More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0917 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_5242  alpha amylase catalytic region  86.53 
 
 
538 aa  932    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1969  alpha amylase catalytic region  60.6 
 
 
536 aa  666    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.786718  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5528  alpha amylase catalytic region  60.45 
 
 
545 aa  645    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.283745  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3863  alpha amylase catalytic region  64.74 
 
 
541 aa  675    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00249861  normal  0.684332 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5268  alpha amylase catalytic region  62.19 
 
 
540 aa  636    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1475  alpha amylase catalytic region  59.45 
 
 
553 aa  652    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0810  alpha amylase, catalytic region  87.08 
 
 
540 aa  920    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.553058  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4891  alpha amylase, catalytic region  80.26 
 
 
538 aa  882    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0917  alpha amylase, catalytic region  100 
 
 
542 aa  1082    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5769  alpha amylase catalytic region  56.85 
 
 
535 aa  646    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3687  alpha amylase, catalytic region  61.6 
 
 
540 aa  663    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1931  alpha amylase, catalytic region  64.67 
 
 
541 aa  672    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.126366  normal  0.0171494 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1595  alpha amylase catalytic region  64.11 
 
 
528 aa  643    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0451037 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0107  alpha amylase catalytic region  57.58 
 
 
543 aa  630  1e-179  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636933  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1988  alpha amylase catalytic region  63.47 
 
 
546 aa  623  1e-177  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3077  alpha amylase catalytic region  61.24 
 
 
535 aa  619  1e-176  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0346516 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0226  alpha amylase catalytic region  60.84 
 
 
537 aa  619  1e-176  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.547651 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4274  alpha amylase catalytic region  60 
 
 
529 aa  617  1e-175  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2303  alpha amylase catalytic region  67.49 
 
 
448 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.190789 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5238  alpha amylase catalytic region  61.25 
 
 
524 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0394755 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0777  alpha amylase catalytic region  56.61 
 
 
532 aa  596  1e-169  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.876516  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2294  Alpha amylase, catalytic region  60.04 
 
 
542 aa  587  1e-166  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.960991  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0307  alpha amylase catalytic subunit  56.47 
 
 
525 aa  585  1e-166  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3169  alpha amylase, catalytic region  57.66 
 
 
530 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0672  alpha amylase, catalytic region  54.87 
 
 
533 aa  557  1e-157  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.227468 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0942  oligo-1,6-glucosidase, putative  54.22 
 
 
539 aa  548  1e-154  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7974  alpha amylase catalytic region  52.28 
 
 
547 aa  546  1e-154  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0835  alpha amylase catalytic region  50.65 
 
 
549 aa  501  1e-140  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3483  alpha amylase catalytic region  51.04 
 
 
542 aa  484  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906486  normal  0.657022 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3304  alpha amylase, catalytic region  44.91 
 
 
550 aa  439  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.251779  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3310  alpha amylase, catalytic region  46.55 
 
 
575 aa  441  9.999999999999999e-123  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4167  alpha amylase catalytic region  46.55 
 
 
574 aa  437  1e-121  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.718668  hitchhiker  0.00459901 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2311  alpha amylase, catalytic region  43.05 
 
 
540 aa  438  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.679266  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1889  alpha amylase, catalytic region  45.69 
 
 
541 aa  435  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2213  oligo-1,6-glucosidase  45.67 
 
 
540 aa  433  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3300  alpha-glucosidase  43.37 
 
 
555 aa  431  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2039  alpha amylase catalytic region  43.97 
 
 
540 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2210  alpha amylase catalytic region  40.77 
 
 
586 aa  429  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.408019  hitchhiker  0.00161183 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1370  alpha amylase domain-containing protein  46.75 
 
 
536 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2299  alpha amylase catalytic region  43.3 
 
 
540 aa  428  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.495294  normal  0.823743 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2209  alpha amylase, catalytic region  43.05 
 
 
540 aa  427  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1788  alpha amylase, catalytic region  44.13 
 
 
544 aa  428  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.606639  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4573  hypothetical protein  43.77 
 
 
540 aa  428  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2287  alpha amylase catalytic region  43.77 
 
 
540 aa  428  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2133  alpha amylase, catalytic region  42.86 
 
 
540 aa  423  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2086  alpha amylase catalytic region  43.39 
 
 
540 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0039  alpha amylase, catalytic region  46.75 
 
 
536 aa  425  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1949  alpha amylase protein  44.05 
 
 
553 aa  419  1e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342567  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2028  alpha amylase, catalytic region  42.49 
 
 
557 aa  420  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0921  alpha amylase  44.31 
 
 
568 aa  420  1e-116  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0194055 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3326  alpha amylase catalytic region  44.7 
 
 
547 aa  421  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0029  alpha amylase, catalytic region  45.22 
 
