More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msed_0150 on replicon NC_009440
Organism: Metallosphaera sedula DSM 5348



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001800  Ssol_1170  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  69.1 
 
 		 601 aa  863    Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.51261  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0150  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 598 aa  1218    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.132861  normal  0.011821 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0814  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  53.2 
 
 		 590 aa  617  1e-175  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.389607  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0750  ATP-dependent DNA ligase  52.45 
 
 		 601 aa  607  9.999999999999999e-173  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1124  ATP-dependent DNA ligase  50.59 
 
 		 603 aa  600  1e-170  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000816424  normal  0.578001 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  49.92 
 
 		 583 aa  570  1e-161  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  49.24 
 
 		 584 aa  566  1e-160  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  48.56 
 
 		 584 aa  560  1e-158  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  48.73 
 
 		 584 aa  561  1e-158  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  41.4 
 
 		 588 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  42.45 
 
 		 582 aa  457  1e-127  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  41.3 
 
 		 583 aa  451  1e-125  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1643  DNA ligase (ATP)  39.61 
 
 		 549 aa  417  9.999999999999999e-116  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56005  predicted protein  35.44 
 
 		 719 aa  358  1.9999999999999998e-97  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.410085 
 
 
-
 
NC_006694  CNI04170  DNA ligase, putative  32.79 
 
 		 803 aa  334  3e-90  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  34.97 
 
 		 568 aa  329  1.0000000000000001e-88  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  32.77 
 
 		 567 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_51005  predicted protein  31.88 
 
 		 651 aa  300  6e-80  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06069  DNA ligase (Eurofung)  31.92 
 
 		 932 aa  293  6e-78  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.05 
 
 		 552 aa  286  5e-76  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_16988  predicted protein  32.14 
 
 		 664 aa  286  1.0000000000000001e-75  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.606353  normal  0.523448 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.04 
 
 		 553 aa  275  2.0000000000000002e-72  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  31.07 
 
 		 546 aa  270  5e-71  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.47 
 
 		 550 aa  267  5e-70  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  31.52 
 
 		 547 aa  262  1e-68  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.08 
 
 		 548 aa  257  5e-67  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.05 
 
 		 556 aa  253  7e-66  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.42 
 
 		 592 aa  243  5e-63  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA05480  DNA ligase, putative  26.06 
 
 		 944 aa  241  2e-62  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.17 
 
 		 562 aa  238  3e-61  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0293  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.53 
 
 		 573 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.33298  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1685  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.37 
 
 		 573 aa  221  3e-56  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0215  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.04 
 
 		 573 aa  217  4e-55  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.21738 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0793  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.48 
 
 		 573 aa  217  5.9999999999999996e-55  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.027506  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.54 
 
 		 531 aa  216  9.999999999999999e-55  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04883  DNA ligase (Eurofung)  28.5 
 
 		 816 aa  213  7e-54  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.125619 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.3 
 
 		 610 aa  209  1e-52  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.78 
 
 		 594 aa  207  3e-52  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.46 
 
 		 509 aa  202  9.999999999999999e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  29.98 
 
 		 511 aa  200  6e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.56 
 
 		 510 aa  197  7e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  31.41 
 
 		 513 aa  195  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  30.56 
 
 		 513 aa  191  4e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  32.03 
 
 		 527 aa  181  4e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  29.78 
 
 		 576 aa  181  4.999999999999999e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  28.33 
 
 		 508 aa  178  3e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.72 
 
 		 522 aa  176  9e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2592  ATP-dependent DNA ligase  31.01 
 
 		 507 aa  171  5e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000184866 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  30.43 
 
 		 513 aa  170  8e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4586  ATP-dependent DNA ligase  30.8 
 
 		 517 aa  169  1e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  28.72 
 
 		 520 aa  169  2e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  28.72 
 
 		 520 aa  169  2e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  28.72 
 
 		 520 aa  169  2e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0096  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.37 
 
 		 506 aa  169  2e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0228406  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0272  ATP-dependent DNA ligase  31.85 
 
 		 512 aa  167  4e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.000560558  hitchhiker  0.000258657 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2025  ATP-dependent DNA ligase  27.52 
 
 		 534 aa  163  9e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189008  normal  0.878138 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.61 
 
 		 539 aa  154  5e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13079  ATP-dependent DNA ligase  30.6 
 
 		 507 aa  154  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0719  ATP-dependent DNA ligase  29.66 
 
 		 537 aa  152  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10585  predicted protein  33.53 
 
 		 337 aa  149  2.0000000000000003e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.88 
 
 		 592 aa  147  6e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4316  ATP-dependent DNA ligase  29.86 
 
 		 503 aa  145  1e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.375111  normal  0.488131 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  30.14 
 
 		 519 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.659287 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00097  DNA ligase 4 (EC 6.5.1.1)(DNA ligase IV)(Polydeoxyribonucleotide synthase [ATP] 4) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BH83]  24.49 
 
 		 1009 aa  138  3.0000000000000003e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0295925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.93 
 
 		 1017 aa  138  3.0000000000000003e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  25.88 
 
 		 558 aa  137  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2845  ATP-dependent DNA ligase  30.07 
 
 		 509 aa  137  4e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  25.92 
 
 		 558 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2195  ATP-dependent DNA ligase  27.14 
 
 		 552 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0151417  hitchhiker  0.0044454 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  27.23 
 
 		 552 aa  130  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  25.89 
 
 		 561 aa  130  6e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  26.69 
 
 		 538 aa  130  8.000000000000001e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1211  ATP-dependent DNA ligase  29.05 
 
 		 562 aa  126  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837533 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  30.63 
 
 		 584 aa  125  3e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  27.34 
 
 		 530 aa  124  6e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1134  ATP-dependent DNA ligase  25.91 
 
 		 553 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  25.59 
 
 		 544 aa  121  3e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  25.25 
 
 		 559 aa  120  4.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3044  ATP-dependent DNA ligase  29.43 
 
 		 563 aa  120  6e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0164872  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1105  ATP-dependent DNA ligase  25.59 
 
 		 552 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0311  ATP-dependent DNA ligase  25.46 
 
 		 559 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.194095 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3873  ATP-dependent DNA ligase  24.52 
 
 		 567 aa  118  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.537943 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  22.91 
 
 		 535 aa  118  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  29.12 
 
 		 551 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  25.41 
 
 		 566 aa  117  6.9999999999999995e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  32.3 
 
 		 828 aa  116  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4135  DNA ligase, ATP-dependent  24.8 
 
 		 571 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  28.96 
 
 		 532 aa  116  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  30.44 
 
 		 532 aa  116  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  25.65 
 
 		 535 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02270  DNA ligase  27.66 
 
 		 530 aa  114  5e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1145  ATP-dependent DNA ligase  25.08 
 
 		 552 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.646236 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  30.52 
 
 		 847 aa  110  6e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  29.1 
 
 		 550 aa  110  7.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  25.38 
 
 		 533 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  26.25 
 
 		 551 aa  109  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4307  ATP-dependent DNA ligase  23.87 
 
 		 552 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.66248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  25.45 
 
 		 534 aa  108  3e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4933  ATP dependent DNA ligase  29.43 
 
 		 442 aa  107  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  25.44 
 
 		 514 aa  107  9e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>