More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1969 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5528  alpha amylase catalytic region  74.39 
 
 		 545 aa  814    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.283745  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1969  alpha amylase catalytic region  100 
 
 		 536 aa  1096    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.786718  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4891  alpha amylase, catalytic region  59.96 
 
 		 538 aa  650    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0917  alpha amylase, catalytic region  60.6 
 
 		 542 aa  642    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3863  alpha amylase catalytic region  60.34 
 
 		 541 aa  647    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00249861  normal  0.684332 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1931  alpha amylase, catalytic region  60.52 
 
 		 541 aa  641    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.126366  normal  0.0171494 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1475  alpha amylase catalytic region  59.02 
 
 		 553 aa  648    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1595  alpha amylase catalytic region  62.2 
 
 		 528 aa  640    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0451037 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5242  alpha amylase catalytic region  58.66 
 
 		 538 aa  634  1e-180  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3687  alpha amylase, catalytic region  58.43 
 
 		 540 aa  632  1e-180  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4274  alpha amylase catalytic region  57.63 
 
 		 529 aa  623  1e-177  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0810  alpha amylase, catalytic region  58.4 
 
 		 540 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.553058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3077  alpha amylase catalytic region  62.37 
 
 		 535 aa  608  1e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0346516 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5769  alpha amylase catalytic region  55.16 
 
 		 535 aa  609  1e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1988  alpha amylase catalytic region  61.57 
 
 		 546 aa  610  1e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2294  Alpha amylase, catalytic region  62.31 
 
 		 542 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.960991  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0777  alpha amylase catalytic region  56.56 
 
 		 532 aa  602  1.0000000000000001e-171  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.876516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2303  alpha amylase catalytic region  66.29 
 
 		 448 aa  601  1e-170  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.190789 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0307  alpha amylase catalytic subunit  55.62 
 
 		 525 aa  595  1e-169  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5268  alpha amylase catalytic region  60.16 
 
 		 540 aa  597  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0107  alpha amylase catalytic region  54.14 
 
 		 543 aa  587  1e-166  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5238  alpha amylase catalytic region  58.83 
 
 		 524 aa  580  1e-164  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0394755 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3169  alpha amylase, catalytic region  56.58 
 
 		 530 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0226  alpha amylase catalytic region  55.18 
 
 		 537 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.547651 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0942  oligo-1,6-glucosidase, putative  57.01 
 
 		 539 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0672  alpha amylase, catalytic region  55.22 
 
 		 533 aa  562  1.0000000000000001e-159  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.227468 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7974  alpha amylase catalytic region  49.43 
 
 		 547 aa  508  9.999999999999999e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3483  alpha amylase catalytic region  51.79 
 
 		 542 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906486  normal  0.657022 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0835  alpha amylase catalytic region  50.6 
 
 		 549 aa  480  1e-134  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2302  alpha amylase catalytic region  46.4 
 
 		 518 aa  430  1e-119  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0921  alpha amylase  41.86 
 
 		 568 aa  413  1e-114  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0194055 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2133  alpha amylase, catalytic region  42.13 
 
 		 540 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2209  alpha amylase, catalytic region  42.13 
 
 		 540 aa  410  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2311  alpha amylase, catalytic region  41.25 
 
 		 540 aa  409  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.679266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3300  alpha-glucosidase  39.27 
 
 		 555 aa  405  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2039  alpha amylase catalytic region  39.85 
 
 		 540 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4167  alpha amylase catalytic region  42.56 
 
 		 574 aa  402  1e-111  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.718668  hitchhiker  0.00459901 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2213  oligo-1,6-glucosidase  40.78 
 
 		 540 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0261  alpha amylase  43.82 
 
 		 537 aa  400  9.999999999999999e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0356  alpha amylase, catalytic region  40.98 
 
 		 564 aa  400  9.999999999999999e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.171609  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3304  alpha amylase, catalytic region  41.35 
 
 		 550 aa  399  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.251779  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0165  alpha amylase catalytic region  39.23 
 
 		 557 aa  399  9.999999999999999e-111  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000167663  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2299  alpha amylase catalytic region  39.66 
 
 		 540 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.495294  normal  0.823743 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4573  hypothetical protein  39.47 
 
 		 540 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2287  alpha amylase catalytic region  39.47 
 
 		 540 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0390  alpha amylase catalytic region  42.19 
 
 		 550 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622906  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3310  alpha amylase, catalytic region  42.44 
 
 		 575 aa  398  1e-109  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2086  alpha amylase catalytic region  39.29 
 
 		 540 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0601  alpha-glucosidase  38.87 
 
 		 540 aa  395  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.642438 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2320  alpha amylase catalytic region  42.66 
 
 		 547 aa  395  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80263 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0358  alpha amylase catalytic region  41.81 
 
 		 550 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.404275 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1949  alpha amylase protein  42.38 
 
 		 553 aa  391  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3104  trehalose-6-phosphate hydrolase  47.87 
 
