32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0582 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0582  transcriptional regulator  100 
 
 
233 aa  477  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.794333 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0537  transcriptional regulator, putative  87.98 
 
 
278 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0576  hypothetical protein  87.5 
 
 
233 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.664353  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0589  transcriptional regulator  71.12 
 
 
233 aa  341  5.999999999999999e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0623  peptidase S24, S26A and S26B  42.19 
 
 
243 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.471102 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0721  transcriptional regulator, putative  42.19 
 
 
243 aa  193  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4997  transcriptional regulator  36.93 
 
 
246 aa  142  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07960  transcriptional regulator PrtR  31 
 
 
256 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101148  hitchhiker  0.000834984 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0755  transcriptional regulator PrtR  32 
 
 
256 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.011984  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  27.35 
 
 
263 aa  78.6  0.00000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2990  prophage LambdaSo, Cro/CI family transcriptional regulator  31.67 
 
 
272 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2622  putative phage repressor  27.54 
 
 
243 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  27.54 
 
 
240 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  27.54 
 
 
240 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4606  transcriptional regulator  24.26 
 
 
237 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3964  putative phage repressor  29.46 
 
 
259 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.072898  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  33.93 
 
 
229 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52530  transcriptional regulator  24.26 
 
 
237 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000132202  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  33.93 
 
 
229 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2563  putative phage repressor  33.93 
 
 
225 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1648  putative phage repressor  35.4 
 
 
230 aa  64.7  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00656681  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  32.14 
 
 
233 aa  63.2  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  32.14 
 
 
233 aa  63.2  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  32.14 
 
 
233 aa  63.2  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  33.04 
 
 
229 aa  62.8  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000953974  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1135  phage repressor  32.17 
 
 
270 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3262  putative phage repressor  25.61 
 
 
241 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4049  putative phage repressor  31.58 
 
 
248 aa  59.3  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00309972  hitchhiker  0.0000000001929 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2167  putative phage repressor  23.39 
 
 
244 aa  54.3  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.117586  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1011  putative phage repressor  26.32 
 
 
218 aa  52.8  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.763396  unclonable  0.00000301408 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1875  putative phage repressor  25.74 
 
 
244 aa  50.8  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3211  putative phage repressor  31.37 
 
 
248 aa  45.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.02032 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>