More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tter_1400 on replicon NC_013525
Organism: Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  100 
 
 
583 aa  1204    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  50.09 
 
 
582 aa  598  1e-170  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0150  ATP-dependent DNA ligase  41.3 
 
 
598 aa  451  1e-125  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.132861  normal  0.011821 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1124  ATP-dependent DNA ligase  39.09 
 
 
603 aa  433  1e-120  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000816424  normal  0.578001 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1170  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  38.93 
 
 
601 aa  425  1e-117  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.51261  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0750  ATP-dependent DNA ligase  40.03 
 
 
601 aa  421  1e-116  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  38.63 
 
 
588 aa  421  1e-116  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  39.09 
 
 
584 aa  412  1e-114  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0814  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  39.09 
 
 
590 aa  410  1e-113  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.389607  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  38.4 
 
 
583 aa  403  1e-111  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  38.58 
 
 
584 aa  401  9.999999999999999e-111  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  36.84 
 
 
584 aa  392  1e-108  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1643  DNA ligase (ATP)  38.31 
 
 
549 aa  385  1e-105  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  33.11 
 
 
568 aa  293  5e-78  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  31.81 
 
 
567 aa  293  9e-78  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.16 
 
 
552 aa  280  6e-74  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI04170  DNA ligase, putative  30.92 
 
 
803 aa  273  5.000000000000001e-72  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56005  predicted protein  28.83 
 
 
719 aa  263  6e-69  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.410085 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.45 
 
 
553 aa  260  4e-68  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.39 
 
 
562 aa  253  7e-66  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.33 
 
 
556 aa  248  3e-64  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_16988  predicted protein  30.59 
 
 
664 aa  246  9.999999999999999e-64  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.606353  normal  0.523448 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.62 
 
 
550 aa  243  5e-63  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_51005  predicted protein  28.39 
 
 
651 aa  240  5e-62  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  29.14 
 
 
546 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  30.41 
 
 
547 aa  233  6e-60  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06069  DNA ligase (Eurofung)  27.87 
 
 
932 aa  227  5.0000000000000005e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0293  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.31 
 
 
573 aa  226  6e-58  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.33298  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.61 
 
 
592 aa  225  2e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0793  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.03 
 
 
573 aa  225  2e-57  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.027506  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.37 
 
 
548 aa  219  7e-56  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1685  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.65 
 
 
573 aa  219  1e-55  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0215  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.48 
 
 
573 aa  216  7e-55  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.21738 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.16 
 
 
610 aa  210  7e-53  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.31 
 
 
531 aa  209  1e-52  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.55 
 
 
594 aa  202  9.999999999999999e-51  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  30.43 
 
 
513 aa  187  5e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.79 
 
 
509 aa  178  2e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  31.25 
 
 
513 aa  177  6e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04883  DNA ligase (Eurofung)  26.81 
 
 
816 aa  171  2e-41  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.125619 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  29.67 
 
 
511 aa  169  1e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  35.59 
 
 
513 aa  168  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  27.31 
 
 
508 aa  166  1.0000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_006670  CNA05480  DNA ligase, putative  24.33 
 
 
944 aa  165  2.0000000000000002e-39  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  29.06 
 
 
527 aa  164  4.0000000000000004e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.68 
 
 
510 aa  157  3e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  26.55 
 
 
576 aa  154  4e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  27.35 
 
 
520 aa  152  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  27.35 
 
 
520 aa  152  2e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  27.35 
 
 
520 aa  152  2e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2025  ATP-dependent DNA ligase  27.14 
 
 
534 aa  148  3e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189008  normal  0.878138 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  31.55 
 
 
519 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0719  ATP-dependent DNA ligase  27.66 
 
 
537 aa  142  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2592  ATP-dependent DNA ligase  27.18 
 
 
507 aa  141  3.9999999999999997e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000184866 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.96 
 
 
592 aa  140  4.999999999999999e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.21 
 
 
522 aa  139  1e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  22.9 
 
 
1017 aa  139  2e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4586  ATP-dependent DNA ligase  30.13 
 
 
517 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13079  ATP-dependent DNA ligase  28.57 
 
 
507 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0272  ATP-dependent DNA ligase  30.99 
 
 
512 aa  131  4.0000000000000003e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.000560558  hitchhiker  0.000258657 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  24 
 
 
539 aa  129  2.0000000000000002e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  30.34 
 
 
316 aa  126  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  25.95 
 
 
538 aa  125  2e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4316  ATP-dependent DNA ligase  27.42 
 
 
503 aa  123  9e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.375111  normal  0.488131 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  29.3 
 
 
552 aa  123  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  32.48 
 
 
763 aa  120  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  28.45 
 
 
544 aa  120  6e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10585  predicted protein  29.5 
 
 
337 aa  120  7.999999999999999e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  31.38 
 
 
759 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2845  ATP-dependent DNA ligase  29.27 
 
 
509 aa  119  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0096  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.13 
 
 
506 aa  118  3e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0228406  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  29.24 
 
 
321 aa  118  3e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  30.97 
 
 
532 aa  117  6.9999999999999995e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5528  DNA ligase (ATP)  28.99 
 
 
329 aa  116  8.999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.418116  normal  0.413759 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5930  DNA ligase (ATP)  28.99 
 
 
329 aa  116  8.999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.030161  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  31.9 
 
 
847 aa  116  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02270  DNA ligase  27.49 
 
 
530 aa  115  2.0000000000000002e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  31.61 
 
 
766 aa  114  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  28.65 
 
 
530 aa  113  8.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  25.78 
 
 
532 aa  113  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  31.37 
 
 
558 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4933  ATP dependent DNA ligase  26.8 
 
 
442 aa  111  4.0000000000000004e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6007  ATP-dependent DNA ligase  25.04 
 
 
539 aa  110  9.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  24.87 
 
 
550 aa  110  9.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  31.34 
 
 
320 aa  109  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  24.5 
 
 
531 aa  108  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  30.87 
 
 
758 aa  108  2e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  30.03 
 
 
535 aa  108  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  30.87 
 
 
758 aa  108  2e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  31.01 
 
 
758 aa  108  3e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  31.18 
 
 
558 aa  108  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  24.35 
 
 
535 aa  107  5e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  29.62 
 
 
584 aa  107  6e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0803  ATP-dependent DNA ligase  26.33 
 
 
541 aa  107  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.117454 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1208  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  29.21 
 
 
316 aa  106  1e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.433755  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_26493  predicted protein  21.14 
 
 
994 aa  106  1e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.164071 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  31.82 
 
 
828 aa  106  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  32.54 
 
 
847 aa  106  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1947  ATP dependent DNA ligase  30.77 
 
 
359 aa  106  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00097  DNA ligase 4 (EC 6.5.1.1)(DNA ligase IV)(Polydeoxyribonucleotide synthase [ATP] 4) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BH83]  24.45 
 
 
1009 aa  105  2e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0295925  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>