More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0295 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_3102  alpha amylase catalytic region  59.63 
 
 		 548 aa  664    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.355967  normal  0.289712 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0390  alpha amylase catalytic region  74 
 
 		 550 aa  871    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622906  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2320  alpha amylase catalytic region  59.96 
 
 		 547 aa  674    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80263 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3300  alpha-glucosidase  59.33 
 
 		 555 aa  675    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1949  alpha amylase protein  65.5 
 
 		 553 aa  711    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.342567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3304  alpha amylase, catalytic region  66.11 
 
 		 550 aa  744    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.251779  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0358  alpha amylase catalytic region  73.82 
 
 		 550 aa  868    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.404275 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2833  alpha amylase catalytic region  59.81 
 
 		 548 aa  669    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518671  normal  0.538121 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1649  alpha-glucosidase  68.7 
 
 		 552 aa  735    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.856905  hitchhiker  0.000000195123 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0788  alpha-glucosidase  70.86 
 
 		 550 aa  822    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0295  alpha amylase catalytic region  100 
 
 		 551 aa  1138    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0261  alpha amylase  57.36 
 
 		 537 aa  634  1e-180  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3325  alpha amylase catalytic region  56 
 
 		 556 aa  622  1e-177  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0021  alpha amylase catalytic region  57.37 
 
 		 530 aa  613  9.999999999999999e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193993  normal  0.266827 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4341  alpha amylase catalytic region  54.38 
 
 		 539 aa  607  9.999999999999999e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0029  alpha amylase, catalytic region  57.09 
 
 		 536 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3326  alpha amylase catalytic region  54.56 
 
 		 547 aa  605  9.999999999999999e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0601  alpha-glucosidase  54.02 
 
 		 540 aa  603  1.0000000000000001e-171  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.642438 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1017  alpha amylase catalytic region  56.18 
 
 		 537 aa  602  1.0000000000000001e-171  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.487933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1370  alpha amylase domain-containing protein  57.57 
 
 		 536 aa  600  1e-170  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1889  alpha amylase, catalytic region  53.63 
 
 		 541 aa  600  1e-170  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0039  alpha amylase, catalytic region  57.77 
 
 		 536 aa  600  1e-170  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2039  alpha amylase catalytic region  53.45 
 
 		 540 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2088  alpha amylase catalytic region  57.26 
 
 		 541 aa  597  1e-169  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.800572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4573  hypothetical protein  53.26 
 
 		 540 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2287  alpha amylase catalytic region  53.26 
 
 		 540 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2210  alpha amylase catalytic region  51.38 
 
 		 586 aa  592  1e-168  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.408019  hitchhiker  0.00161183 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2086  alpha amylase catalytic region  53.26 
 
 		 540 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1662  alpha amylase, catalytic region  54.7 
 
 		 544 aa  594  1e-168  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723863  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2299  alpha amylase catalytic region  53.26 
 
 		 540 aa  594  1e-168  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.495294  normal  0.823743 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0984  alpha amylase family protein  52.5 
 
 		 538 aa  587  1e-166  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2213  oligo-1,6-glucosidase  52.42 
 
 		 540 aa  585  1e-166  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2209  alpha amylase, catalytic region  52.32 
 
 		 540 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2028  alpha amylase, catalytic region  49.37 
 
 		 557 aa  578  1e-164  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2133  alpha amylase, catalytic region  51.95 
 
 		 540 aa  578  1e-164  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1788  alpha amylase, catalytic region  50.64 
 
 		 544 aa  579  1e-164  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.606639  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2311  alpha amylase, catalytic region  51.4 
 
 		 540 aa  579  1e-164  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.679266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3128  alpha amylase, catalytic region  56.85 
 
 		 542 aa  570  1e-161  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.209805  normal  0.0115348 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3112  alpha amylase protein  54.27 
 
 		 535 aa  563  1.0000000000000001e-159  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.364914  normal  0.605124 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2620  alpha amylase catalytic region  53.87 
 
 		 560 aa  558  1e-157  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0416  alpha amylase catalytic region  53.03 
 
 		 557 aa  550  1e-155  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4089  alpha amylase catalytic region  52.42 
 
 		 540 aa  525  1e-148  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0184  alpha amylase, catalytic region  51.2 
 
 		 547 aa  515  1.0000000000000001e-145  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.341726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1891  alpha amylase, catalytic region  50.39 
 
 		 544 aa  509  1e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.687574  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2736  alpha amylase, catalytic region  49.61 
 
 		 543 aa  502  1e-141  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.70509  normal  0.436177 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2954  alpha amylase catalytic region  47.83 
 
 		 549 aa  482  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0067439 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0835  alpha amylase catalytic region  43.59 
 
 		 549 aa  432  1e-120  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4891  alpha amylase, catalytic region  42.83 
 
 		 538 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1475  alpha amylase catalytic region  41.35 
 
 		 553 aa  411  1e-113  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5242  alpha amylase catalytic region  44.51 
 
 		 538 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0107  alpha amylase catalytic region  39.61 
 
 		 543 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0810  alpha amylase, catalytic region  42.04 
 
