More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1370 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_1370  alpha amylase domain-containing protein  100 
 
 
536 aa  1098    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3112  alpha amylase protein  59 
 
 
535 aa  636    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.364914  normal  0.605124 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0021  alpha amylase catalytic region  57.12 
 
 
530 aa  638    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193993  normal  0.266827 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0039  alpha amylase, catalytic region  99.25 
 
 
536 aa  1092    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0029  alpha amylase, catalytic region  88.25 
 
 
536 aa  991    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3300  alpha-glucosidase  58.1 
 
 
555 aa  612  9.999999999999999e-175  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0358  alpha amylase catalytic region  55.81 
 
 
550 aa  600  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.404275 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2320  alpha amylase catalytic region  58.53 
 
 
547 aa  600  1e-170  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.80263 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0390  alpha amylase catalytic region  55.06 
 
 
550 aa  596  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622906  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3304  alpha amylase, catalytic region  55.39 
 
 
550 aa  591  1e-168  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.251779  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0295  alpha amylase catalytic region  57.57 
 
 
551 aa  586  1e-166  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2833  alpha amylase catalytic region  56.83 
 
 
548 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518671  normal  0.538121 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0261  alpha amylase  55.66 
 
 
537 aa  582  1.0000000000000001e-165  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3102  alpha amylase catalytic region  56.63 
 
 
548 aa  578  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.355967  normal  0.289712 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0788  alpha-glucosidase  53.64 
 
 
550 aa  577  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1017  alpha amylase catalytic region  54.39 
 
 
537 aa  570  1e-161  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.487933  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1949  alpha amylase protein  55.16 
 
 
553 aa  564  1.0000000000000001e-159  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342567  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3325  alpha amylase catalytic region  52.67 
 
 
556 aa  563  1.0000000000000001e-159  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0601  alpha-glucosidase  50.77 
 
 
540 aa  558  1e-157  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.642438 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1649  alpha-glucosidase  55.07 
 
 
552 aa  555  1e-157  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.856905  hitchhiker  0.000000195123 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4341  alpha amylase catalytic region  53.99 
 
 
539 aa  553  1e-156  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1889  alpha amylase, catalytic region  53.48 
 
 
541 aa  552  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3326  alpha amylase catalytic region  51.58 
 
 
547 aa  549  1e-155  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2209  alpha amylase, catalytic region  54.08 
 
 
540 aa  545  1e-154  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1662  alpha amylase, catalytic region  51.68 
 
 
544 aa  544  1e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723863  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2210  alpha amylase catalytic region  49.53 
 
 
586 aa  543  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.408019  hitchhiker  0.00161183 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2039  alpha amylase catalytic region  50.75 
 
 
540 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0416  alpha amylase catalytic region  55.87 
 
 
557 aa  539  9.999999999999999e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2133  alpha amylase, catalytic region  53.47 
 
 
540 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1788  alpha amylase, catalytic region  50.97 
 
 
544 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.606639  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2086  alpha amylase catalytic region  50.94 
 
 
540 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2299  alpha amylase catalytic region  50.94 
 
 
540 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.495294  normal  0.823743 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4573  hypothetical protein  50.75 
 
 
540 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2287  alpha amylase catalytic region  50.75 
 
 
540 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2213  oligo-1,6-glucosidase  50.83 
 
 
540 aa  537  1e-151  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2028  alpha amylase, catalytic region  50.48 
 
 
557 aa  538  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2311  alpha amylase, catalytic region  52.65 
 
 
540 aa  537  1e-151  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.679266  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2088  alpha amylase catalytic region  53.27 
 
 
541 aa  535  1e-150  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800572  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0984  alpha amylase family protein  48.53 
 
 
538 aa  521  1e-146  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2620  alpha amylase catalytic region  51.74 
 
 
560 aa  501  1e-140  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3128  alpha amylase, catalytic region  52.34 
 
 
542 aa  498  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.209805  normal  0.0115348 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2954  alpha amylase catalytic region  48.59 
 
 
549 aa  493  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0067439 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4089  alpha amylase catalytic region  50.7 
 
 
540 aa  480  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1891  alpha amylase, catalytic region  51.42 
 
 
544 aa  474  1e-132  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.687574  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2736  alpha amylase, catalytic region  49.03 
 
 
543 aa  467  9.999999999999999e-131  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.70509  normal  0.436177 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0184  alpha amylase, catalytic region  45.27 
 
 
547 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.341726  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5769  alpha amylase catalytic region  43.95 
 
 
535 aa  429  1e-119  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1475  alpha amylase catalytic region  43.64 
 
 
553 aa  427  1e-118  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3687  alpha amylase, catalytic region  43.43 
 
 
540 aa  426  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0107  alpha amylase catalytic region  43.18 
 
 
543 aa  418  9.999999999999999e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636933  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4891  alpha amylase, catalytic region  43.88 
 
 
538 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0835  alpha amylase catalytic region  43.84 
 
