More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0416 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0416  alpha amylase catalytic region  100 
 
 		 557 aa  1139    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1017  alpha amylase catalytic region  60.11 
 
 		 537 aa  631  1e-179  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.487933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1889  alpha amylase, catalytic region  56.27 
 
 		 541 aa  630  1e-179  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1662  alpha amylase, catalytic region  57.98 
 
 		 544 aa  622  1e-177  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723863  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0984  alpha amylase family protein  54.76 
 
 		 538 aa  618  1e-176  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0601  alpha-glucosidase  55.68 
 
 		 540 aa  606  9.999999999999999e-173  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.642438 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2028  alpha amylase, catalytic region  57.71 
 
 		 557 aa  608  9.999999999999999e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2210  alpha amylase catalytic region  53.54 
 
 		 586 aa  600  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.408019  hitchhiker  0.00161183 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2213  oligo-1,6-glucosidase  55.68 
 
 		 540 aa  600  1e-170  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2088  alpha amylase catalytic region  57.17 
 
 		 541 aa  600  1e-170  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2299  alpha amylase catalytic region  53.97 
 
 		 540 aa  598  1e-170  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.495294  normal  0.823743 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2039  alpha amylase catalytic region  53.79 
 
 		 540 aa  597  1e-169  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2086  alpha amylase catalytic region  53.79 
 
 		 540 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4573  hypothetical protein  53.97 
 
 		 540 aa  597  1e-169  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2287  alpha amylase catalytic region  53.97 
 
 		 540 aa  597  1e-169  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2209  alpha amylase, catalytic region  53.97 
 
 		 540 aa  594  1e-168  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2311  alpha amylase, catalytic region  52.87 
 
 		 540 aa  592  1e-168  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.679266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3300  alpha-glucosidase  54.91 
 
 		 555 aa  589  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0261  alpha amylase  55.86 
 
 		 537 aa  588  1e-167  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2133  alpha amylase, catalytic region  53.6 
 
 		 540 aa  591  1e-167  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3326  alpha amylase catalytic region  54.17 
 
 		 547 aa  590  1e-167  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3325  alpha amylase catalytic region  54.55 
 
 		 556 aa  581  1.0000000000000001e-165  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1788  alpha amylase, catalytic region  52.87 
 
 		 544 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.606639  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3128  alpha amylase, catalytic region  57.54 
 
 		 542 aa  580  1e-164  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.209805  normal  0.0115348 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2320  alpha amylase catalytic region  54.61 
 
 		 547 aa  581  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80263 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3102  alpha amylase catalytic region  54.13 
 
 		 548 aa  578  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.355967  normal  0.289712 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3304  alpha amylase, catalytic region  56.78 
 
 		 550 aa  569  1e-161  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.251779  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2833  alpha amylase catalytic region  53.08 
 
 		 548 aa  570  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518671  normal  0.538121 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0021  alpha amylase catalytic region  56.02 
 
 		 530 aa  566  1e-160  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193993  normal  0.266827 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4341  alpha amylase catalytic region  52.46 
 
 		 539 aa  559  1e-158  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1649  alpha-glucosidase  55.2 
 
 		 552 aa  556  1e-157  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.856905  hitchhiker  0.000000195123 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0390  alpha amylase catalytic region  51.18 
 
 		 550 aa  557  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622906  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0788  alpha-glucosidase  52.93 
 
 		 550 aa  555  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0358  alpha amylase catalytic region  51.18 
 
 		 550 aa  558  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.404275 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2620  alpha amylase catalytic region  52.42 
 
 		 560 aa  551  1e-156  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1949  alpha amylase protein  55.73 
 
 		 553 aa  552  1e-156  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1370  alpha amylase domain-containing protein  55.87 
 
 		 536 aa  550  1e-155  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0039  alpha amylase, catalytic region  55.87 
 
 		 536 aa  549  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0295  alpha amylase catalytic region  53.03 
 
 		 551 aa  545  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4089  alpha amylase catalytic region  54.56 
 
 		 540 aa  544  1e-153  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0029  alpha amylase, catalytic region  55.34 
 
 		 536 aa  535  1e-150  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2736  alpha amylase, catalytic region  54.69 
 
 		 543 aa  531  1e-149  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.70509  normal  0.436177 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0184  alpha amylase, catalytic region  52.74 
 
 		 547 aa  523  1e-147  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.341726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3112  alpha amylase protein  51.97 
 
 		 535 aa  521  1e-146  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.364914  normal  0.605124 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1891  alpha amylase, catalytic region  52.78 
 
 		 544 aa  516  1.0000000000000001e-145  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.687574  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2954  alpha amylase catalytic region  48.52 
 
 		 549 aa  475  1e-132  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0067439 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0835  alpha amylase catalytic region  45.03 
 
 		 549 aa  431  1e-119  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4274  alpha amylase catalytic region  44.22 
 
 		 529 aa  419  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3687  alpha amylase, catalytic region  44.02 
 
 		 540 aa  416  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1475  alpha amylase catalytic region  42.86 
 
