107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1648 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1648  putative phage repressor  100 
 
 		 230 aa  476  1e-133  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00656681  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2563  putative phage repressor  69.78 
 
 		 225 aa  330  2e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  60.96 
 
 		 229 aa  291  5e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000953974  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  59.66 
 
 		 233 aa  291  9e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  60.09 
 
 		 229 aa  290  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  59.65 
 
 		 229 aa  289  2e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  61.74 
 
 		 240 aa  289  3e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  59.74 
 
 		 240 aa  288  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  58.37 
 
 		 233 aa  287  9e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  58.37 
 
 		 233 aa  287  1e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2622  putative phage repressor  52.97 
 
 		 243 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  53.02 
 
 		 263 aa  235  3e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4606  transcriptional regulator  50.64 
 
 		 237 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52530  transcriptional regulator  50.64 
 
 		 237 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000132202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07960  transcriptional regulator PrtR  47.03 
 
 		 256 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101148  hitchhiker  0.000834984 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0755  transcriptional regulator PrtR  47.03 
 
 		 256 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.011984  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2990  prophage LambdaSo, Cro/CI family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 272 aa  217  2e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3964  putative phage repressor  46.03 
 
 		 259 aa  207  8e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.072898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3262  putative phage repressor  39.67 
 
 		 241 aa  175  5e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1875  putative phage repressor  39.92 
 
 		 244 aa  174  7e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2167  putative phage repressor  38.8 
 
 		 244 aa  174  9.999999999999999e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.117586  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4049  putative phage repressor  41.67 
 
 		 248 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00309972  hitchhiker  0.0000000001929 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1011  putative phage repressor  40.65 
 
 		 218 aa  153  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.763396  unclonable  0.00000301408 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1135  phage repressor  42.11 
 
 		 270 aa  147  9e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0721  transcriptional regulator, putative  48.92 
 
 		 243 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0623  peptidase S24, S26A and S26B  46.04 
 
 		 243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.471102 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4997  transcriptional regulator  39.31 
 
 		 246 aa  116  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0998  transcriptional regulator, putative  32.05 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000689636  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3211  putative phage repressor  37.41 
 
 		 248 aa  99.4  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.02032 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  28.51 
 
 		 270 aa  96.3  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  32.89 
 
 		 205 aa  94.4  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4418  putative phage repressor  31.78 
 
 		 213 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000888993  normal  0.473724 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  28.81 
 
 		 264 aa  87.4  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  33.19 
 
 		 209 aa  87  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  28.87 
 
 		 264 aa  84.7  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  29.58 
 
 		 214 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0726  putative phage repressor  27.19 
 
 		 225 aa  79.7  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.255707  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2114  putative phage repressor  27.68 
 
 		 247 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00404649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4494  putative phage repressor  26.32 
 
 		 231 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2067  putative phage repressor  27.23 
 
 		 247 aa  68.6  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000502138  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1272  putative phage repressor  27.43 
 
 		 263 aa  67.4  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.343387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2128  putative phage repressor  27.43 
 
 		 231 aa  67  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  29.13 
 
 		 205 aa  67.4  0.0000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4115  putative phage repressor  28.57 
 
 		 248 aa  65.9  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.396113  hitchhiker  0.00000211881 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0576  hypothetical protein  25.82 
 
 		 233 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.664353  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0582  transcriptional regulator  35.4 
 
 		 233 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.794333 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0335  putative phage repressor  33.82 
 
 		 230 aa  64.7  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2366  peptidase  26.26 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000799679  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0589  transcriptional regulator  24.89 
 
 		 233 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0819  putative phage repressor  28.18 
 
 		 229 aa  62.8  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0537  transcriptional regulator, putative  29.45 
 
 		 278 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3365  putative phage repressor  25.33 
 
 		 215 aa  62  0.000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  26.64 
 
 		 251 aa  62  0.000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1192  putative phage repressor  32.09 
 
 		 252 aa  61.6  0.00000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1326  putative phage repressor  29.93 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1619  putative phage repressor  26.32 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0134521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4113  putative phage repressor  31.62 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0271974  hitchhiker  0.00000000858644 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1261  putative phage repressor  36.03 
 
 		 236 aa  60.5  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000205761 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2283  putative phage repressor  28.29 
 
 		 292 aa  59.7  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00298807  unclonable  0.0000000000471179 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2371  putative phage repressor  35.54 
 
 		 233 aa  58.9  0.00000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  32.33 
 
 		 230 aa  58.9  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0272  putative phage repressor  32.35 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0641  putative phage repressor  35 
 
 		 263 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1980  transcriptional regulator, putative  32.12 
 
 		 219 aa  56.6  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00751555  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1689  putative phage repressor  31.07 
 
 		 239 aa  54.7  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556751 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0710  putative phage repressor  32.28 
 
 		 238 aa  54.7  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2959  prophage MuMc02, S24 family peptidase  34.29 
 
 		 193 aa  53.9  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0641  prophage MuSo1, Cro/CI family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 240 aa  53.9  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2178  putative phage repressor  27.22 
 
 		 213 aa  53.9  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0386181  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0189  putative phage repressor  28.38 
 
 		 211 aa  53.1  0.000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1065  putative phage repressor  27.46 
 
 		 209 aa  52.4  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.518416  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0352  putative phage repressor  31.75 
 
 		 261 aa  52.4  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00411274 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0370  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 210 aa  52  0.000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.128546  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  28.98 
 
 		 216 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1409  putative phage repressor  25.66 
 
 		 210 aa  51.2  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0696097  normal  0.123244 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  46.3 
 
 		 220 aa  50.8  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3044  putative phage repressor  25.73 
 
 		 264 aa  49.7  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3983  putative phage repressor  26.07 
 
 		 240 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000900431  normal  0.128218 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0232  putative phage repressor  32.08 
 
 		 222 aa  48.9  0.00006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0998  putative phage repressor  35.63 
 
 		 284 aa  47.8  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891083  hitchhiker  0.000269405 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1510  putative phage repressor  25.73 
 
 		 212 aa  48.1  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432994  normal  0.193235 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3550  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  24.4 
 
 		 235 aa  47  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  38.71 
 
 		 216 aa  47.4  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0648  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 245 aa  46.6  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.19  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0789  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 245 aa  46.6  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000234402  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0248  hypothetical protein  26.02 
 
 		 233 aa  46.6  0.0003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1395  putative phage repressor  30.95 
 
 		 239 aa  46.2  0.0004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  23.87 
 
 		 227 aa  46.2  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0593  transcriptional regulator, XRE family  24.11 
 
 		 225 aa  46.2  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1976  transcriptional regulator, XRE family  26.37 
 
 		 227 aa  46.6  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3076  transcriptional regulator  26.67 
 
 		 219 aa  46.2  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.0011023  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1999  putative phage repressor  23.92 
 
 		 247 aa  45.8  0.0005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal  0.25035 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1268  repressor protein, putative  32.81 
 
 		 230 aa  45.4  0.0007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.019488  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  35 
 
 		 230 aa  45.4  0.0007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2652  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 248 aa  44.7  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4824  putative phage repressor  32.2 
 
 		 216 aa  44.7  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.852274  normal  0.393285 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1188  putative phage repressor  26.77 
 
 		 234 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267835  normal  0.264486 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2676  putative phage repressor  28.18 
 
 		 231 aa  45.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0135442 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1643  repressor protein, putative  30.43 
 
 		 289 aa  43.9  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.102671  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  36.23 
 
 		 131 aa  42.7  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000218001  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>