More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5528 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5528  alpha amylase catalytic region  100 
 
 		 545 aa  1107    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.283745  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3687  alpha amylase, catalytic region  59.77 
 
 		 540 aa  641    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1969  alpha amylase catalytic region  74.39 
 
 		 536 aa  814    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.786718  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5242  alpha amylase catalytic region  60.26 
 
 		 538 aa  631  1e-180  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4274  alpha amylase catalytic region  59.11 
 
 		 529 aa  633  1e-180  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4891  alpha amylase, catalytic region  59.51 
 
 		 538 aa  631  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1595  alpha amylase catalytic region  63.43 
 
 		 528 aa  627  1e-178  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0451037 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0917  alpha amylase, catalytic region  60.45 
 
 		 542 aa  623  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3863  alpha amylase catalytic region  58.96 
 
 		 541 aa  618  1e-176  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00249861  normal  0.684332 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1475  alpha amylase catalytic region  56.65 
 
 		 553 aa  619  1e-176  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0810  alpha amylase, catalytic region  58.95 
 
 		 540 aa  611  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.553058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1931  alpha amylase, catalytic region  58.77 
 
 		 541 aa  608  9.999999999999999e-173  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.126366  normal  0.0171494 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5769  alpha amylase catalytic region  54.41 
 
 		 535 aa  600  1e-170  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3077  alpha amylase catalytic region  59.96 
 
 		 535 aa  595  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0346516 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5268  alpha amylase catalytic region  58.32 
 
 		 540 aa  594  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0777  alpha amylase catalytic region  55.45 
 
 		 532 aa  586  1e-166  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.876516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0307  alpha amylase catalytic subunit  55.14 
 
 		 525 aa  587  1e-166  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2303  alpha amylase catalytic region  65.54 
 
 		 448 aa  585  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.190789 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1988  alpha amylase catalytic region  59.59 
 
 		 546 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0107  alpha amylase catalytic region  53.01 
 
 		 543 aa  577  1.0000000000000001e-163  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2294  Alpha amylase, catalytic region  59.33 
 
 		 542 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.960991  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3169  alpha amylase, catalytic region  57.14 
 
 		 530 aa  575  1.0000000000000001e-162  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5238  alpha amylase catalytic region  58.4 
 
 		 524 aa  568  1e-160  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0394755 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0226  alpha amylase catalytic region  55.24 
 
 		 537 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.547651 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0672  alpha amylase, catalytic region  54.58 
 
 		 533 aa  548  1e-154  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.227468 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0942  oligo-1,6-glucosidase, putative  52.78 
 
 		 539 aa  532  1e-150  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7974  alpha amylase catalytic region  50.84 
 
 		 547 aa  527  1e-148  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3483  alpha amylase catalytic region  51.6 
 
 		 542 aa  497  1e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906486  normal  0.657022 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0835  alpha amylase catalytic region  48.15 
 
 		 549 aa  477  1e-133  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2302  alpha amylase catalytic region  46.92 
 
 		 518 aa  455  1.0000000000000001e-126  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0921  alpha amylase  42.17 
 
 		 568 aa  416  9.999999999999999e-116  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0194055 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0029  alpha amylase, catalytic region  42.08 
 
 		 536 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3300  alpha-glucosidase  40.26 
 
 		 555 aa  409  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3304  alpha amylase, catalytic region  42.06 
 
 		 550 aa  410  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.251779  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4167  alpha amylase catalytic region  43.77 
 
 		 574 aa  412  1e-113  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.718668  hitchhiker  0.00459901 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2311  alpha amylase, catalytic region  41.49 
 
 		 540 aa  411  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.679266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3310  alpha amylase, catalytic region  43.86 
 
 		 575 aa  409  1e-113  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2086  alpha amylase catalytic region  41.42 
 
 		 540 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2039  alpha amylase catalytic region  41.62 
 
 		 540 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2209  alpha amylase, catalytic region  42.06 
 
 		 540 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1788  alpha amylase, catalytic region  39.42 
 
 		 544 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.606639  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2299  alpha amylase catalytic region  41.1 
 
 		 540 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.495294  normal  0.823743 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4573  hypothetical protein  41.1 
 
 		 540 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2287  alpha amylase catalytic region  41.1 
 
 		 540 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2213  oligo-1,6-glucosidase  41.58 
 
 		 540 aa  402  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0601  alpha-glucosidase  40.23 
 
 		 540 aa  404  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.642438 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2133  alpha amylase, catalytic region  42.06 
 
 		 540 aa  405  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0358  alpha amylase catalytic region  41.88 
 
 		 550 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.404275 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2320  alpha amylase catalytic region  41.65 
 
 		 547 aa  402  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80263 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0390  alpha amylase catalytic region  41.49 
 
 		 550 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622906  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2028  alpha amylase, catalytic region  40.19 
 
 		 557 aa  397  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0184  alpha amylase, catalytic region  42.75 
 
