More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0096 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_0096  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  100 
 
 
506 aa  1001    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0228406  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  66.2 
 
 
539 aa  620  1e-176  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  60.93 
 
 
510 aa  556  1e-157  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2592  ATP-dependent DNA ligase  54.79 
 
 
507 aa  502  1e-141  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000184866 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0719  ATP-dependent DNA ligase  59.72 
 
 
537 aa  494  9.999999999999999e-139  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  52.14 
 
 
511 aa  479  1e-134  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2025  ATP-dependent DNA ligase  52.17 
 
 
534 aa  463  1e-129  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189008  normal  0.878138 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  52.16 
 
 
513 aa  459  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  52.76 
 
 
520 aa  457  1e-127  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  52.76 
 
 
520 aa  457  1e-127  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  52.76 
 
 
520 aa  457  1e-127  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  51.76 
 
 
508 aa  453  1.0000000000000001e-126  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  51.43 
 
 
522 aa  449  1e-125  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  51.96 
 
 
509 aa  450  1e-125  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  51.18 
 
 
513 aa  446  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2845  ATP-dependent DNA ligase  52.16 
 
 
509 aa  442  1e-123  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0272  ATP-dependent DNA ligase  52.93 
 
 
512 aa  441  9.999999999999999e-123  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.000560558  hitchhiker  0.000258657 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  50.38 
 
 
527 aa  435  1e-120  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13079  ATP-dependent DNA ligase  51.27 
 
 
507 aa  430  1e-119  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4316  ATP-dependent DNA ligase  51.56 
 
 
503 aa  431  1e-119  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.375111  normal  0.488131 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  52.52 
 
 
592 aa  404  1e-111  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  49.8 
 
 
513 aa  404  1e-111  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  51.27 
 
 
519 aa  390  1e-107  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4586  ATP-dependent DNA ligase  49.1 
 
 
517 aa  387  1e-106  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4933  ATP dependent DNA ligase  47.02 
 
 
442 aa  271  2e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.74 
 
 
531 aa  270  5.9999999999999995e-71  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.09 
 
 
552 aa  268  2e-70  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  38.95 
 
 
553 aa  263  6e-69  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  31.7 
 
 
568 aa  261  3e-68  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  29.52 
 
 
567 aa  249  1e-64  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  37.58 
 
 
592 aa  245  1.9999999999999999e-63  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  37.39 
 
 
610 aa  244  3.9999999999999997e-63  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  36.15 
 
 
548 aa  238  2e-61  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.84 
 
 
556 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  31.81 
 
 
576 aa  230  4e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  36.91 
 
 
594 aa  222  9.999999999999999e-57  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.33 
 
 
550 aa  219  1e-55  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  32.87 
 
 
547 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  29.07 
 
 
546 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1170  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.23 
 
 
601 aa  202  9e-51  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.51261  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.11 
 
 
562 aa  201  3e-50  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.35 
 
 
1017 aa  196  7e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0150  ATP-dependent DNA ligase  30.67 
 
 
598 aa  190  5.999999999999999e-47  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.132861  normal  0.011821 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0793  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.72 
 
 
573 aa  190  5.999999999999999e-47  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.027506  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1685  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.1 
 
 
573 aa  189  1e-46  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0750  ATP-dependent DNA ligase  31.6 
 
 
601 aa  189  1e-46  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0215  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.97 
 
 
573 aa  189  1e-46  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.21738 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0293  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.2 
 
 
573 aa  188  2e-46  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.33298  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1124  ATP-dependent DNA ligase  29.53 
 
 
603 aa  179  1e-43  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000816424  normal  0.578001 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  29.55 
 
 
584 aa  179  1e-43  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  27.93 
 
 
584 aa  179  1e-43  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  29.19 
 
 
584 aa  177  3e-43  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.42 
 
 
582 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  28.08 
 
 
583 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0814  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.54 
 
 
590 aa  164  5.0000000000000005e-39  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.389607  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.55 
 
 
588 aa  162  9e-39  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  31.89 
 
 
533 aa  158  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  32.12 
 
 
533 aa  159  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  28.57 
 
 
584 aa  157  4e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  31.66 
 
 
532 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  31.92 
 
 
544 aa  153  8e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1643  DNA ligase (ATP)  25.16 
 
 
549 aa  152  2e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  29.73 
 
 
530 aa  149  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  30.55 
 
 
552 aa  145  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  32.29 
 
 
532 aa  142  9.999999999999999e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  32.71 
 
 
535 aa  138  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2589  ATP-dependent DNA ligase  32.41 
 
 
534 aa  138  3.0000000000000003e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00328254 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.51 
 
 
583 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  31.51 
 
 
570 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  28.04 
 
 
532 aa  134  5e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  30.81 
 
 
534 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  25.19 
 
 
535 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4307  ATP-dependent DNA ligase  29.66 
 
 
552 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.66248  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  32.81 
 
 
514 aa  129  9.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  29.6 
 
 
550 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  30.58 
 
 
542 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0628  ATP dependent DNA ligase  30.66 
 
 
568 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.639244  decreased coverage  0.00714589 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  28.6 
 
 
551 aa  126  7e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1040  ATP-dependent DNA ligase  28.67 
 
 
554 aa  126  1e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.081093  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3691  ATP dependent DNA ligase  31.22 
 
 
572 aa  126  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0798  ATP-dependent DNA ligase  32.86 
 
 
648 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109452  normal  0.0163574 
 
 
-
 
NC_006694  CNI04170  DNA ligase, putative  26 
 
 
803 aa  125  2e-27  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  28.05 
 
 
538 aa  125  2e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1145  ATP-dependent DNA ligase  29.36 
 
 
552 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.646236 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  23.56 
 
 
545 aa  125  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1211  ATP-dependent DNA ligase  28.06 
 
 
562 aa  124  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.837533 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1134  ATP-dependent DNA ligase  27.4 
 
 
553 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720613  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  31.27 
 
 
551 aa  124  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1105  ATP-dependent DNA ligase  29.12 
 
 
552 aa  123  7e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  31.29 
 
 
561 aa  123  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  32.21 
 
 
532 aa  123  7e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56005  predicted protein  26.06 
 
 
719 aa  122  1.9999999999999998e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.410085 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  22.83 
 
 
546 aa  120  7e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  30.7 
 
 
531 aa  120  7.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  28.81 
 
 
559 aa  119  9e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  29.38 
 
 
551 aa  119  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04883  DNA ligase (Eurofung)  24.06 
 
 
816 aa  118  1.9999999999999998e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.125619 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  31.65 
 
 
558 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0751  ATP-dependent DNA ligase  30.62 
 
 
578 aa  118  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.280099 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  33.63 
 
 
522 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>