More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2688 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2688  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 353 aa  718    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000261317  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2794  RND family efflux transporter MFP subunit  50.46 
 
 		 337 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190782  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  48.99 
 
 		 337 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2774  RND family efflux transporter MFP subunit  50.15 
 
 		 337 aa  325  1e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000348854  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.15 
 
 		 337 aa  324  2e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000223326  hitchhiker  0.000000000135699 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  48.84 
 
 		 337 aa  323  3e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  49.43 
 
 		 337 aa  322  6e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  49.14 
 
 		 337 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  48.85 
 
 		 337 aa  319  5e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  50.62 
 
 		 340 aa  317  2e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2439  RND family efflux transporter MFP subunit  46.08 
 
 		 338 aa  281  1e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000111994  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  45.7 
 
 		 347 aa  278  8e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  52.36 
 
 		 362 aa  277  2e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000256578  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2181  AcrA/AcrE family protein  50.65 
 
 		 331 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000164809  normal  0.0114896 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1413  secretion protein HlyD  49.49 
 
 		 380 aa  272  5.000000000000001e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000766158  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  41.52 
 
 		 342 aa  259  6e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  39.52 
 
 		 334 aa  196  5.000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.11 
 
 		 349 aa  182  1e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.82 
 
 		 354 aa  177  2e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0980  RND family efflux transporter MFP subunit  35.62 
 
 		 361 aa  166  6.9999999999999995e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  31.96 
 
 		 352 aa  150  4e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2396  secretion protein HlyD  34.97 
 
 		 346 aa  146  5e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.69 
 
 		 358 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  29 
 
 		 352 aa  108  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3761  secretion protein HlyD  28.72 
 
 		 364 aa  105  9e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.62 
 
 		 377 aa  101  3e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0059  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 		 411 aa  97.4  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  27.27 
 
 		 372 aa  96.3  7e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3743  RND family efflux transporter MFP subunit  26.23 
 
 		 374 aa  95.9  8e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  27.27 
 
 		 372 aa  95.9  9e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.74 
 
 		 388 aa  94.7  2e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  25.35 
 
 		 392 aa  94  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.16 
 
 		 360 aa  93.6  4e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.16 
 
 		 360 aa  93.6  4e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.87 
 
 		 377 aa  89  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3344  secretion protein HlyD  27.35 
 
 		 333 aa  88.6  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.144623 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.58 
 
 		 376 aa  88.2  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  29.49 
 
 		 351 aa  88.2  2e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  29.49 
 
 		 351 aa  87.8  3e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.62 
 
 		 356 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0078  hypothetical protein  26.84 
 
 		 381 aa  86.3  8e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  34.95 
 
 		 372 aa  86.3  8e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.37 
 
 		 381 aa  85.9  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  27.04 
 
 		 357 aa  85.9  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  25.09 
 
 		 359 aa  85.1  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1741  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.15 
 
 		 381 aa  85.1  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1451  RND family efflux transporter MFP subunit  26.62 
 
 		 369 aa  84  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.513769  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  26.04 
 
 		 349 aa  84.3  0.000000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  26.1 
 
 		 356 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  28.17 
 
 		 375 aa  84  0.000000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  26.69 
 
 		 366 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3214  putative efflux protein  26.32 
 
 		 367 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  27.99 
 
 		 360 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.42 
 
 		 360 aa  81.3  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.99 
 
 		 360 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  27.99 
 
 		 360 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0549  secretion protein HlyD  24.04 
 
 		 407 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  27.99 
 
 		 360 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4319  RND family efflux transporter MFP subunit  26.09 
 
 		 460 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0569861 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.52 
 
 		 365 aa  80.1  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.94 
 
 		 367 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1392  RND family efflux transporter MFP subunit  26.14 
 
 		 369 aa  78.6  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.484541  normal  0.684664 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  24.31 
 
 		 373 aa  79  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1289  putative transport/efflux transmembrane protein  25.32 
 
 		 378 aa  79  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  25.51 
 
 		 354 aa  79  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 		 340 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 380 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  24.37 
 
 		 364 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.91 
 
 		 365 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  25.94 
 
 		 360 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  26.38 
 
 		 361 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  26.82 
 
 		 364 aa  77.8  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  25.62 
 
 		 371 aa  77.8  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  25.94 
 
 		 360 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  25.94 
 
 		 360 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  25.93 
 
 		 383 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  27.41 
 
 		 381 aa  77  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.41 
 
 		 381 aa  77  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1048  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.21 
 
 		 367 aa  77.4  0.0000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0768467 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.93 
 
 		 374 aa  77  0.0000000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  26.83 
 
 		 379 aa  77  0.0000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2742  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.84 
 
 		 462 aa  76.6  0.0000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.52 
 
 		 426 aa  76.6  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  25.9 
 
 		 422 aa  76.6  0.0000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  27.86 
 
 		 381 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2153  HlyD family secretion protein  26.53 
 
 		 359 aa  76.3  0.0000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  25.68 
 
 		 369 aa  76.3  0.0000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0535  secretion protein HlyD  27.13 
 
 		 366 aa  75.9  0.0000000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3079  secretion protein HlyD  26.92 
 
 		 418 aa  75.9  0.0000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.787711  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  25.68 
 
 		 369 aa  76.3  0.0000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  25.68 
 
 		 369 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1047  RND family efflux transporter subunit MFP  24.79 
 
 		 461 aa  75.5  0.000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0423833  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.68 
 
 		 369 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1596  RND family efflux transporter MFP subunit  27.1 
 
 		 398 aa  75.5  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.566633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  27.03 
 
 		 360 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1423  RND family mulitdrug efflux protein  26.55 
 
 		 371 aa  75.9  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.427177  normal  0.182381 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1685  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.21 
 
 		 383 aa  75.1  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2447  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.68 
 
 		 462 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  26.67 
 
 		 417 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  22.58 
 
 		 351 aa  75.1  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>