More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0510 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  63.34 
 
 
695 aa  831    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  65.64 
 
 
709 aa  875    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  63.41 
 
 
695 aa  815    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  100 
 
 
701 aa  1395    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  56.62 
 
 
699 aa  760    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  59.68 
 
 
703 aa  757    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  80.65 
 
 
687 aa  1092    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  59.97 
 
 
703 aa  765    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  72.73 
 
 
693 aa  980    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00964  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  54.52 
 
 
696 aa  643    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0651645  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  63.58 
 
 
695 aa  818    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  64.22 
 
 
693 aa  860    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  67.74 
 
 
689 aa  938    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06202  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  54.52 
 
 
696 aa  643    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.33406  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  72.43 
 
 
693 aa  970    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  61.09 
 
 
686 aa  784    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  56.32 
 
 
699 aa  756    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  56.75 
 
 
710 aa  711    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  56.32 
 
 
699 aa  755    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  63.2 
 
 
695 aa  828    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  81.32 
 
 
685 aa  1082    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  70.93 
 
 
685 aa  962    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  69.32 
 
 
694 aa  909    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  56.62 
 
 
691 aa  759    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  56.03 
 
 
699 aa  752    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  70.04 
 
 
685 aa  951    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  66.08 
 
 
683 aa  861    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  58.36 
 
 
692 aa  803    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  50.8 
 
 
689 aa  599  1e-170  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.53 
 
 
689 aa  593  1e-168  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  45.43 
 
 
678 aa  591  1e-167  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.323415  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.38 
 
 
689 aa  579  1e-164  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.4 
 
 
716 aa  558  1e-158  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42 
 
 
709 aa  559  1e-158  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  47.94 
 
 
688 aa  543  1e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  48.08 
 
 
688 aa  542  1e-153  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  48.08 
 
 
688 aa  542  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  48.08 
 
 
688 aa  543  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  48.08 
 
 
688 aa  542  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  48.08 
 
 
688 aa  543  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.47 
 
 
724 aa  538  1e-151  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1562  diguanylate phosphodiesterase  73.57 
 
 
326 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.41 
 
 
760 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  41.1 
 
 
785 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  42.14 
 
 
726 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1563  putative integral membrane sensor protein  72.46 
 
 
367 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  38.22 
 
 
756 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.44 
 
 
754 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.22 
 
 
726 aa  431  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.85 
 
 
754 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.59 
 
 
947 aa  428  1e-118  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4985  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  38.54 
 
 
699 aa  427  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73967  normal  0.0333981 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  39.21 
 
 
754 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.88 
 
 
925 aa  424  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0803  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.77 
 
 
694 aa  420  1e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.77 
 
 
754 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  50.36 
 
 
827 aa  417  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  46.93 
 
 
876 aa  416  9.999999999999999e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.96 
 
 
1212 aa  416  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  47.38 
 
 
1515 aa  415  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  37.86 
 
 
763 aa  415  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.35 
 
 
633 aa  413  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.51 
 
 
1504 aa  414  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.07 
 
 
1508 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.29 
 
 
1508 aa  412  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.29 
 
 
1508 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.29 
 
 
1505 aa  412  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  47.29 
 
 
1508 aa  411  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.51 
 
 
1504 aa  412  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  49.31 
 
 
799 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2664  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.43 
 
 
1063 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.180042  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48 
 
 
890 aa  409  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.72 
 
 
1511 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2044  sensory box/GGDEF family protein  47.05 
 
 
762 aa  403  1e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  49.42 
 
 
805 aa  405  1e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00432386  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  47.61 
 
 
1502 aa  404  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.04 
 
 
905 aa  405  1e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.15 
 
 
1486 aa  402  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0502  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  48.4 
 
 
705 aa  399  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  47.22 
 
 
1209 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0235394 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  49.3 
 
 
1245 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.25 
 
 
1093 aa  400  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  47.22 
 
 
1209 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0409  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor  43.29 
 
 
925 aa  396  1e-109  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.231334  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0782  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.98 
 
 
736 aa  399  1e-109  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.45 
 
 
821 aa  395  1e-109  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000585262  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  44.98 
 
 
1055 aa  397  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0474  sensory box/GGDEF family protein  49.19 
 
 
792 aa  395  1e-108  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  47.29 
 
 
1228 aa  393  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5652  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.94 
 
 
1061 aa  395  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.71 
 
 
585 aa  393  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  48.49 
 
 
1244 aa  392  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.1 
 
 
685 aa  395  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  45.95 
 
 
721 aa  393  1e-108  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  47.38 
 
 
1494 aa  395  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  48.14 
 
 
1245 aa  392  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.03 
 
 
761 aa  390  1e-107  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.64 
 
 
582 aa  392  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.598305  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.7 
 
 
860 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  49.43 
 
 
1093 aa  392  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>