More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1889 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0984  alpha amylase family protein  67.04 
 
 		 538 aa  762    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2213  oligo-1,6-glucosidase  76.44 
 
 		 540 aa  870    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2210  alpha amylase catalytic region  73.7 
 
 		 586 aa  839    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.408019  hitchhiker  0.00161183 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2299  alpha amylase catalytic region  76.07 
 
 		 540 aa  874    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.495294  normal  0.823743 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1889  alpha amylase, catalytic region  100 
 
 		 541 aa  1128    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0601  alpha-glucosidase  64.38 
 
 		 540 aa  730    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.642438 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2028  alpha amylase, catalytic region  71.97 
 
 		 557 aa  825    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2133  alpha amylase, catalytic region  76.25 
 
 		 540 aa  866    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2209  alpha amylase, catalytic region  76.25 
 
 		 540 aa  867    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1788  alpha amylase, catalytic region  80.15 
 
 		 544 aa  866    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.606639  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1017  alpha amylase catalytic region  68.59 
 
 		 537 aa  745    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.487933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2086  alpha amylase catalytic region  75.7 
 
 		 540 aa  871    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3128  alpha amylase, catalytic region  60.6 
 
 		 542 aa  645    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.209805  normal  0.0115348 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2088  alpha amylase catalytic region  58.35 
 
 		 541 aa  639    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2311  alpha amylase, catalytic region  76.25 
 
 		 540 aa  872    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.679266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1662  alpha amylase, catalytic region  71.7 
 
 		 544 aa  805    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723863  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4573  hypothetical protein  75.88 
 
 		 540 aa  871    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2039  alpha amylase catalytic region  76.07 
 
 		 540 aa  874    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2287  alpha amylase catalytic region  75.88 
 
 		 540 aa  871    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2620  alpha amylase catalytic region  55.8 
 
 		 560 aa  630  1e-179  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0261  alpha amylase  58.76 
 
 		 537 aa  627  1e-178  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0416  alpha amylase catalytic region  56.27 
 
 		 557 aa  619  1e-176  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2833  alpha amylase catalytic region  56.07 
 
 		 548 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518671  normal  0.538121 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2320  alpha amylase catalytic region  54.22 
 
 		 547 aa  611  9.999999999999999e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80263 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3325  alpha amylase catalytic region  52.68 
 
 		 556 aa  611  1e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3300  alpha-glucosidase  55.89 
 
 		 555 aa  605  9.999999999999999e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4341  alpha amylase catalytic region  52.69 
 
 		 539 aa  602  1.0000000000000001e-171  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3326  alpha amylase catalytic region  53.35 
 
 		 547 aa  603  1.0000000000000001e-171  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3304  alpha amylase, catalytic region  54.49 
 
 		 550 aa  601  1.0000000000000001e-171  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.251779  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3102  alpha amylase catalytic region  56.97 
 
 		 548 aa  604  1.0000000000000001e-171  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.355967  normal  0.289712 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0358  alpha amylase catalytic region  52.51 
 
 		 550 aa  598  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.404275 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0390  alpha amylase catalytic region  52.51 
 
 		 550 aa  600  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622906  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0788  alpha-glucosidase  52.95 
 
 		 550 aa  598  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1649  alpha-glucosidase  55.4 
 
 		 552 aa  586  1e-166  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.856905  hitchhiker  0.000000195123 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0295  alpha amylase catalytic region  53.63 
 
 		 551 aa  581  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1949  alpha amylase protein  54.82 
 
 		 553 aa  576  1.0000000000000001e-163  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1370  alpha amylase domain-containing protein  53.48 
 
 		 536 aa  552  1e-156  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0021  alpha amylase catalytic region  50.84 
 
 		 530 aa  553  1e-156  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193993  normal  0.266827 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0039  alpha amylase, catalytic region  53.48 
 
 		 536 aa  552  1e-156  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0029  alpha amylase, catalytic region  52.09 
 
 		 536 aa  546  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3112  alpha amylase protein  52.69 
 
 		 535 aa  535  1e-151  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.364914  normal  0.605124 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4089  alpha amylase catalytic region  50 
 
 		 540 aa  525  1e-148  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1891  alpha amylase, catalytic region  51 
 
 		 544 aa  522  1e-147  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.687574  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0184  alpha amylase, catalytic region  49.81 
 
 		 547 aa  522  1e-147  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.341726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2736  alpha amylase, catalytic region  50 
 
 		 543 aa  523  1e-147  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.70509  normal  0.436177 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2954  alpha amylase catalytic region  48.1 
 
 		 549 aa  494  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0067439 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1475  alpha amylase catalytic region  43.6 
 
 		 553 aa  443  1e-123  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4891  alpha amylase, catalytic region  45.77 
 
 		 538 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0835  alpha amylase catalytic region  43.42 
 
 		 549 aa  424  1e-117  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5242  alpha amylase catalytic region  44.71 
 
 		 538 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0107  alpha amylase catalytic region  42.63 
 
 		 543 aa  421  1e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5769  alpha amylase catalytic region  42.17 
 
