More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2213 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2210  alpha amylase catalytic region  72.24 
 
 		 586 aa  837    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.408019  hitchhiker  0.00161183 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0984  alpha amylase family protein  64.5 
 
 		 538 aa  739    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2213  oligo-1,6-glucosidase  100 
 
 		 540 aa  1127    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2086  alpha amylase catalytic region  85.71 
 
 		 540 aa  978    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2039  alpha amylase catalytic region  85.71 
 
 		 540 aa  981    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2299  alpha amylase catalytic region  85.71 
 
 		 540 aa  981    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.495294  normal  0.823743 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0601  alpha-glucosidase  62.04 
 
 		 540 aa  715    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.642438 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2028  alpha amylase, catalytic region  71.97 
 
 		 557 aa  825    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2133  alpha amylase, catalytic region  91.28 
 
 		 540 aa  1031    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2209  alpha amylase, catalytic region  91.47 
 
 		 540 aa  1034    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1788  alpha amylase, catalytic region  74.03 
 
 		 544 aa  850    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.606639  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1889  alpha amylase, catalytic region  76.44 
 
 		 541 aa  870    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1017  alpha amylase catalytic region  64.99 
 
 		 537 aa  731    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.487933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2311  alpha amylase, catalytic region  90.72 
 
 		 540 aa  1030    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.679266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1662  alpha amylase, catalytic region  71.43 
 
 		 544 aa  808    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723863  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4573  hypothetical protein  85.71 
 
 		 540 aa  980    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2287  alpha amylase catalytic region  85.71 
 
 		 540 aa  980    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2620  alpha amylase catalytic region  55.43 
 
 		 560 aa  627  1e-178  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2088  alpha amylase catalytic region  54.07 
 
 		 541 aa  623  1e-177  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3128  alpha amylase, catalytic region  58.69 
 
 		 542 aa  624  1e-177  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.209805  normal  0.0115348 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0261  alpha amylase  55.2 
 
 		 537 aa  615  1e-175  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4341  alpha amylase catalytic region  52.87 
 
 		 539 aa  608  9.999999999999999e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0358  alpha amylase catalytic region  52.97 
 
 		 550 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.404275 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0390  alpha amylase catalytic region  52.23 
 
 		 550 aa  592  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622906  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3325  alpha amylase catalytic region  50.64 
 
 		 556 aa  595  1e-168  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3326  alpha amylase catalytic region  51.39 
 
 		 547 aa  592  1e-168  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0416  alpha amylase catalytic region  55.45 
 
 		 557 aa  591  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3102  alpha amylase catalytic region  53.82 
 
 		 548 aa  588  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.355967  normal  0.289712 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3300  alpha-glucosidase  54.49 
 
 		 555 aa  587  1e-166  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2320  alpha amylase catalytic region  53.37 
 
 		 547 aa  582  1.0000000000000001e-165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80263 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0788  alpha-glucosidase  52.84 
 
 		 550 aa  579  1e-164  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3304  alpha amylase, catalytic region  53.35 
 
 		 550 aa  578  1e-164  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.251779  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2833  alpha amylase catalytic region  53.24 
 
 		 548 aa  579  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518671  normal  0.538121 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0295  alpha amylase catalytic region  52.42 
 
 		 551 aa  572  1.0000000000000001e-162  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1949  alpha amylase protein  52.52 
 
 		 553 aa  556  1e-157  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1649  alpha-glucosidase  53 
 
 		 552 aa  555  1e-157  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.856905  hitchhiker  0.000000195123 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0021  alpha amylase catalytic region  51.81 
 
 		 530 aa  541  1e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193993  normal  0.266827 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0029  alpha amylase, catalytic region  50.28 
 
 		 536 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0039  alpha amylase, catalytic region  51.02 
 
 		 536 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4089  alpha amylase catalytic region  52.65 
 
 		 540 aa  536  1e-151  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1370  alpha amylase domain-containing protein  50.83 
 
 		 536 aa  537  1e-151  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3112  alpha amylase protein  51.3 
 
 		 535 aa  518  1.0000000000000001e-145  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.364914  normal  0.605124 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1891  alpha amylase, catalytic region  49.39 
 
 		 544 aa  503  1e-141  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.687574  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0184  alpha amylase, catalytic region  47.8 
 
 		 547 aa  501  1e-140  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.341726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2736  alpha amylase, catalytic region  48.3 
 
 		 543 aa  495  1e-139  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.70509  normal  0.436177 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2954  alpha amylase catalytic region  48.16 
 
 		 549 aa  479  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0067439 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0835  alpha amylase catalytic region  43.42 
 
 		 549 aa  437  1e-121  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1475  alpha amylase catalytic region  41.94 
 
 		 553 aa  432  1e-120  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4891  alpha amylase, catalytic region  43.54 
 
 		 538 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0107  alpha amylase catalytic region  43.79 
 
 		 543 aa  431  1e-119  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5242  alpha amylase catalytic region  45.07 
 
 		 538 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3863  alpha amylase catalytic region  43.9 
 
