More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2845 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_2845  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 509 aa  981    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4316  ATP-dependent DNA ligase  69.26 
 
 		 503 aa  597  1e-169  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.375111  normal  0.488131 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0272  ATP-dependent DNA ligase  64.67 
 
 		 512 aa  564  1.0000000000000001e-159  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.000560558  hitchhiker  0.000258657 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  61.45 
 
 		 522 aa  546  1e-154  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  59.27 
 
 		 520 aa  515  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  59.27 
 
 		 520 aa  515  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  59.27 
 
 		 520 aa  515  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  56.64 
 
 		 511 aa  511  1e-143  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  56.53 
 
 		 509 aa  504  1e-141  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  55.75 
 
 		 508 aa  503  1e-141  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2025  ATP-dependent DNA ligase  55.18 
 
 		 534 aa  494  9.999999999999999e-139  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189008  normal  0.878138 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  55.68 
 
 		 592 aa  489  1e-137  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  55.05 
 
 		 527 aa  487  1e-136  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  55.23 
 
 		 539 aa  476  1e-133  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2592  ATP-dependent DNA ligase  52.44 
 
 		 507 aa  462  1e-129  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000184866 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0096  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  52.55 
 
 		 506 aa  459  9.999999999999999e-129  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0228406  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4586  ATP-dependent DNA ligase  56.63 
 
 		 517 aa  454  1.0000000000000001e-126  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  55.22 
 
 		 510 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13079  ATP-dependent DNA ligase  54.19 
 
 		 507 aa  445  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  53.47 
 
 		 513 aa  447  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  53.67 
 
 		 513 aa  448  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0719  ATP-dependent DNA ligase  55.69 
 
 		 537 aa  424  1e-117  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  52.9 
 
 		 513 aa  397  1e-109  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  52.44 
 
 		 519 aa  385  1e-105  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  36 
 
 		 567 aa  276  5e-73  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  36.57 
 
 		 568 aa  275  9e-73  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  37.73 
 
 		 552 aa  266  5e-70  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  35.33 
 
 		 531 aa  265  1e-69  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4933  ATP dependent DNA ligase  45.91 
 
 		 442 aa  236  1.0000000000000001e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.72 
 
 		 556 aa  225  2e-57  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  35.6 
 
 		 553 aa  224  2e-57  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  38.28 
 
 		 548 aa  219  7e-56  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  36.18 
 
 		 610 aa  214  1.9999999999999998e-54  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  32.02 
 
 		 546 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  36.06 
 
 		 592 aa  213  4.9999999999999996e-54  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.1 
 
 		 550 aa  213  7e-54  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  36.13 
 
 		 576 aa  211  2e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.92 
 
 		 562 aa  211  2e-53  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  36.07 
 
 		 1017 aa  206  8e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0293  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.91 
 
 		 573 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.33298  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0215  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.47 
 
 		 573 aa  192  1e-47  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.21738 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0793  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.47 
 
 		 573 aa  191  4e-47  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.027506  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  36.4 
 
 		 594 aa  189  1e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  31.25 
 
 		 547 aa  188  2e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1685  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.59 
 
 		 573 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0814  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.79 
 
 		 590 aa  177  6e-43  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.389607  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1170  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.95 
 
 		 601 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.51261  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0150  ATP-dependent DNA ligase  30.73 
 
 		 598 aa  173  7.999999999999999e-42  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.132861  normal  0.011821 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1643  DNA ligase (ATP)  29.11 
 
 		 549 aa  172  9e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  31.22 
 
 		 584 aa  172  9e-42  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  31.15 
 
 		 584 aa  169  1e-40  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1124  ATP-dependent DNA ligase  30.19 
 
 		 603 aa  168  2e-40  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000816424  normal  0.578001 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  29.37 
 
 		 584 aa  166  8e-40  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.26 
 
 		 588 aa  162  1e-38  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0750  ATP-dependent DNA ligase  31.78 
 
 		 601 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  29.32 
 
 		 583 aa  155  2e-36  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.7 
 
 		 582 aa  151  3e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04883  DNA ligase (Eurofung)  27.61 
 
 		 816 aa  150  6e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.125619 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  28.51 
 
 		 530 aa  149  9e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  32.16 
 
 		 550 aa  144  3e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  33.1 
 
 		 535 aa  144  3e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  30.91 
 
 		 552 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.41 
 
 		 583 aa  141  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  32.08 
 
 		 533 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI04170  DNA ligase, putative  29.07 
 
 		 803 aa  139  8.999999999999999e-32  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  30.93 
 
 		 534 aa  139  1e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  32.08 
 
 		 533 aa  138  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  31.99 
 
 		 532 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  29.61 
 
 		 532 aa  131  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_51005  predicted protein  28.05 
 
 		 651 aa  130  4.0000000000000003e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56005  predicted protein  26.65 
 
 		 719 aa  130  6e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.410085 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  29.45 
 
 		 544 aa  129  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2589  ATP-dependent DNA ligase  31.77 
 
 		 534 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00328254 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  29.88 
 
 		 551 aa  129  2.0000000000000002e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  32.91 
 
 		 551 aa  128  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  29.83 
 
 		 532 aa  127  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  35 
 
 		 522 aa  127  6e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1040  ATP-dependent DNA ligase  27.31 
 
 		 554 aa  126  8.000000000000001e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.081093  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  34.71 
 
 		 551 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  31.6 
 
 		 532 aa  125  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  32.23 
 
 		 514 aa  125  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  26.12 
 
 		 535 aa  124  4e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0628  ATP dependent DNA ligase  33.9 
 
 		 568 aa  123  9e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.639244  decreased coverage  0.00714589 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  33.54 
 
 		 531 aa  122  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3691  ATP dependent DNA ligase  35.69 
 
 		 572 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02270  DNA ligase  30.99 
 
 		 530 aa  119  9.999999999999999e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  35.11 
 
 		 558 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  30.35 
 
 		 566 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0793  ATP-dependent DNA ligase  35.21 
 
 		 630 aa  118  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.758441 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  27.86 
 
 		 584 aa  118  3e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  33.23 
 
 		 542 aa  118  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3044  ATP-dependent DNA ligase  33.02 
 
 		 563 aa  117  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0164872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  21.81 
 
 		 546 aa  115  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  33.65 
 
 		 558 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  22.75 
 
 		 546 aa  115  3e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  23.9 
 
 		 545 aa  114  3e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0870  ATP-dependent DNA ligase  32.49 
 
 		 622 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140434  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1071  ATP dependent DNA ligase  30.11 
 
 		 574 aa  114  6e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0798  ATP-dependent DNA ligase  33.23 
 
 		 648 aa  113  8.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109452  normal  0.0163574 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 570 aa  113  9e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>