More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3304 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_3102  alpha amylase catalytic region  58.49 
 
 		 548 aa  645    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.355967  normal  0.289712 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0788  alpha-glucosidase  63.35 
 
 		 550 aa  712    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3300  alpha-glucosidase  59.12 
 
 		 555 aa  662    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1949  alpha amylase protein  72.05 
 
 		 553 aa  835    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3304  alpha amylase, catalytic region  100 
 
 		 550 aa  1137    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.251779  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2833  alpha amylase catalytic region  59.17 
 
 		 548 aa  644    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518671  normal  0.538121 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0295  alpha amylase catalytic region  66.11 
 
 		 551 aa  728    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0358  alpha amylase catalytic region  64.21 
 
 		 550 aa  743    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.404275 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1649  alpha-glucosidase  72.55 
 
 		 552 aa  850    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.856905  hitchhiker  0.000000195123 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0390  alpha amylase catalytic region  64.76 
 
 		 550 aa  745    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622906  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2320  alpha amylase catalytic region  58.28 
 
 		 547 aa  629  1e-179  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80263 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3326  alpha amylase catalytic region  57.35 
 
 		 547 aa  622  1e-177  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3325  alpha amylase catalytic region  55.58 
 
 		 556 aa  615  1e-175  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1662  alpha amylase, catalytic region  55.29 
 
 		 544 aa  615  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723863  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0601  alpha-glucosidase  55.14 
 
 		 540 aa  608  1e-173  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.642438 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1017  alpha amylase catalytic region  56.8 
 
 		 537 aa  610  1e-173  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.487933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0261  alpha amylase  55.53 
 
 		 537 aa  607  9.999999999999999e-173  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0029  alpha amylase, catalytic region  56.14 
 
 		 536 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4341  alpha amylase catalytic region  54.07 
 
 		 539 aa  607  9.999999999999999e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1889  alpha amylase, catalytic region  54.49 
 
 		 541 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2088  alpha amylase catalytic region  53.48 
 
 		 541 aa  601  1e-170  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2210  alpha amylase catalytic region  55.86 
 
 		 586 aa  597  1e-169  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.408019  hitchhiker  0.00161183 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1370  alpha amylase domain-containing protein  55.39 
 
 		 536 aa  591  1e-168  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2039  alpha amylase catalytic region  53.7 
 
 		 540 aa  589  1e-167  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2299  alpha amylase catalytic region  53.7 
 
 		 540 aa  589  1e-167  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.495294  normal  0.823743 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0039  alpha amylase, catalytic region  55.2 
 
 		 536 aa  588  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0984  alpha amylase family protein  55.95 
 
 		 538 aa  587  1e-166  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0021  alpha amylase catalytic region  54.14 
 
 		 530 aa  586  1e-166  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193993  normal  0.266827 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2086  alpha amylase catalytic region  53.51 
 
 		 540 aa  585  1e-166  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4573  hypothetical protein  53.51 
 
 		 540 aa  587  1e-166  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2287  alpha amylase catalytic region  53.51 
 
 		 540 aa  587  1e-166  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2213  oligo-1,6-glucosidase  53.35 
 
 		 540 aa  578  1e-164  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2028  alpha amylase, catalytic region  53.77 
 
 		 557 aa  580  1e-164  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1788  alpha amylase, catalytic region  53.8 
 
 		 544 aa  580  1e-164  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.606639  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2311  alpha amylase, catalytic region  52.06 
 
 		 540 aa  579  1e-164  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.679266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2209  alpha amylase, catalytic region  51.41 
 
 		 540 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2133  alpha amylase, catalytic region  51.22 
 
 		 540 aa  570  1e-161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0416  alpha amylase catalytic region  56.78 
 
 		 557 aa  556  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3128  alpha amylase, catalytic region  55.98 
 
 		 542 aa  551  1e-155  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.209805  normal  0.0115348 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4089  alpha amylase catalytic region  52.19 
 
 		 540 aa  543  1e-153  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2620  alpha amylase catalytic region  53.2 
 
 		 560 aa  540  9.999999999999999e-153  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0184  alpha amylase, catalytic region  52.9 
 
 		 547 aa  536  1e-151  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.341726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3112  alpha amylase protein  52.37 
 
 		 535 aa  531  1e-150  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.364914  normal  0.605124 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1891  alpha amylase, catalytic region  50.73 
 
 		 544 aa  515  1.0000000000000001e-145  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.687574  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2736  alpha amylase, catalytic region  50.19 
 
 		 543 aa  518  1.0000000000000001e-145  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.70509  normal  0.436177 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2954  alpha amylase catalytic region  48.24 
 
 		 549 aa  503  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0067439 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4891  alpha amylase, catalytic region  44.76 
 
 		 538 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4274  alpha amylase catalytic region  46.6 
 
 		 529 aa  438  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0835  alpha amylase catalytic region  43.66 
 
 		 549 aa  437  1e-121  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5769  alpha amylase catalytic region  42.68 
 
 		 535 aa  427  1e-118  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5268  alpha amylase catalytic region  45.15 
 
