More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3810 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  100 
 
 		 539 aa  1059    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0096  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  65.94 
 
 		 506 aa  612  9.999999999999999e-175  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0228406  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  65.3 
 
 		 510 aa  598  1e-170  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0719  ATP-dependent DNA ligase  63.37 
 
 		 537 aa  519  1e-146  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2592  ATP-dependent DNA ligase  54.99 
 
 		 507 aa  481  1e-134  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000184866 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2025  ATP-dependent DNA ligase  53.76 
 
 		 534 aa  463  1e-129  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189008  normal  0.878138 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0272  ATP-dependent DNA ligase  55.56 
 
 		 512 aa  458  1e-127  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.000560558  hitchhiker  0.000258657 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  53.77 
 
 		 511 aa  457  1e-127  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2845  ATP-dependent DNA ligase  55.23 
 
 		 509 aa  451  1e-125  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  53.63 
 
 		 522 aa  442  1e-123  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  51.57 
 
 		 508 aa  444  1e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  52.5 
 
 		 527 aa  436  1e-121  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4316  ATP-dependent DNA ligase  53.63 
 
 		 503 aa  438  1e-121  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.375111  normal  0.488131 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  52.4 
 
 		 513 aa  429  1e-119  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  53.55 
 
 		 520 aa  430  1e-119  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  53.55 
 
 		 520 aa  430  1e-119  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  53.55 
 
 		 520 aa  430  1e-119  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  51.61 
 
 		 513 aa  422  1e-117  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  50.78 
 
 		 509 aa  422  1e-117  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4586  ATP-dependent DNA ligase  50.5 
 
 		 517 aa  399  9.999999999999999e-111  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13079  ATP-dependent DNA ligase  50.88 
 
 		 507 aa  399  9.999999999999999e-111  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  51.44 
 
 		 513 aa  391  1e-107  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  53.73 
 
 		 592 aa  385  1e-105  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  52.07 
 
 		 519 aa  373  1e-102  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  35.89 
 
 		 531 aa  275  2.0000000000000002e-72  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  36.79 
 
 		 568 aa  262  1e-68  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  34.53 
 
 		 567 aa  262  1e-68  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  39.14 
 
 		 553 aa  261  2e-68  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  39.96 
 
 		 610 aa  259  6e-68  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4933  ATP dependent DNA ligase  46.73 
 
 		 442 aa  255  1.0000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  38.68 
 
 		 592 aa  248  2e-64  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  36.73 
 
 		 552 aa  244  3e-63  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  39.18 
 
 		 548 aa  238  2e-61  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  35.94 
 
 		 556 aa  233  9e-60  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  34.99 
 
 		 576 aa  222  9.999999999999999e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  38.03 
 
 		 594 aa  218  2e-55  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  32.12 
 
 		 546 aa  214  3.9999999999999995e-54  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.81 
 
 		 1017 aa  213  4.9999999999999996e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  32.77 
 
 		 547 aa  213  7e-54  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.49 
 
 		 550 aa  208  2e-52  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.02 
 
 		 562 aa  204  3e-51  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0215  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.39 
 
 		 573 aa  196  7e-49  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.21738 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0793  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.69 
 
 		 573 aa  192  9e-48  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.027506  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0293  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.82 
 
 		 573 aa  191  2e-47  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.33298  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1685  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.74 
 
 		 573 aa  188  2e-46  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  29.74 
 
 		 584 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  31.59 
 
 		 584 aa  173  6.999999999999999e-42  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1170  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.3 
 
 		 601 aa  172  2e-41  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.51261  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  29.07 
 
 		 584 aa  171  4e-41  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1124  ATP-dependent DNA ligase  29.93 
 
 		 603 aa  169  1e-40  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000816424  normal  0.578001 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0750  ATP-dependent DNA ligase  32.9 
 
 		 601 aa  167  4e-40  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  32.32 
 
 		 583 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  30.85 
 
 		 530 aa  162  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  32.44 
 
 		 532 aa  162  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.77 
 
 		 588 aa  162  2e-38  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0150  ATP-dependent DNA ligase  29.69 
 
 		 598 aa  161  3e-38  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.132861  normal  0.011821 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  31.99 
 
 		 533 aa  160  6e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  31.99 
 
 		 533 aa  159  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.49 
 
 		 582 aa  156  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  32.06 
 
 		 552 aa  155  2e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  36 
 
 		 514 aa  155  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  32.35 
 
 		 544 aa  153  8e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1643  DNA ligase (ATP)  26.53 
 
 		 549 aa  152  2e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  30.04 
 
 		 551 aa  148  2.0000000000000003e-34  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0814  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.98 
 
 		 590 aa  148  2.0000000000000003e-34  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.389607  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  31.14 
 
 		 550 aa  146  9e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  28.21 
 
 		 535 aa  145  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2589  ATP-dependent DNA ligase  31.24 
 
 		 534 aa  146  1e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00328254 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1040  ATP-dependent DNA ligase  30.02 
 
 		 554 aa  144  5e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.081093  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  34.4 
 
 		 535 aa  143  6e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02270  DNA ligase  29.24 
 
 		 530 aa  140  3.9999999999999997e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  31.36 
 
 		 584 aa  141  3.9999999999999997e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  36.15 
 
 		 522 aa  140  4.999999999999999e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  29.64 
 
 		 551 aa  139  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0628  ATP dependent DNA ligase  34.58 
 
 		 568 aa  137  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.639244  decreased coverage  0.00714589 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  24.74 
 
 		 583 aa  137  7.000000000000001e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  33.56 
 
 		 531 aa  136  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  35.22 
 
 		 532 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  32.2 
 
 		 570 aa  134  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  28.62 
 
 		 538 aa  134  3e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  31.89 
 
 		 559 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  30.3 
 
 		 551 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3432  ATP dependent DNA ligase  33.62 
 
 		 576 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0304262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0311  ATP-dependent DNA ligase  31.28 
 
 		 559 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.194095 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3561  ATP dependent DNA ligase  34.2 
 
 		 614 aa  130  8.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.147448 
 
 
-
 
NC_006694  CNI04170  DNA ligase, putative  27.72 
 
 		 803 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1755  ATP dependent DNA ligase  28.57 
 
 		 533 aa  129  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3691  ATP dependent DNA ligase  32.71 
 
 		 572 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_16988  predicted protein  28.86 
 
 		 664 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.606353  normal  0.523448 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  28.51 
 
 		 566 aa  127  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  32.25 
 
 		 558 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  31.31 
 
 		 534 aa  126  9e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1211  ATP-dependent DNA ligase  28.17 
 
 		 562 aa  126  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837533 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1071  ATP dependent DNA ligase  31.97 
 
 		 574 aa  125  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  30.3 
 
 		 532 aa  125  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3237  ATP dependent DNA ligase  33.91 
 
 		 613 aa  125  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.330095  normal  0.222492 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  31.81 
 
 		 542 aa  124  4e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  31.35 
 
 		 558 aa  124  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3044  ATP-dependent DNA ligase  31.4 
 
 		 563 aa  121  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0164872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  32.46 
 
 		 561 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>