 		 541 aa  417  9.999999999999999e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00249861  normal  0.684332 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0810  alpha amylase, catalytic region  43.53 
 
 		 540 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.553058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0917  alpha amylase, catalytic region  45.67 
 
 		 542 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3687  alpha amylase, catalytic region  42.11 
 
 		 540 aa  413  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1931  alpha amylase, catalytic region  43.16 
 
 		 541 aa  413  1e-114  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.126366  normal  0.0171494 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4274  alpha amylase catalytic region  43.38 
 
 		 529 aa  414  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5769  alpha amylase catalytic region  41.38 
 
 		 535 aa  410  1e-113  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0307  alpha amylase catalytic subunit  43.22 
 
 		 525 aa  405  1e-111  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5528  alpha amylase catalytic region  41.58 
 
 		 545 aa  402  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.283745  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1969  alpha amylase catalytic region  40.78 
 
 		 536 aa  399  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.786718  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0921  alpha amylase  40.59 
 
 		 568 aa  399  9.999999999999999e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0194055 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0356  alpha amylase, catalytic region  39.38 
 
 		 564 aa  397  1e-109  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.171609  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0777  alpha amylase catalytic region  42.07 
 
 		 532 aa  392  1e-108  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.876516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0672  alpha amylase, catalytic region  40.04 
 
 		 533 aa  392  1e-108  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.227468 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3169  alpha amylase, catalytic region  43.03 
 
 		 530 aa  394  1e-108  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5238  alpha amylase catalytic region  41.82 
 
 		 524 aa  390  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0394755 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2294  Alpha amylase, catalytic region  42.72 
 
 		 542 aa  389  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.960991  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2303  alpha amylase catalytic region  44.71 
 
 		 448 aa  386  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.190789 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0942  oligo-1,6-glucosidase, putative  39.72 
 
 		 539 aa  377  1e-103  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3310  alpha amylase, catalytic region  37.83 
 
 		 575 aa  377  1e-103  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5268  alpha amylase catalytic region  39.18 
 
 		 540 aa  378  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3077  alpha amylase catalytic region  39.77 
 
 		 535 aa  375  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0346516 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4167  alpha amylase catalytic region  40.53 
 
 		 574 aa  370  1e-101  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.718668  hitchhiker  0.00459901 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1988  alpha amylase catalytic region  43.89 
 
 		 546 aa  369  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1595  alpha amylase catalytic region  43.75 
 
 		 528 aa  367  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0451037 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09460  alpha amylase catalytic region  36.36 
 
 		 563 aa  362  6e-99  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0188478  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3898  alpha amylase catalytic region  41.57 
 
 		 526 aa  362  1e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.237178 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0526  alpha amylase catalytic region  38.1 
 
 		 562 aa  362  1e-98  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0226  alpha amylase catalytic region  40.16 
 
 		 537 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.547651 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3104  trehalose-6-phosphate hydrolase  40.64 
 
 		 515 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0986221  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7974  alpha amylase catalytic region  37.62 
 
 		 547 aa  356  5.999999999999999e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1251  Alpha amylase, catalytic region  36.85 
 
 		 561 aa  352  8.999999999999999e-96  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1406  alpha amylase catalytic region  37.71 
 
 		 555 aa  351  2e-95  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2302  alpha amylase catalytic region  37.38 
 
 		 518 aa  348  1e-94  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0601  alpha amylase catalytic region  37.04 
 
 		 554 aa  348  2e-94  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199149  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0354  alpha amylase catalytic region  37.64 
 
 		 554 aa  343  4e-93  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1621  alpha,alpha-phosphotrehalase  36.13 
 
 		 563 aa  341  2e-92  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.459004  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0481  glycosyl hydrolase family protein  35.27 
 
 		 554 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000250656  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0165  alpha amylase catalytic region  35.67 
 
 		 557 aa  340  2.9999999999999998e-92  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000167663  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0352  alpha amylase catalytic region  34.75 
 
 		 554 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00857994  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2048  alpha amylase catalytic region  37.1 
 
 		 572 aa  340  4e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105277  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0470  glycosyl hydrolase family protein  35.61 
 
 		 554 aa  339  7e-92  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000621788  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0427  glycosyl hydrolase family protein  36.46 
 
 		 554 aa  339  8e-92  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000114694  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4891  glycosyl hydrolase family protein  36.21 
 
 		 554 aa  339  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000186881  normal  0.167059 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3009  alpha amylase catalytic region  36.5 
 
 		 555 aa  338  1.9999999999999998e-91  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0899  trehalose-6-phosphate hydrolase  35.97 
 
 		 560 aa  338  1.9999999999999998e-91  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0357  glycosyl hydrolase family protein  35.45 
 
 		 554 aa  336  5e-91  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000071861  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0347  alpha-glucosidase  35.45 
 
 		 554 aa  336  5e-91  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000225343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0413  glycosyl hydrolase family protein  35.45 
 
 		 554 aa  336  5e-91  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000830485 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>