 		 540 aa  422  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1931  alpha amylase, catalytic region  46.44 
 
 		 541 aa  421  1e-116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.126366  normal  0.0171494 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0107  alpha amylase catalytic region  41.02 
 
 		 543 aa  422  1e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0810  alpha amylase, catalytic region  45.29 
 
 		 540 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.553058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0917  alpha amylase, catalytic region  44.91 
 
 		 542 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5242  alpha amylase catalytic region  45.21 
 
 		 538 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3863  alpha amylase catalytic region  44.99 
 
 		 541 aa  421  1e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00249861  normal  0.684332 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3687  alpha amylase, catalytic region  43.33 
 
 		 540 aa  416  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0307  alpha amylase catalytic subunit  44.01 
 
 		 525 aa  417  9.999999999999999e-116  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1595  alpha amylase catalytic region  44.34 
 
 		 528 aa  412  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0451037 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5528  alpha amylase catalytic region  42.06 
 
 		 545 aa  410  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.283745  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1475  alpha amylase catalytic region  42.6 
 
 		 553 aa  412  1e-113  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5238  alpha amylase catalytic region  44.71 
 
 		 524 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0394755 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0777  alpha amylase catalytic region  42.55 
 
 		 532 aa  408  1.0000000000000001e-112  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.876516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3077  alpha amylase catalytic region  44.4 
 
 		 535 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0346516 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0921  alpha amylase  40.5 
 
 		 568 aa  399  9.999999999999999e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0194055 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0672  alpha amylase, catalytic region  43.75 
 
 		 533 aa  402  9.999999999999999e-111  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.227468 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1969  alpha amylase catalytic region  41.35 
 
 		 536 aa  399  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.786718  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3169  alpha amylase, catalytic region  42.8 
 
 		 530 aa  395  1e-109  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2294  Alpha amylase, catalytic region  45.33 
 
 		 542 aa  393  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.960991  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0226  alpha amylase catalytic region  43.63 
 
 		 537 aa  395  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.547651 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2303  alpha amylase catalytic region  46.31 
 
 		 448 aa  388  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.190789 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0356  alpha amylase, catalytic region  39.49 
 
 		 564 aa  382  1e-104  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.171609  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1988  alpha amylase catalytic region  43.33 
 
 		 546 aa  376  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0942  oligo-1,6-glucosidase, putative  40.43 
 
 		 539 aa  369  1e-101  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3898  alpha amylase catalytic region  41.65 
 
 		 526 aa  368  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.237178 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3310  alpha amylase, catalytic region  40.34 
 
 		 575 aa  362  7.0000000000000005e-99  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3104  trehalose-6-phosphate hydrolase  42.49 
 
 		 515 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0986221  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4167  alpha amylase catalytic region  37.85 
 
 		 574 aa  357  2.9999999999999997e-97  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.718668  hitchhiker  0.00459901 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7974  alpha amylase catalytic region  37.31 
 
 		 547 aa  350  4e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3323  alpha amylase catalytic region  36.87 
 
 		 570 aa  348  1e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0526  alpha amylase catalytic region  35.02 
 
 		 562 aa  348  2e-94  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0303  alpha amylase catalytic region  37.74 
 
 		 557 aa  347  4e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0354  alpha amylase catalytic region  34.85 
 
 		 554 aa  344  2e-93  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1739  alpha amylase catalytic region  40.6 
 
 		 550 aa  342  8e-93  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000285446  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2302  alpha amylase catalytic region  39.01 
 
 		 518 aa  341  2e-92  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1564  alpha-D-1,4-glucosidase  35.45 
 
 		 549 aa  339  9e-92  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1595  alpha-D-1,4-glucosidase  35.45 
 
 		 549 aa  339  9e-92  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2519  alpha amylase  35.15 
 
 		 582 aa  338  9.999999999999999e-92  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.252753 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0775  alpha amylase, catalytic region  40.23 
 
 		 534 aa  337  2.9999999999999997e-91  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2048  alpha amylase catalytic region  38.03 
 
 		 572 aa  337  3.9999999999999995e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105277  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09460  alpha amylase catalytic region  33.51 
 
 		 563 aa  336  5e-91  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0188478  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0601  alpha amylase catalytic region  37.19 
 
 		 554 aa  336  5e-91  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199149  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08330  sucrose isomerase  36.47 
 
 		 600 aa  333  3e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3009  alpha amylase catalytic region  38.11 
 
 		 555 aa  333  7.000000000000001e-90  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1406  alpha amylase catalytic region  37.26 
 
 		 555 aa  332  8e-90  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3483  alpha amylase catalytic region  38.33 
 
 		 542 aa  332  1e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0906486  normal  0.657022 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0427  glycosyl hydrolase family protein  35.62 
 
 		 554 aa  331  2e-89  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000114694  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1251  Alpha amylase, catalytic region  35.05 
 
 		 561 aa  331  2e-89  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1154  alpha amylase catalytic region  36.52 
 
 		 577 aa  331  2e-89  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.144841  decreased coverage  0.0000326761 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>