 		 535 aa  417  9.999999999999999e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4274  alpha amylase catalytic region  43.36 
 
 		 529 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0307  alpha amylase catalytic subunit  44.96 
 
 		 525 aa  414  1e-114  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0810  alpha amylase, catalytic region  44.95 
 
 		 540 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.553058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0917  alpha amylase, catalytic region  45.69 
 
 		 542 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3687  alpha amylase, catalytic region  41.93 
 
 		 540 aa  415  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0672  alpha amylase, catalytic region  42.1 
 
 		 533 aa  410  1e-113  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.227468 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0356  alpha amylase, catalytic region  41.25 
 
 		 564 aa  400  9.999999999999999e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.171609  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3863  alpha amylase catalytic region  42.61 
 
 		 541 aa  396  1e-109  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00249861  normal  0.684332 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0921  alpha amylase  39.04 
 
 		 568 aa  397  1e-109  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0194055 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1931  alpha amylase, catalytic region  43 
 
 		 541 aa  392  1e-108  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.126366  normal  0.0171494 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3169  alpha amylase, catalytic region  43.16 
 
 		 530 aa  392  1e-108  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5528  alpha amylase catalytic region  40 
 
 		 545 aa  395  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.283745  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5238  alpha amylase catalytic region  41.06 
 
 		 524 aa  394  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0394755 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3310  alpha amylase, catalytic region  38.88 
 
 		 575 aa  390  1e-107  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2294  Alpha amylase, catalytic region  42.94 
 
 		 542 aa  391  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.960991  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0942  oligo-1,6-glucosidase, putative  40 
 
 		 539 aa  387  1e-106  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0777  alpha amylase catalytic region  41.33 
 
 		 532 aa  388  1e-106  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.876516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0226  alpha amylase catalytic region  42.4 
 
 		 537 aa  386  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.547651 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3077  alpha amylase catalytic region  42.69 
 
 		 535 aa  383  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0346516 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1969  alpha amylase catalytic region  38.92 
 
 		 536 aa  384  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.786718  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5268  alpha amylase catalytic region  41.44 
 
 		 540 aa  383  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4167  alpha amylase catalytic region  39.61 
 
 		 574 aa  382  1e-104  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.718668  hitchhiker  0.00459901 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2303  alpha amylase catalytic region  44.59 
 
 		 448 aa  379  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.190789 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0526  alpha amylase catalytic region  38.58 
 
 		 562 aa  370  1e-101  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1988  alpha amylase catalytic region  42.66 
 
 		 546 aa  372  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7974  alpha amylase catalytic region  39.6 
 
 		 547 aa  368  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3898  alpha amylase catalytic region  40.73 
 
 		 526 aa  367  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.237178 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1595  alpha amylase catalytic region  41.81 
 
 		 528 aa  364  3e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0451037 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3104  trehalose-6-phosphate hydrolase  42.01 
 
 		 515 aa  361  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0986221  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0354  alpha amylase catalytic region  39.28 
 
 		 554 aa  359  7e-98  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09460  alpha amylase catalytic region  37.34 
 
 		 563 aa  358  9.999999999999999e-98  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0188478  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0601  alpha amylase catalytic region  38.55 
 
 		 554 aa  356  5e-97  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199149  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1621  alpha,alpha-phosphotrehalase  36.53 
 
 		 563 aa  356  5.999999999999999e-97  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.459004  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0427  glycosyl hydrolase family protein  37.99 
 
 		 554 aa  353  4e-96  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000114694  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1251  Alpha amylase, catalytic region  38.36 
 
 		 561 aa  353  5e-96  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4891  glycosyl hydrolase family protein  38.01 
 
 		 554 aa  353  5.9999999999999994e-96  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000186881  normal  0.167059 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0352  alpha amylase catalytic region  38.31 
 
 		 554 aa  352  1e-95  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00857994  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1406  alpha amylase catalytic region  37.93 
 
 		 555 aa  350  4e-95  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3323  alpha amylase catalytic region  37.74 
 
 		 570 aa  349  7e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4140  oligo-1,6-glucosidase  38.15 
 
 		 558 aa  348  1e-94  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000871956  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0899  trehalose-6-phosphate hydrolase  37.64 
 
 		 560 aa  346  5e-94  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0165  alpha amylase catalytic region  36.98 
 
 		 557 aa  345  8e-94  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000167663  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0481  glycosyl hydrolase family protein  37.97 
 
 		 554 aa  345  1e-93  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000250656  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4066  oligo-1,6-glucosidase  37.92 
 
 		 558 aa  345  1e-93  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.828435  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2716  alpha amylase catalytic region  36.79 
 
 		 559 aa  345  1e-93  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0292835  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2048  alpha amylase catalytic region  39.58 
 
 		 572 aa  345  1e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105277  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0470  glycosyl hydrolase family protein  37.76 
 
 		 554 aa  344  2e-93  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000621788  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4034  oligo-1,6-glucosidase  37.92 
 
 		 558 aa  344  2e-93  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>