 		 553 aa  414  1e-114  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4891  alpha amylase, catalytic region  43.82 
 
 		 538 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0307  alpha amylase catalytic subunit  44.42 
 
 		 525 aa  402  1e-111  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0107  alpha amylase catalytic region  40.87 
 
 		 543 aa  397  1e-109  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5769  alpha amylase catalytic region  42.97 
 
 		 535 aa  394  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5528  alpha amylase catalytic region  41.58 
 
 		 545 aa  394  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.283745  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3169  alpha amylase, catalytic region  45.67 
 
 		 530 aa  392  1e-108  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0921  alpha amylase  38.98 
 
 		 568 aa  390  1e-107  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0194055 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0777  alpha amylase catalytic region  42.34 
 
 		 532 aa  386  1e-106  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.876516  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1969  alpha amylase catalytic region  41.73 
 
 		 536 aa  385  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.786718  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0942  oligo-1,6-glucosidase, putative  44.05 
 
 		 539 aa  382  1e-105  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5238  alpha amylase catalytic region  44.09 
 
 		 524 aa  382  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0394755 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3863  alpha amylase catalytic region  43.53 
 
 		 541 aa  383  1e-105  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00249861  normal  0.684332 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5242  alpha amylase catalytic region  44.62 
 
 		 538 aa  385  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0917  alpha amylase, catalytic region  43.53 
 
 		 542 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5268  alpha amylase catalytic region  43.14 
 
 		 540 aa  382  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3077  alpha amylase catalytic region  43.74 
 
 		 535 aa  380  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0346516 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0810  alpha amylase, catalytic region  42.97 
 
 		 540 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.553058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1931  alpha amylase, catalytic region  43.88 
 
 		 541 aa  375  1e-103  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.126366  normal  0.0171494 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2303  alpha amylase catalytic region  46.2 
 
 		 448 aa  374  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.190789 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0672  alpha amylase, catalytic region  42.18 
 
 		 533 aa  372  1e-102  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.227468 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0226  alpha amylase catalytic region  43.31 
 
 		 537 aa  375  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.547651 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1988  alpha amylase catalytic region  43.19 
 
 		 546 aa  366  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2294  Alpha amylase, catalytic region  43.44 
 
 		 542 aa  365  1e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.960991  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0356  alpha amylase, catalytic region  38.6 
 
 		 564 aa  364  2e-99  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.171609  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1595  alpha amylase catalytic region  42.18 
 
 		 528 aa  361  2e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0451037 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3898  alpha amylase catalytic region  42.64 
 
 		 526 aa  356  6.999999999999999e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.237178 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1739  alpha amylase catalytic region  45.09 
 
 		 550 aa  346  7e-94  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000285446  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7974  alpha amylase catalytic region  41.57 
 
 		 547 aa  345  8.999999999999999e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2302  alpha amylase catalytic region  41.25 
 
 		 518 aa  345  1e-93  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1532  alpha amylase catalytic region  43.33 
 
 		 532 aa  339  7e-92  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0695  alpha amylase catalytic region  43.3 
 
 		 533 aa  338  9.999999999999999e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.497083 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0354  alpha amylase catalytic region  33.39 
 
 		 554 aa  337  3.9999999999999995e-91  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3310  alpha amylase, catalytic region  40.21 
 
 		 575 aa  336  7.999999999999999e-91  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11590  glycosidase  42.41 
 
 		 522 aa  335  1e-90  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4167  alpha amylase catalytic region  39.3 
 
 		 574 aa  335  2e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.718668  hitchhiker  0.00459901 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0775  alpha amylase, catalytic region  42.16 
 
 		 534 aa  334  2e-90  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3307  HAD-superfamily hydrolase subfamily IA, variant 3  42.63 
 
 		 735 aa  333  4e-90  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.081208  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0601  alpha amylase catalytic region  36.47 
 
 		 554 aa  333  5e-90  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199149  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2521  alpha amylase catalytic region  36.59 
 
 		 556 aa  332  9e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0303  alpha amylase catalytic region  39.43 
 
 		 557 aa  332  9e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1070  alpha-glucosidase  34.14 
 
 		 551 aa  330  4e-89  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.297332  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1406  alpha amylase catalytic region  38.2 
 
 		 555 aa  330  4e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2381  alpha-D-1,4-glucosidase  33.97 
 
 		 568 aa  330  4e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0427  glycosyl hydrolase family protein  32.69 
 
 		 554 aa  329  6e-89  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000114694  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3104  trehalose-6-phosphate hydrolase  41.22 
 
 		 515 aa  329  9e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0986221  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4891  glycosyl hydrolase family protein  32.51 
 
 		 554 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000186881  normal  0.167059 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1134  alpha amylase catalytic region  41.2 
 
 		 531 aa  328  2.0000000000000001e-88  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.746257  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08990  glycosidase  41.31 
 
 		 570 aa  327  3e-88  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.134217  normal  0.0194138 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0470  glycosyl hydrolase family protein  33.1 
 
 		 554 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000621788  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0526  alpha amylase catalytic region  32.74 
 
 		 562 aa  327  5e-88  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>