 		 547 aa  397  1e-109  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.341726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1370  alpha amylase domain-containing protein  40.67 
 
 		 536 aa  395  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1017  alpha amylase catalytic region  41.27 
 
 		 537 aa  393  1e-108  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.487933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1662  alpha amylase, catalytic region  39.46 
 
 		 544 aa  393  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723863  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0039  alpha amylase, catalytic region  40.67 
 
 		 536 aa  394  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1889  alpha amylase, catalytic region  40 
 
 		 541 aa  395  1e-108  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2954  alpha amylase catalytic region  42.06 
 
 		 549 aa  390  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0067439 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0356  alpha amylase, catalytic region  39.64 
 
 		 564 aa  391  1e-107  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.171609  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3325  alpha amylase catalytic region  40.97 
 
 		 556 aa  391  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3104  trehalose-6-phosphate hydrolase  49.18 
 
 		 515 aa  392  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0986221  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2210  alpha amylase catalytic region  39.6 
 
 		 586 aa  387  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.408019  hitchhiker  0.00161183 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1251  Alpha amylase, catalytic region  39.82 
 
 		 561 aa  385  1e-106  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1949  alpha amylase protein  40.83 
 
 		 553 aa  388  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0261  alpha amylase  42.37 
 
 		 537 aa  386  1e-106  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3102  alpha amylase catalytic region  40.71 
 
 		 548 aa  386  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.355967  normal  0.289712 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0165  alpha amylase catalytic region  38.69 
 
 		 557 aa  389  1e-106  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000167663  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2833  alpha amylase catalytic region  38.1 
 
 		 548 aa  384  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518671  normal  0.538121 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2620  alpha amylase catalytic region  38.43 
 
 		 560 aa  379  1e-104  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1891  alpha amylase, catalytic region  41.97 
 
 		 544 aa  380  1e-104  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.687574  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0470  glycosyl hydrolase family protein  37.3 
 
 		 554 aa  381  1e-104  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000621788  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0416  alpha amylase catalytic region  41.58 
 
 		 557 aa  380  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0788  alpha-glucosidase  40.43 
 
 		 550 aa  381  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1649  alpha-glucosidase  39.04 
 
 		 552 aa  382  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.856905  hitchhiker  0.000000195123 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0295  alpha amylase catalytic region  40.67 
 
 		 551 aa  379  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0481  glycosyl hydrolase family protein  36.94 
 
 		 554 aa  376  1e-103  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000250656  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0984  alpha amylase family protein  38.03 
 
 		 538 aa  377  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0357  glycosyl hydrolase family protein  36.94 
 
 		 554 aa  376  1e-103  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000071861  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0347  alpha-glucosidase  36.94 
 
 		 554 aa  376  1e-103  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000225343  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0343  alpha-glucosidase  36.94 
 
 		 554 aa  375  1e-103  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000029424  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0371  glycosyl hydrolase family protein  36.94 
 
 		 554 aa  376  1e-103  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000236448  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0354  alpha amylase catalytic region  38.89 
 
 		 554 aa  376  1e-103  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0413  glycosyl hydrolase family protein  36.94 
 
 		 554 aa  376  1e-103  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000830485 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0021  alpha amylase catalytic region  36.22 
 
 		 530 aa  377  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193993  normal  0.266827 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4891  glycosyl hydrolase family protein  36.59 
 
 		 554 aa  372  1e-102  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000186881  normal  0.167059 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2088  alpha amylase catalytic region  36.61 
 
 		 541 aa  372  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3326  alpha amylase catalytic region  40.75 
 
 		 547 aa  374  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0352  alpha amylase catalytic region  36.86 
 
 		 554 aa  370  1e-101  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00857994  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0601  alpha amylase catalytic region  39.89 
 
 		 554 aa  370  1e-101  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199149  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1621  alpha,alpha-phosphotrehalase  38.68 
 
 		 563 aa  370  1e-101  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.459004  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4341  alpha amylase catalytic region  40.64 
 
 		 539 aa  370  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0899  trehalose-6-phosphate hydrolase  38.16 
 
 		 560 aa  369  1e-101  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0427  glycosyl hydrolase family protein  36.41 
 
 		 554 aa  370  1e-101  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000114694  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3009  alpha amylase catalytic region  41.19 
 
 		 555 aa  369  1e-100  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2736  alpha amylase, catalytic region  40.69 
 
 		 543 aa  366  1e-100  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.70509  normal  0.436177 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22530  alpha amylase catalytic region  37.06 
 
 		 562 aa  365  1e-100  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2381  alpha-D-1,4-glucosidase  37.48 
 
 		 568 aa  368  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3112  alpha amylase protein  38.57 
 
 		 535 aa  365  1e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.364914  normal  0.605124 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1406  alpha amylase catalytic region  40.18 
 
 		 555 aa  364  2e-99  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2048  alpha amylase catalytic region  40.75 
 
 		 572 aa  364  2e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105277  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>