288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PICST_56005 on replicon NC_009042
Organism: Scheffersomyces stipitis CBS 6054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
BN001301  ANIA_06069  DNA ligase (Eurofung)  51.22 
 
 		 932 aa  655    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI04170  DNA ligase, putative  55.15 
 
 		 803 aa  691    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56005  predicted protein  100 
 
 		 719 aa  1477    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.410085 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_16988  predicted protein  47.84 
 
 		 664 aa  544  1e-153  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.606353  normal  0.523448 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_51005  predicted protein  43.16 
 
 		 651 aa  501  1e-140  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA05480  DNA ligase, putative  33.2 
 
 		 944 aa  368  1e-100  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  36.06 
 
 		 583 aa  363  6e-99  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0814  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  35.76 
 
 		 590 aa  363  8e-99  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.389607  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  36.77 
 
 		 588 aa  359  9e-98  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0150  ATP-dependent DNA ligase  35.44 
 
 		 598 aa  358  1.9999999999999998e-97  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.132861  normal  0.011821 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04883  DNA ligase (Eurofung)  32.3 
 
 		 816 aa  352  2e-95  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.125619 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0750  ATP-dependent DNA ligase  33.92 
 
 		 601 aa  350  6e-95  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1170  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.93 
 
 		 601 aa  350  8e-95  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.51261  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  34.84 
 
 		 584 aa  349  1e-94  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  34.46 
 
 		 584 aa  346  8e-94  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1124  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 603 aa  346  1e-93  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000816424  normal  0.578001 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  34.41 
 
 		 584 aa  343  5.999999999999999e-93  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1643  DNA ligase (ATP)  33.39 
 
 		 549 aa  298  2e-79  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.83 
 
 		 583 aa  263  8e-69  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.48 
 
 		 582 aa  252  2e-65  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.17 
 
 		 550 aa  229  1e-58  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.88 
 
 		 556 aa  216  9.999999999999999e-55  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  29.03 
 
 		 568 aa  214  7e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.07 
 
 		 548 aa  211  5e-53  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.26 
 
 		 553 aa  210  8e-53  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.11 
 
 		 552 aa  206  2e-51  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.99 
 
 		 562 aa  204  3e-51  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  27.7 
 
 		 547 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0293  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.62 
 
 		 573 aa  195  3e-48  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.33298  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  27.99 
 
 		 546 aa  195  3e-48  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  27.75 
 
 		 567 aa  184  6e-45  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1685  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.54 
 
 		 573 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.69 
 
 		 592 aa  179  1e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0793  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.17 
 
 		 573 aa  179  2e-43  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.027506  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0215  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.57 
 
 		 573 aa  176  9.999999999999999e-43  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.21738 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.17 
 
 		 594 aa  176  9.999999999999999e-43  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.57 
 
 		 610 aa  164  4.0000000000000004e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10585  predicted protein  33.52 
 
 		 337 aa  161  4e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00097  DNA ligase 4 (EC 6.5.1.1)(DNA ligase IV)(Polydeoxyribonucleotide synthase [ATP] 4) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BH83]  25.57 
 
 		 1009 aa  152  2e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0295925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  26.22 
 
 		 576 aa  152  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.31 
 
 		 510 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.24 
 
 		 531 aa  137  6.0000000000000005e-31  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  26.15 
 
 		 527 aa  137  8e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  26.85 
 
 		 513 aa  133  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  26.83 
 
 		 520 aa  133  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  26.8 
 
 		 513 aa  133  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  26.83 
 
 		 520 aa  133  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.07 
 
 		 509 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  26.83 
 
 		 520 aa  133  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  26.8 
 
 		 511 aa  132  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_26493  predicted protein  25.54 
 
 		 994 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.164071 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  28.19 
 
 		 513 aa  127  9e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2025  ATP-dependent DNA ligase  25.59 
 
 		 534 aa  120  7.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189008  normal  0.878138 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  24.91 
 
 		 558 aa  120  9e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  26.26 
 
 		 508 aa  119  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  25.22 
 
 		 561 aa  118  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  24.53 
 
 		 1017 aa  117  7.999999999999999e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.35 
 
 		 522 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_006680  CNK00930  DNA ligase (ATP), putative  26.63 
 
 		 1065 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4586  ATP-dependent DNA ligase  27.78 
 
 		 517 aa  116  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  23.9 
 
 		 558 aa  115  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13079  ATP-dependent DNA ligase  27.82 
 
 		 507 aa  115  3e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  24.02 
 
 		 538 aa  115  3e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  24.95 
 
 		 592 aa  114  9e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  28.32 
 
 		 847 aa  114  9e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.05 
 
 		 539 aa  113  1.0000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0272  ATP-dependent DNA ligase  27.27 
 
 		 512 aa  112  2.0000000000000002e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.000560558  hitchhiker  0.000258657 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2592  ATP-dependent DNA ligase  26.39 
 
 		 507 aa  112  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000184866 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4316  ATP-dependent DNA ligase  25.6 
 
 		 503 aa  112  3e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.375111  normal  0.488131 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  27.59 
 
 		 532 aa  111  4.0000000000000004e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2195  ATP-dependent DNA ligase  27.79 
 
 		 552 aa  110  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0151417  hitchhiker  0.0044454 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  24.63 
 
 		 530 aa  108  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  28.77 
 
 		 316 aa  106  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2845  ATP-dependent DNA ligase  27.27 
 
 		 509 aa  105  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1105  ATP-dependent DNA ligase  25.51 
 
 		 552 aa  105  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  24.63 
 
 		 566 aa  105  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  26.7 
 
 		 833 aa  105  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  27.49 
 
 		 519 aa  104  5e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1145  ATP-dependent DNA ligase  25.05 
 
 		 552 aa  103  9e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.646236 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  27.76 
 
 		 495 aa  103  9e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  26.91 
 
 		 797 aa  102  2e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  26.72 
 
 		 833 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  27.43 
 
 		 351 aa  102  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_81859  DNA ligase IV  25.43 
 
 		 939 aa  102  2e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1134  ATP-dependent DNA ligase  26.29 
 
 		 553 aa  102  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  24.71 
 
 		 532 aa  101  6e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4307  ATP-dependent DNA ligase  25.27 
 
 		 552 aa  100  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.66248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  27.64 
 
 		 608 aa  100  9e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  27.2 
 
 		 832 aa  100  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  24.17 
 
 		 534 aa  100  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  22.47 
 
 		 535 aa  99.8  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  28.07 
 
 		 514 aa  99.4  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  26.48 
 
 		 833 aa  98.6  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  26.57 
 
 		 321 aa  98.2  4e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0096  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.42 
 
 		 506 aa  98.2  5e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0228406  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  24.85 
 
 		 531 aa  97.8  6e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  24.39 
 
 		 532 aa  97.4  7e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  25.88 
 
 		 551 aa  97.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  27.04 
 
 		 848 aa  95.1  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  23.71 
 
 		 545 aa  95.1  4e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>