 
549 aa  410  1e-113  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0810  alpha amylase, catalytic region  46.09 
 
 
540 aa  411  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.553058  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4274  alpha amylase catalytic region  44.95 
 
 
529 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3863  alpha amylase catalytic region  46.48 
 
 
541 aa  404  1e-111  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00249861  normal  0.684332 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0917  alpha amylase, catalytic region  46.75 
 
 
542 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5242  alpha amylase catalytic region  45.29 
 
 
538 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0307  alpha amylase catalytic subunit  44.44 
 
 
525 aa  400  9.999999999999999e-111  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0672  alpha amylase, catalytic region  44.65 
 
 
533 aa  399  9.999999999999999e-111  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.227468 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1931  alpha amylase, catalytic region  46.05 
 
 
541 aa  400  9.999999999999999e-111  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.126366  normal  0.0171494 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5268  alpha amylase catalytic region  44.53 
 
 
540 aa  394  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5528  alpha amylase catalytic region  40.67 
 
 
545 aa  395  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.283745  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3077  alpha amylase catalytic region  44.71 
 
 
535 aa  392  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0346516 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3169  alpha amylase, catalytic region  42.94 
 
 
530 aa  391  1e-107  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5238  alpha amylase catalytic region  43.51 
 
 
524 aa  389  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0394755 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0777  alpha amylase catalytic region  43.22 
 
 
532 aa  384  1e-105  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.876516  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2303  alpha amylase catalytic region  46.19 
 
 
448 aa  379  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.190789 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1595  alpha amylase catalytic region  43.11 
 
 
528 aa  375  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0451037 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0356  alpha amylase, catalytic region  41.75 
 
 
564 aa  377  1e-103  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.171609  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1969  alpha amylase catalytic region  41.09 
 
 
536 aa  373  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.786718  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0226  alpha amylase catalytic region  42.86 
 
 
537 aa  374  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.547651 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4167  alpha amylase catalytic region  40.41 
 
 
574 aa  369  1e-101  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.718668  hitchhiker  0.00459901 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0921  alpha amylase  39.28 
 
 
568 aa  365  1e-99  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0194055 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1988  alpha amylase catalytic region  43.8 
 
 
546 aa  362  8e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0942  oligo-1,6-glucosidase, putative  41.5 
 
 
539 aa  362  1e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7974  alpha amylase catalytic region  40.86 
 
 
547 aa  362  1e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3310  alpha amylase, catalytic region  40 
 
 
575 aa  361  2e-98  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2294  Alpha amylase, catalytic region  40.74 
 
 
542 aa  359  6e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.960991  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2048  alpha amylase catalytic region  39.82 
 
 
572 aa  349  7e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105277  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2302  alpha amylase catalytic region  39.33 
 
 
518 aa  349  9e-95  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3898  alpha amylase catalytic region  42.05 
 
 
526 aa  342  1e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.237178 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0601  alpha amylase catalytic region  37.3 
 
 
554 aa  338  1.9999999999999998e-91  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199149  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22530  alpha amylase catalytic region  37.68 
 
 
562 aa  335  1e-90  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0526  alpha amylase catalytic region  37.24 
 
 
562 aa  332  9e-90  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08990  glycosidase  41.01 
 
 
570 aa  332  1e-89  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.134217  normal  0.0194138 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1595  alpha-D-1,4-glucosidase  36.45 
 
 
549 aa  330  4e-89  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1564  alpha-D-1,4-glucosidase  36.45 
 
 
549 aa  330  4e-89  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1406  alpha amylase catalytic region  37.84 
 
 
555 aa  329  7e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1621  alpha,alpha-phosphotrehalase  35.06 
 
 
563 aa  329  8e-89  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.459004  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0695  alpha amylase catalytic region  42.14 
 
 
533 aa  327  2.0000000000000001e-88  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.497083 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3483  alpha amylase catalytic region  40.46 
 
 
542 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906486  normal  0.657022 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09460  alpha amylase catalytic region  35.35 
 
 
563 aa  325  1e-87  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0188478  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3323  alpha amylase catalytic region  38.03 
 
 
570 aa  324  2e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4926  alpha amylase catalytic region  37.69 
 
 
578 aa  325  2e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1251  Alpha amylase, catalytic region  35.8 
 
 
561 aa  324  2e-87  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2521  alpha amylase catalytic region  37.16 
 
 
556 aa  324  3e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0165  alpha amylase catalytic region  35.73 
 
 
557 aa  324  3e-87  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000167663  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1154  alpha amylase catalytic region  36.48 
 
 
577 aa  324  3e-87  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.144841  decreased coverage  0.0000326761 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1070  alpha-glucosidase  35.5 
 
 
551 aa  323  6e-87  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.297332  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3307  HAD-superfamily hydrolase subfamily IA, variant 3  40.56 
 
 
735 aa  320  3e-86  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.081208  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>