274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1145 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1105  ATP-dependent DNA ligase  98.73 
 
 		 552 aa  1088    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4135  DNA ligase, ATP-dependent  75.09 
 
 		 571 aa  849    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3873  ATP-dependent DNA ligase  75.62 
 
 		 567 aa  850    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.537943 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  69.2 
 
 		 551 aa  761    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1211  ATP-dependent DNA ligase  73.13 
 
 		 562 aa  821    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837533 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  61.46 
 
 		 558 aa  660    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  61.13 
 
 		 561 aa  649    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1145  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 552 aa  1100    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.646236 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1134  ATP-dependent DNA ligase  86.62 
 
 		 553 aa  938    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  61.81 
 
 		 558 aa  661    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3044  ATP-dependent DNA ligase  66.49 
 
 		 563 aa  704    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0164872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  66.85 
 
 		 559 aa  719    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  67.2 
 
 		 566 aa  708    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4307  ATP-dependent DNA ligase  92.39 
 
 		 552 aa  1029    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.66248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0311  ATP-dependent DNA ligase  66.49 
 
 		 559 aa  711    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.194095 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  63.65 
 
 		 542 aa  645    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  67.03 
 
 		 551 aa  707    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2195  ATP-dependent DNA ligase  75.99 
 
 		 552 aa  830    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0151417  hitchhiker  0.0044454 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  51.41 
 
 		 552 aa  523  1e-147  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  51.53 
 
 		 584 aa  522  1e-147  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  52.29 
 
 		 544 aa  517  1.0000000000000001e-145  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  49.91 
 
 		 532 aa  500  1e-140  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1755  ATP dependent DNA ligase  46.75 
 
 		 533 aa  497  1e-139  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02270  DNA ligase  47.02 
 
 		 530 aa  486  1e-136  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  48.65 
 
 		 538 aa  479  1e-134  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2589  ATP-dependent DNA ligase  50.81 
 
 		 534 aa  478  1e-133  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00328254 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  47.01 
 
 		 530 aa  475  1e-133  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  45.83 
 
 		 535 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  50.27 
 
 		 532 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  49.73 
 
 		 533 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  49.55 
 
 		 533 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  49.37 
 
 		 532 aa  459  9.999999999999999e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  48.38 
 
 		 534 aa  454  1.0000000000000001e-126  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  48.65 
 
 		 535 aa  451  1e-125  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1040  ATP-dependent DNA ligase  44.82 
 
 		 554 aa  414  1e-114  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.081093  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  38.94 
 
 		 546 aa  412  1e-114  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  39.18 
 
 		 546 aa  415  1e-114  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  45.34 
 
 		 551 aa  411  1e-113  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0733  ATP-dependent DNA ligase  38.48 
 
 		 546 aa  404  1e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.12622  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  39.58 
 
 		 545 aa  400  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0032  ATP-dependent DNA ligase  40.29 
 
 		 536 aa  327  2.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  40.21 
 
 		 550 aa  325  1e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  40.29 
 
 		 514 aa  324  3e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1071  ATP dependent DNA ligase  39.49 
 
 		 574 aa  316  8e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  39.08 
 
 		 532 aa  316  8e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1470  ATP dependent DNA ligase  39.3 
 
 		 542 aa  314  1.9999999999999998e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.997789  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0915  ATP-dependent DNA ligase  37.74 
 
 		 541 aa  312  9e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137062  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0803  ATP-dependent DNA ligase  38.31 
 
 		 541 aa  312  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.117454 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2804  ATP-dependent DNA ligase  39 
 
 		 537 aa  310  5.9999999999999995e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.414276  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6007  ATP-dependent DNA ligase  38.37 
 
 		 539 aa  309  9e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  39.15 
 
 		 570 aa  307  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4044  ATP-dependent DNA ligase  39.58 
 
 		 539 aa  304  3.0000000000000004e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  40.97 
 
 		 522 aa  303  5.000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0628  ATP dependent DNA ligase  39.83 
 
 		 568 aa  300  5e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.639244  decreased coverage  0.00714589 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3691  ATP dependent DNA ligase  39.15 
 
 		 572 aa  299  8e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0462  ATP-dependent DNA ligase  38.1 
 
 		 594 aa  296  5e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  37.88 
 
 		 531 aa  295  2e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4898  ATP-dependent DNA ligase  38.41 
 
 		 539 aa  293  4e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3432  ATP dependent DNA ligase  37.9 
 
 		 576 aa  291  2e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0304262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0751  ATP-dependent DNA ligase  38.24 
 
 		 578 aa  287  4e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.280099 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3237  ATP dependent DNA ligase  35.79 
 
 		 613 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.330095  normal  0.222492 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0798  ATP-dependent DNA ligase  40.23 
 
 		 648 aa  284  3.0000000000000004e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109452  normal  0.0163574 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3561  ATP dependent DNA ligase  35.74 
 
 		 614 aa  283  7.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.147448 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4617  ATP-dependent DNA ligase  36.46 
 
 		 622 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0870  ATP-dependent DNA ligase  42.05 
 
 		 622 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140434  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0553  ATP-dependent DNA ligase  38.28 
 
 		 561 aa  265  1e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0793  ATP-dependent DNA ligase  42.73 
 
 		 630 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.758441 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00668  DNA ligase  32.72 
 
 		 576 aa  262  1e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.60466  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  31.09 
 
 		 576 aa  202  9e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.33 
 
 		 1017 aa  176  9.999999999999999e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.66 
 
 		 509 aa  136  9e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.22 
 
 		 552 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.54 
 
 		 592 aa  127  4.0000000000000003e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.44 
 
 		 562 aa  125  2e-27  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.97 
 
 		 522 aa  123  8e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.67 
 
 		 548 aa  123  9e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  29.43 
 
 		 527 aa  122  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  29.25 
 
 		 567 aa  121  3e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.21 
 
 		 553 aa  121  3.9999999999999996e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.13 
 
 		 610 aa  120  4.9999999999999996e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.37 
 
 		 550 aa  120  9e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.06 
 
 		 531 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0096  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.36 
 
 		 506 aa  119  9.999999999999999e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0228406  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  27.34 
 
 		 547 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.85 
 
 		 556 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  28.83 
 
 		 513 aa  118  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  32.91 
 
 		 519 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  27.56 
 
 		 513 aa  117  6e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  28.02 
 
 		 513 aa  117  7.999999999999999e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  25.46 
 
 		 584 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4586  ATP-dependent DNA ligase  31.68 
 
 		 517 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  25.55 
 
 		 583 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0150  ATP-dependent DNA ligase  25.08 
 
 		 598 aa  113  1.0000000000000001e-23  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.132861  normal  0.011821 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  25.55 
 
 		 584 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  25.43 
 
 		 584 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.66 
 
 		 539 aa  111  3e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  27.83 
 
 		 568 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.62 
 
 		 592 aa  110  7.000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  24.51 
 
 		 546 aa  108  3e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  27.79 
 
 		 508 aa  106  9e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.207869 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>