More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_4316 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_4316  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 
503 aa  959    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.375111  normal  0.488131 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2845  ATP-dependent DNA ligase  68.86 
 
 
509 aa  592  1e-168  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  62.74 
 
 
522 aa  548  1e-155  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0272  ATP-dependent DNA ligase  64.08 
 
 
512 aa  542  1e-153  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.000560558  hitchhiker  0.000258657 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  56.13 
 
 
511 aa  496  1e-139  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2025  ATP-dependent DNA ligase  54.82 
 
 
534 aa  488  1e-137  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189008  normal  0.878138 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  60.84 
 
 
592 aa  483  1e-135  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  55.81 
 
 
520 aa  481  1e-134  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  55.81 
 
 
520 aa  481  1e-134  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  55.81 
 
 
520 aa  481  1e-134  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  55.01 
 
 
509 aa  475  1e-133  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  55.53 
 
 
527 aa  470  1.0000000000000001e-131  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13079  ATP-dependent DNA ligase  55.99 
 
 
507 aa  463  1e-129  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  52.26 
 
 
508 aa  462  1e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  53.8 
 
 
513 aa  445  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  53.8 
 
 
513 aa  443  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2592  ATP-dependent DNA ligase  52.25 
 
 
507 aa  441  9.999999999999999e-123  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000184866 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  55.01 
 
 
510 aa  440  9.999999999999999e-123  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0719  ATP-dependent DNA ligase  58.61 
 
 
537 aa  437  1e-121  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  53.63 
 
 
539 aa  434  1e-120  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4586  ATP-dependent DNA ligase  54.26 
 
 
517 aa  428  1e-118  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0096  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  51.18 
 
 
506 aa  423  1e-117  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0228406  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  53.02 
 
 
513 aa  408  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  53.12 
 
 
519 aa  377  1e-103  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  36.38 
 
 
567 aa  276  5e-73  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  38.79 
 
 
552 aa  269  1e-70  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  34.31 
 
 
568 aa  250  5e-65  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.94 
 
 
531 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  38.77 
 
 
553 aa  238  2e-61  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  34.23 
 
 
576 aa  234  4.0000000000000004e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4933  ATP dependent DNA ligase  46.75 
 
 
442 aa  233  5e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.32 
 
 
556 aa  219  7e-56  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  33.95 
 
 
546 aa  219  1e-55  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  36.92 
 
 
592 aa  214  3.9999999999999995e-54  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  36.04 
 
 
610 aa  213  9e-54  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27 
 
 
562 aa  206  6e-52  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  36.61 
 
 
594 aa  203  6e-51  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  37.34 
 
 
548 aa  202  9.999999999999999e-51  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0793  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.24 
 
 
573 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.027506  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0215  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.83 
 
 
573 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.21738 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1685  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.22 
 
 
573 aa  193  6e-48  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  30.72 
 
 
547 aa  188  2e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.95 
 
 
550 aa  187  4e-46  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0293  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.72 
 
 
573 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.33298  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  31.42 
 
 
584 aa  177  4e-43  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  35.27 
 
 
1017 aa  176  9.999999999999999e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0814  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.65 
 
 
590 aa  167  2.9999999999999998e-40  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.389607  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  31.43 
 
 
584 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.51 
 
 
582 aa  164  4.0000000000000004e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0150  ATP-dependent DNA ligase  29.65 
 
 
598 aa  163  5.0000000000000005e-39  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.132861  normal  0.011821 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1170  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.59 
 
 
601 aa  160  7e-38  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.51261  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  30.38 
 
 
584 aa  159  1e-37  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1124  ATP-dependent DNA ligase  26.64 
 
 
603 aa  157  5.0000000000000005e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000816424  normal  0.578001 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0750  ATP-dependent DNA ligase  28.74 
 
 
601 aa  150  4e-35  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  30.56 
 
 
583 aa  150  5e-35  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  38.14 
 
 
522 aa  147  4.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  33.73 
 
 
550 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1643  DNA ligase (ATP)  27.03 
 
 
549 aa  144  3e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.05 
 
 
588 aa  144  4e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  29.22 
 
 
530 aa  139  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04883  DNA ligase (Eurofung)  29.19 
 
 
816 aa  137  5e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.125619 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  35.13 
 
 
531 aa  135  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  31.49 
 
 
551 aa  135  1.9999999999999998e-30  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  33.7 
 
 
532 aa  134  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  33.49 
 
 
514 aa  134  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  31.81 
 
 
566 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.63 
 
 
583 aa  133  9e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0628  ATP dependent DNA ligase  33.97 
 
 
568 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.639244  decreased coverage  0.00714589 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  30.73 
 
 
551 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  33.1 
 
 
570 aa  131  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  32.32 
 
 
535 aa  130  7.000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0793  ATP-dependent DNA ligase  36.08 
 
 
630 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.758441 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  31.37 
 
 
534 aa  129  1.0000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI04170  DNA ligase, putative  29.1 
 
 
803 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4044  ATP-dependent DNA ligase  32.36 
 
 
539 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56005  predicted protein  26.22 
 
 
719 aa  128  2.0000000000000002e-28  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.410085 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0798  ATP-dependent DNA ligase  32.87 
 
 
648 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109452  normal  0.0163574 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  28.41 
 
 
535 aa  127  6e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1470  ATP dependent DNA ligase  33.71 
 
 
542 aa  127  6e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.997789  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  31.65 
 
 
552 aa  126  9e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  30.42 
 
 
558 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  30.84 
 
 
533 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  30.75 
 
 
532 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  32.19 
 
 
532 aa  125  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4898  ATP-dependent DNA ligase  33.74 
 
 
539 aa  125  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  28.23 
 
 
545 aa  125  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1071  ATP dependent DNA ligase  32.21 
 
 
574 aa  124  4e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  30.05 
 
 
559 aa  124  4e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  33.63 
 
 
532 aa  124  4e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  30.12 
 
 
584 aa  123  6e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  30.48 
 
 
533 aa  123  8e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0751  ATP-dependent DNA ligase  33.9 
 
 
578 aa  123  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.280099 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3044  ATP-dependent DNA ligase  31.49 
 
 
563 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0164872  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0032  ATP-dependent DNA ligase  33.73 
 
 
536 aa  123  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0462  ATP-dependent DNA ligase  30.86 
 
 
594 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4617  ATP-dependent DNA ligase  35.23 
 
 
622 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3691  ATP dependent DNA ligase  31.62 
 
 
572 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  26.69 
 
 
546 aa  121  3e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0870  ATP-dependent DNA ligase  32.67 
 
 
622 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140434  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0733  ATP-dependent DNA ligase  26.53 
 
 
546 aa  119  9e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.12622  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>