 		 515 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0986221  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1251  Alpha amylase, catalytic region  38.64 
 
 		 561 aa  389  1e-106  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0526  alpha amylase catalytic region  39.18 
 
 		 562 aa  386  1e-106  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0184  alpha amylase, catalytic region  43.17 
 
 		 547 aa  386  1e-106  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.341726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1788  alpha amylase, catalytic region  40 
 
 		 544 aa  386  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.606639  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09460  alpha amylase catalytic region  37.85 
 
 		 563 aa  386  1e-106  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0188478  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1662  alpha amylase, catalytic region  41.22 
 
 		 544 aa  387  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723863  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0029  alpha amylase, catalytic region  41.82 
 
 		 536 aa  382  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1889  alpha amylase, catalytic region  38.92 
 
 		 541 aa  384  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2210  alpha amylase catalytic region  38.18 
 
 		 586 aa  380  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.408019  hitchhiker  0.00161183 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2088  alpha amylase catalytic region  37.73 
 
 		 541 aa  380  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0601  alpha amylase catalytic region  41.19 
 
 		 554 aa  379  1e-104  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199149  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1621  alpha,alpha-phosphotrehalase  39.63 
 
 		 563 aa  380  1e-104  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.459004  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1017  alpha amylase catalytic region  39.31 
 
 		 537 aa  376  1e-103  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.487933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1891  alpha amylase, catalytic region  43.93 
 
 		 544 aa  377  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.687574  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2028  alpha amylase, catalytic region  39.69 
 
 		 557 aa  375  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3102  alpha amylase catalytic region  40.46 
 
 		 548 aa  378  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.355967  normal  0.289712 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0354  alpha amylase catalytic region  36.92 
 
 		 554 aa  378  1e-103  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2381  alpha-D-1,4-glucosidase  38.53 
 
 		 568 aa  379  1e-103  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2833  alpha amylase catalytic region  39.92 
 
 		 548 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518671  normal  0.538121 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0470  glycosyl hydrolase family protein  36.94 
 
 		 554 aa  377  1e-103  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000621788  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2553  alpha,alpha-phosphotrehalase  39.85 
 
 		 563 aa  374  1e-102  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0481  glycosyl hydrolase family protein  37.9 
 
 		 554 aa  374  1e-102  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000250656  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0357  glycosyl hydrolase family protein  37.31 
 
 		 554 aa  372  1e-102  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000071861  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0347  alpha-glucosidase  37.31 
 
 		 554 aa  372  1e-102  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000225343  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1370  alpha amylase domain-containing protein  41.09 
 
 		 536 aa  373  1e-102  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0371  glycosyl hydrolase family protein  37.31 
 
 		 554 aa  372  1e-102  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000236448  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0021  alpha amylase catalytic region  36.79 
 
 		 530 aa  375  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193993  normal  0.266827 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0413  glycosyl hydrolase family protein  37.31 
 
 		 554 aa  372  1e-102  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000830485 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0039  alpha amylase, catalytic region  41.3 
 
 		 536 aa  375  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1649  alpha-glucosidase  40.92 
 
 		 552 aa  370  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.856905  hitchhiker  0.000000195123 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0788  alpha-glucosidase  41.14 
 
 		 550 aa  370  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0343  alpha-glucosidase  36.75 
 
 		 554 aa  372  1e-101  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000029424  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4926  alpha amylase catalytic region  41.54 
 
 		 578 aa  371  1e-101  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2716  alpha amylase catalytic region  37.04 
 
 		 559 aa  370  1e-101  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0292835  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0416  alpha amylase catalytic region  41.73 
 
 		 557 aa  370  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1118  oligo-1,6-glucosidase  35.69 
 
 		 558 aa  369  1e-101  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00264328  normal  0.397885 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4140  oligo-1,6-glucosidase  35.87 
 
 		 558 aa  371  1e-101  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000871956  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4121  oligo-1,6-glucosidase  35.69 
 
 		 558 aa  369  1e-101  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00158128  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4341  alpha amylase catalytic region  39.92 
 
 		 539 aa  370  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4034  oligo-1,6-glucosidase  36.04 
 
 		 558 aa  368  1e-100  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3924  oligo-1,6-glucosidase  35.87 
 
 		 558 aa  366  1e-100  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.12031  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3756  oligo-1,6-glucosidase  35.87 
 
 		 558 aa  367  1e-100  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000260004  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3772  oligo-1,6-glucosidase  35.87 
 
 		 558 aa  367  1e-100  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.719962  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4231  oligo-1,6-glucosidase  35.87 
 
 		 558 aa  366  1e-100  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.24722  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0899  trehalose-6-phosphate hydrolase  38.11 
 
 		 560 aa  368  1e-100  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0295  alpha amylase catalytic region  40.84 
 
 		 551 aa  367  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3325  alpha amylase catalytic region  40.86 
 
 		 556 aa  367  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>