  274  3e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1969  alpha amylase catalytic region  35.56 
 
 		 536 aa  273  5.000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.786718  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0040  glucosidase  35.37 
 
 		 556 aa  273  6e-72  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4800  trehalose-6-phosphate hydrolase  35.71 
 
 		 550 aa  272  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.235757  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1621  alpha,alpha-phosphotrehalase  32.94 
 
 		 563 aa  271  2e-71  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.459004  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1931  alpha amylase, catalytic region  38.86 
 
 		 541 aa  271  2.9999999999999997e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.126366  normal  0.0171494 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0810  alpha amylase, catalytic region  39.18 
 
 		 540 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.553058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4855  trehalose-6-phosphate hydrolase  35.06 
 
 		 550 aa  271  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0911834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1475  alpha amylase catalytic region  37.37 
 
 		 553 aa  270  4e-71  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5528  alpha amylase catalytic region  36.24 
 
 		 545 aa  270  4e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.283745  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0899  trehalose-6-phosphate hydrolase  33.22 
 
 		 560 aa  270  5.9999999999999995e-71  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4121  oligo-1,6-glucosidase  33.61 
 
 		 558 aa  269  8e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00158128  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0307  alpha amylase catalytic subunit  36.87 
 
 		 525 aa  269  8.999999999999999e-71  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4736  trehalose-6-phosphate hydrolase  35.18 
 
 		 550 aa  269  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4705  trehalose-6-phosphate hydrolase  35.36 
 
 		 550 aa  269  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0221451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0518  trehalose-6-phosphate hydrolase  35.24 
 
 		 560 aa  268  1e-70  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000559563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5761  trehalose-6-phosphate hydrolase  33.58 
 
 		 551 aa  268  2e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.748972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1118  oligo-1,6-glucosidase  32.2 
 
 		 558 aa  268  2e-70  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00264328  normal  0.397885 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3772  oligo-1,6-glucosidase  31.71 
 
 		 558 aa  268  2e-70  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.719962  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4844  trehalose-6-phosphate hydrolase  34.3 
 
 		 551 aa  268  2e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.257097  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3843  alpha amylase catalytic region  34.38 
 
 		 558 aa  268  2e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00167819  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4493  trehalose-6-phosphate hydrolase  34.12 
 
 		 551 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3924  oligo-1,6-glucosidase  31.71 
 
 		 558 aa  267  4e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.12031  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4231  oligo-1,6-glucosidase  31.71 
 
 		 558 aa  267  4e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.24722  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0917  alpha amylase, catalytic region  39.5 
 
 		 542 aa  267  4e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4140  oligo-1,6-glucosidase  33.75 
 
 		 558 aa  267  4e-70  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000871956  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3755  alpha,alpha-phosphotrehalase  33.33 
 
 		 551 aa  266  5e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4034  oligo-1,6-glucosidase  31.71 
 
 		 558 aa  266  5e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0828  trehalose-6-phosphate hydrolase  32.57 
 
 		 556 aa  266  5e-70  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0959378  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0107  alpha amylase catalytic region  35.9 
 
 		 543 aa  266  5.999999999999999e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3772  trehalose-6-phosphate hydrolase  33.94 
 
 		 551 aa  266  5.999999999999999e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>