 
536 aa  421  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0788  alpha-glucosidase  44.19 
 
 
550 aa  415  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0601  alpha-glucosidase  42.37 
 
 
540 aa  414  1e-114  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.642438 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0261  alpha amylase  45.66 
 
 
537 aa  415  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0358  alpha amylase catalytic region  43.08 
 
 
550 aa  415  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.404275 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1649  alpha-glucosidase  43.74 
 
 
552 aa  414  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.856905  hitchhiker  0.000000195123 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2088  alpha amylase catalytic region  43.03 
 
 
541 aa  410  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800572  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0021  alpha amylase catalytic region  42.66 
 
 
530 aa  412  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193993  normal  0.266827 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2302  alpha amylase catalytic region  43.57 
 
 
518 aa  409  1e-113  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1662  alpha amylase, catalytic region  42.64 
 
 
544 aa  409  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723863  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2320  alpha amylase catalytic region  43.73 
 
 
547 aa  409  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.80263 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4341  alpha amylase catalytic region  43.49 
 
 
539 aa  405  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0390  alpha amylase catalytic region  43.15 
 
 
550 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622906  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3102  alpha amylase catalytic region  42.35 
 
 
548 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.355967  normal  0.289712 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3325  alpha amylase catalytic region  43.74 
 
 
556 aa  404  1e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1017  alpha amylase catalytic region  43.89 
 
 
537 aa  399  9.999999999999999e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.487933  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2833  alpha amylase catalytic region  40.95 
 
 
548 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518671  normal  0.538121 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3112  alpha amylase protein  42.74 
 
 
535 aa  396  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.364914  normal  0.605124 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0356  alpha amylase, catalytic region  42.83 
 
 
564 aa  395  1e-109  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.171609  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09460  alpha amylase catalytic region  39.64 
 
 
563 aa  397  1e-109  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0188478  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0295  alpha amylase catalytic region  43 
 
 
551 aa  397  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0165  alpha amylase catalytic region  39.1 
 
 
557 aa  393  1e-108  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000167663  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0984  alpha amylase family protein  41.99 
 
 
538 aa  394  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0416  alpha amylase catalytic region  43.53 
 
 
557 aa  389  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1251  Alpha amylase, catalytic region  40.49 
 
 
561 aa  388  1e-106  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0343  alpha-glucosidase  37.99 
 
 
554 aa  382  1e-105  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000029424  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0184  alpha amylase, catalytic region  44.25 
 
 
547 aa  382  1e-105  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.341726  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4891  glycosyl hydrolase family protein  38.1 
 
 
554 aa  383  1e-105  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000186881  normal  0.167059 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0481  glycosyl hydrolase family protein  37.46 
 
 
554 aa  379  1e-104  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000250656  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0357  glycosyl hydrolase family protein  37.81 
 
 
554 aa  380  1e-104  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000071861  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0347  alpha-glucosidase  37.81 
 
 
554 aa  380  1e-104  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000225343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0371  glycosyl hydrolase family protein  37.81 
 
 
554 aa  380  1e-104  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000236448  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1621  alpha,alpha-phosphotrehalase  38.45 
 
 
563 aa  380  1e-104  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.459004  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2519  alpha amylase  39.02 
 
 
582 aa  380  1e-104  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.252753 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0470  glycosyl hydrolase family protein  37.46 
 
 
554 aa  379  1e-104  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000621788  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0413  glycosyl hydrolase family protein  37.81 
 
 
554 aa  380  1e-104  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000830485 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2381  alpha-D-1,4-glucosidase  41.54 
 
 
568 aa  381  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0427  glycosyl hydrolase family protein  37.92 
 
 
554 aa  380  1e-104  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000114694  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22530  alpha amylase catalytic region  40.45 
 
 
562 aa  377  1e-103  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2620  alpha amylase catalytic region  41.15 
 
 
560 aa  376  1e-103  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0354  alpha amylase catalytic region  38.66 
 
 
554 aa  377  1e-103  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2553  alpha,alpha-phosphotrehalase  39.09 
 
 
563 aa  374  1e-102  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0352  alpha amylase catalytic region  37.21 
 
 
554 aa  373  1e-102  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00857994  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0526  alpha amylase catalytic region  38.57 
 
 
562 aa  374  1e-102  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2521  alpha amylase catalytic region  39.61 
 
 
556 aa  370  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1070  alpha-glucosidase  38.68 
 
 
551 aa  370  1e-101  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.297332  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3128  alpha amylase, catalytic region  43.54 
 
 
542 aa  369  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.209805  normal  0.0115348 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2954  alpha amylase catalytic region  40.58 
 
 
549 aa  371  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0067439 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2736  alpha amylase, catalytic region  42.66 
 
 
543 aa  372  1e-101  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.70509  normal  0.436177 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>