More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_2438 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  78.5 
 
 		 508 aa  770    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  100 
 
 		 509 aa  988    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  60.04 
 
 		 511 aa  557  1e-157  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  61.18 
 
 		 513 aa  552  1e-156  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  59.8 
 
 		 513 aa  548  1e-155  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  61.15 
 
 		 520 aa  544  1e-153  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  61.15 
 
 		 520 aa  544  1e-153  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  61.15 
 
 		 520 aa  544  1e-153  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2025  ATP-dependent DNA ligase  57.94 
 
 		 534 aa  541  9.999999999999999e-153  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189008  normal  0.878138 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  59.77 
 
 		 527 aa  533  1e-150  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13079  ATP-dependent DNA ligase  59.45 
 
 		 507 aa  519  1e-146  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  58.82 
 
 		 513 aa  501  1e-140  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0272  ATP-dependent DNA ligase  58.06 
 
 		 512 aa  488  1e-136  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.000560558  hitchhiker  0.000258657 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  55.05 
 
 		 522 aa  474  1e-132  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  58.13 
 
 		 592 aa  473  1e-132  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  58.79 
 
 		 519 aa  473  1e-132  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2845  ATP-dependent DNA ligase  56.53 
 
 		 509 aa  461  9.999999999999999e-129  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4316  ATP-dependent DNA ligase  55.01 
 
 		 503 aa  456  1e-127  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.375111  normal  0.488131 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2592  ATP-dependent DNA ligase  52.44 
 
 		 507 aa  442  1e-123  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000184866 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  53.33 
 
 		 510 aa  440  9.999999999999999e-123  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0719  ATP-dependent DNA ligase  54.19 
 
 		 537 aa  433  1e-120  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0096  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  51.96 
 
 		 506 aa  431  1e-119  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0228406  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  50.68 
 
 		 539 aa  414  1e-114  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4586  ATP-dependent DNA ligase  50.69 
 
 		 517 aa  401  9.999999999999999e-111  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  40.23 
 
 		 531 aa  321  1.9999999999999998e-86  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  40.09 
 
 		 568 aa  319  6e-86  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  38.06 
 
 		 567 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  39.67 
 
 		 552 aa  286  5.999999999999999e-76  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4933  ATP dependent DNA ligase  51.64 
 
 		 442 aa  274  3e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  39.17 
 
 		 592 aa  268  1e-70  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  39.56 
 
 		 610 aa  267  4e-70  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  39.55 
 
 		 553 aa  257  4e-67  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  35.74 
 
 		 556 aa  252  1e-65  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  35.68 
 
 		 550 aa  239  5.999999999999999e-62  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  33.09 
 
 		 576 aa  236  9e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  34.19 
 
 		 546 aa  234  4.0000000000000004e-60  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.17 
 
 		 562 aa  233  5e-60  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  38.85 
 
 		 594 aa  229  1e-58  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  33.88 
 
 		 547 aa  226  7e-58  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1124  ATP-dependent DNA ligase  32.88 
 
 		 603 aa  224  3e-57  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000816424  normal  0.578001 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  31.3 
 
 		 584 aa  223  4e-57  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.24 
 
 		 582 aa  221  3e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  31.61 
 
 		 584 aa  221  3e-56  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  32.02 
 
 		 584 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  37.88 
 
 		 548 aa  215  9.999999999999999e-55  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1685  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.36 
 
 		 573 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0215  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.71 
 
 		 573 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.21738 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0750  ATP-dependent DNA ligase  34.42 
 
 		 601 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1170  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.89 
 
 		 601 aa  213  5.999999999999999e-54  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.51261  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0793  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.54 
 
 		 573 aa  213  7.999999999999999e-54  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.027506  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0814  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.47 
 
 		 590 aa  210  5e-53  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.389607  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  30.76 
 
 		 583 aa  209  1e-52  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0150  ATP-dependent DNA ligase  31.46 
 
 		 598 aa  209  1e-52  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.132861  normal  0.011821 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.74 
 
 		 1017 aa  205  2e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0293  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26 
 
 		 573 aa  199  7.999999999999999e-50  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.33298  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1643  DNA ligase (ATP)  31.85 
 
 		 549 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.57 
 
 		 588 aa  190  4e-47  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.79 
 
 		 583 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  32.03 
 
 		 552 aa  177  4e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  30.43 
 
 		 544 aa  163  6e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_006694  CNI04170  DNA ligase, putative  29.74 
 
 		 803 aa  158  2e-37  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  30.7 
 
 		 535 aa  155  1e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  31.45 
 
 		 550 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  28.08 
 
 		 530 aa  154  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  28.52 
 
 		 551 aa  152  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  29.4 
 
 		 532 aa  152  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  36.01 
 
 		 522 aa  152  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  34.58 
 
 		 558 aa  151  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  34.82 
 
 		 584 aa  152  2e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  24.88 
 
 		 545 aa  150  4e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  32.37 
 
 		 542 aa  150  5e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  29.2 
 
 		 533 aa  150  6e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  29.01 
 
 		 533 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  29.52 
 
 		 551 aa  149  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2589  ATP-dependent DNA ligase  29.43 
 
 		 534 aa  149  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00328254 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  27.41 
 
 		 538 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  26.62 
 
 		 535 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2195  ATP-dependent DNA ligase  28.34 
 
 		 552 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0151417  hitchhiker  0.0044454 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1134  ATP-dependent DNA ligase  29.77 
 
 		 553 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  29 
 
 		 532 aa  147  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  27.55 
 
 		 561 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  32.85 
 
 		 558 aa  146  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  29.5 
 
 		 559 aa  145  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3873  ATP-dependent DNA ligase  29.25 
 
 		 567 aa  144  5e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.537943 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  31.76 
 
 		 531 aa  143  7e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1105  ATP-dependent DNA ligase  29.66 
 
 		 552 aa  143  9e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  30.56 
 
 		 551 aa  142  9.999999999999999e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1145  ATP-dependent DNA ligase  29.66 
 
 		 552 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.646236 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4307  ATP-dependent DNA ligase  29.26 
 
 		 552 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.66248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  30.71 
 
 		 534 aa  142  9.999999999999999e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1211  ATP-dependent DNA ligase  27.23 
 
 		 562 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837533 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  34.27 
 
 		 566 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0311  ATP-dependent DNA ligase  29.32 
 
 		 559 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.194095 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  24.04 
 
 		 546 aa  141  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1071  ATP dependent DNA ligase  35.03 
 
 		 574 aa  141  3e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0793  ATP-dependent DNA ligase  34.25 
 
 		 630 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.758441 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0870  ATP-dependent DNA ligase  34.76 
 
 		 622 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140434  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  23.83 
 
 		 546 aa  139  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4135  DNA ligase, ATP-dependent  28.31 
 
 		 571 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  34.71 
 
 		 532 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>