 		 540 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.553058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5769  alpha amylase catalytic region  41 
 
 		 535 aa  402  1e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4274  alpha amylase catalytic region  43.43 
 
 		 529 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0672  alpha amylase, catalytic region  42.53 
 
 		 533 aa  400  9.999999999999999e-111  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.227468 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0356  alpha amylase, catalytic region  41.45 
 
 		 564 aa  396  1e-109  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.171609  normal  0.628947 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0307  alpha amylase catalytic subunit  43.5 
 
 		 525 aa  395  1e-109  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3077  alpha amylase catalytic region  44.07 
 
 		 535 aa  396  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0346516 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0917  alpha amylase, catalytic region  43.2 
 
 		 542 aa  395  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0921  alpha amylase  38.2 
 
 		 568 aa  395  1e-108  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0194055 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3687  alpha amylase, catalytic region  42.09 
 
 		 540 aa  395  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5238  alpha amylase catalytic region  43.82 
 
 		 524 aa  393  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0394755 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5268  alpha amylase catalytic region  43.28 
 
 		 540 aa  391  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1931  alpha amylase, catalytic region  41.99 
 
 		 541 aa  387  1e-106  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.126366  normal  0.0171494 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5528  alpha amylase catalytic region  40.67 
 
 		 545 aa  389  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.283745  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2303  alpha amylase catalytic region  45.81 
 
 		 448 aa  384  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.190789 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3863  alpha amylase catalytic region  41.41 
 
 		 541 aa  384  1e-105  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00249861  normal  0.684332 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3898  alpha amylase catalytic region  43.8 
 
 		 526 aa  381  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.237178 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0777  alpha amylase catalytic region  41.05 
 
 		 532 aa  381  1e-104  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.876516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3169  alpha amylase, catalytic region  41.43 
 
 		 530 aa  379  1e-104  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1969  alpha amylase catalytic region  40.84 
 
 		 536 aa  377  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.786718  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0226  alpha amylase catalytic region  41.85 
 
 		 537 aa  375  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.547651 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1595  alpha amylase catalytic region  42.94 
 
 		 528 aa  371  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0451037 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3310  alpha amylase, catalytic region  39.7 
 
 		 575 aa  362  7.0000000000000005e-99  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2294  Alpha amylase, catalytic region  42.38 
 
 		 542 aa  361  2e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.960991  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1988  alpha amylase catalytic region  42.83 
 
 		 546 aa  360  5e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0601  alpha amylase catalytic region  36.88 
 
 		 554 aa  354  2e-96  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199149  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1406  alpha amylase catalytic region  36.18 
 
 		 555 aa  354  2.9999999999999997e-96  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0942  oligo-1,6-glucosidase, putative  38.77 
 
 		 539 aa  353  5e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4167  alpha amylase catalytic region  37.83 
 
 		 574 aa  350  3e-95  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.718668  hitchhiker  0.00459901 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1251  Alpha amylase, catalytic region  36.48 
 
 		 561 aa  343  2.9999999999999997e-93  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0354  alpha amylase catalytic region  36.81 
 
 		 554 aa  343  4e-93  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0526  alpha amylase catalytic region  35.07 
 
 		 562 aa  340  4e-92  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3323  alpha amylase catalytic region  36.14 
 
 		 570 aa  339  5.9999999999999996e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3104  trehalose-6-phosphate hydrolase  42.37 
 
 		 515 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0986221  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3307  HAD-superfamily hydrolase subfamily IA, variant 3  39.92 
 
 		 735 aa  338  1.9999999999999998e-91  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.081208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09460  alpha amylase catalytic region  33.88 
 
 		 563 aa  335  2e-90  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0188478  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1621  alpha,alpha-phosphotrehalase  33.51 
 
 		 563 aa  332  9e-90  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.459004  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2302  alpha amylase catalytic region  38.64 
 
 		 518 aa  330  3e-89  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2048  alpha amylase catalytic region  37.48 
 
 		 572 aa  330  5.0000000000000004e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105277  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0899  trehalose-6-phosphate hydrolase  35.28 
 
 		 560 aa  328  2.0000000000000001e-88  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0828  trehalose-6-phosphate hydrolase  34.92 
 
 		 556 aa  327  3e-88  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0959378  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0470  glycosyl hydrolase family protein  34.84 
 
 		 554 aa  327  5e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000621788  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08330  sucrose isomerase  35.78 
 
 		 600 aa  326  6e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0357  glycosyl hydrolase family protein  34.66 
 
 		 554 aa  325  1e-87  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000071861  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0347  alpha-glucosidase  34.66 
 
 		 554 aa  325  1e-87  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000225343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0413  glycosyl hydrolase family protein  34.66 
 
 		 554 aa  325  1e-87  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000830485 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0371  glycosyl hydrolase family protein  34.66 
 
 		 554 aa  325  1e-87  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000236448  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1739  alpha amylase catalytic region  41.92 
 
 		 550 aa  325  1e-87  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000285446  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4926  alpha amylase catalytic region  35.48 
 
 		 578 aa  324  2e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>