More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4186 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4186  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 195 aa  402  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00523  transcriptional regulator, TetR family protein  42.41 
 
 		 200 aa  151  7e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2633  transcriptional regulator, TetR family  27.93 
 
 		 204 aa  77.4  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.487613  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3164  transcriptional regulator, TetR family  31.68 
 
 		 208 aa  73.2  0.000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.859639  normal  0.0513104 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0868  transcriptional regulator, TetR family  30.25 
 
 		 230 aa  71.2  0.000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.200185 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1036  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 209 aa  68.9  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0478429 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1958  putative transcriptional regulator, TetR family  31.06 
 
 		 208 aa  68.9  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.158698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4343  regulatory protein TetR  32.75 
 
 		 196 aa  67.4  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2539  transcriptional regulator, TetR family  31.05 
 
 		 196 aa  67.4  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4523  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 216 aa  66.2  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.382743 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4941  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 184 aa  64.7  0.0000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.155489 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4558  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 184 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4646  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 184 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.874384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2233  transcriptional regulator, TetR family  30.06 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.943574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6428  transcriptional regulator, TetR family  30.19 
 
 		 217 aa  62.4  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4764  transcriptional regulator, TetR family  29.56 
 
 		 181 aa  62  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1032  transcriptional regulator, TetR family  32.5 
 
 		 207 aa  62.4  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 257 aa  62  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5132  transcriptional regulator, TetR family  27.39 
 
 		 214 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.493019  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0999  transcriptional regulator, TetR family  27.81 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.372995  normal  0.0457994 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6011  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 		 203 aa  59.3  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1596  hypothetical protein  28.75 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0318645  normal  0.570188 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4675  regulatory protein TetR  32 
 
 		 190 aa  58.9  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2830  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 208 aa  58.2  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.514088 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0354  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 214 aa  58.2  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.774788 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2708  regulatory protein TetR  27.56 
 
 		 228 aa  58.2  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.855326  normal  0.333826 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01162  transcription regulator, TetR family protein  27.16 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3140  transcriptional regulator, TetR family  27.56 
 
 		 230 aa  58.2  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05540  transcriptional regulator  29.07 
 
 		 197 aa  58.2  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3894  regulatory protein TetR  31.01 
 
 		 206 aa  57.8  0.00000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4761  transcriptional regulator, TetR family  40.45 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.107387  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4770  transcriptional regulator, TetR family  40.45 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4024  TetR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 207 aa  57.4  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.563014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1098  regulatory protein TetR  31.65 
 
 		 206 aa  57  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2464  transcriptional regulator, TetR family  26.22 
 
 		 193 aa  57  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.943089 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0017  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.731504 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2110  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 218 aa  55.8  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.722857  normal  0.248102 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23170  transcriptional regulator, TetR family  25.16 
 
 		 206 aa  55.8  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.946487  normal  0.100375 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4789  transcriptional regulator  39.33 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4386  TetR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4396  TetR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4787  transcriptional regulator, TetR family  39.33 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0422575  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0420  TetR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1227  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.43068  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2448  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0199857  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2974  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 225 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.995598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23110  transcriptional regulator  40.91 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2935  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309221  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0474  transcriptional regulator, TetR family  39.33 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.542957  hitchhiker  4.20035e-18 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3324  TetR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.272078  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1336  TetR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010036 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2172  transcriptional regulator, TetR family  26.47 
 
 		 199 aa  55.1  0.0000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3038  TetR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 186 aa  55.1  0.0000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.815569  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4551  transcriptional regulator, N-terminus  39.33 
 
 		 112 aa  55.1  0.0000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1309  TetR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 222 aa  55.1  0.0000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.488116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1369  TetR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 208 aa  55.1  0.0000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1304  transcriptional regulator, TetR family  31.71 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4482  TetR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1866  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 199 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.922935  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1709  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 207 aa  54.7  0.0000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17641  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3060  TetR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 203 aa  53.9  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2221  transcriptional regulator, TetR family  31.63 
 
 		 264 aa  54.3  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.104647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5135  TetR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 192 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0845  regulatory protein, TetR  30.07 
 
 		 188 aa  53.9  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.864607  normal  0.151441 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5699  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.393579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3806  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 238 aa  53.1  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.65239  normal  0.316965 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3517  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 236 aa  53.5  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0435497  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 291 aa  53.5  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3352  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 183 aa  53.5  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0512596  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3565  transcriptional regulator, TetR family  26.45 
 
 		 191 aa  52.8  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.534014  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1805  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 235 aa  53.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.604953  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3827  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 190 aa  52.8  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2955  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 203 aa  52.8  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1741  transcriptional regulator, TetR family  33.59 
 
 		 307 aa  52.8  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1456  transcriptional regulator, TetR family  32.69 
 
 		 211 aa  53.1  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0252  transcriptional regulator  30 
 
 		 224 aa  52.8  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4572  TetR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 234 aa  52.8  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224675 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5643  putative TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 232 aa  52.4  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.375487 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2655  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 226 aa  52.4  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0330  transcriptional regulator, TetR family  32.65 
 
 		 233 aa  52  0.000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1856  transcriptional regulator, TetR family  30.83 
 
 		 222 aa  52.4  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.906441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2496  TetR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 333 aa  52  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 201 aa  52  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0014  TetR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 205 aa  52  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3836  transcriptional regulator, TetR family  26.86 
 
 		 211 aa  52  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0381  TetR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 212 aa  52  0.000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.336534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5476  TetR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 240 aa  52  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1643  TetR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 205 aa  52  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.420046  normal  0.359135 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3538  regulatory protein, TetR  25.61 
 
 		 200 aa  51.6  0.000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0647727 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2722  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 237 aa  51.6  0.000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2354  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 205 aa  51.6  0.000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0147944  normal  0.332572 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6363  transcriptional regulator, TetR family  26.22 
 
 		 222 aa  51.6  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.318357 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  25.73 
 
 		 183 aa  51.6  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2726  transcriptional regulator, TetR family  26.83 
 
 		 203 aa  51.2  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544157 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0580  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 236 aa  51.2  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.431523 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5392  transcriptional regulator, TetR family protein  25.62 
 
 		 190 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0440  TetR/AcrR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 203 aa  50.8  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0782  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 		 295 aa  50.8  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.876045  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4154  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 234 aa  51.2  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0726195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6886  TetR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 239 aa  50.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0975429  normal  0.0518769 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>