288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_0032 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2804  ATP-dependent DNA ligase  62.66 
 
 
537 aa  658    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.414276  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1470  ATP dependent DNA ligase  62.18 
 
 
542 aa  648    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.997789  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6007  ATP-dependent DNA ligase  63.87 
 
 
539 aa  676    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4898  ATP-dependent DNA ligase  63.1 
 
 
539 aa  642    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0032  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 
536 aa  1083    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0915  ATP-dependent DNA ligase  64.37 
 
 
541 aa  681    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137062  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0803  ATP-dependent DNA ligase  63.4 
 
 
541 aa  673    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.117454 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4044  ATP-dependent DNA ligase  69.57 
 
 
539 aa  741    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0628  ATP dependent DNA ligase  59.32 
 
 
568 aa  609  1e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.639244  decreased coverage  0.00714589 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  57.68 
 
 
570 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1071  ATP dependent DNA ligase  57.24 
 
 
574 aa  604  1.0000000000000001e-171  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0462  ATP-dependent DNA ligase  54.67 
 
 
594 aa  598  1e-170  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0751  ATP-dependent DNA ligase  57.7 
 
 
578 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.280099 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3432  ATP dependent DNA ligase  56.38 
 
 
576 aa  598  1e-170  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0304262  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0553  ATP-dependent DNA ligase  57.81 
 
 
561 aa  595  1e-169  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  58.3 
 
 
514 aa  593  1e-168  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3691  ATP dependent DNA ligase  56.45 
 
 
572 aa  591  1e-167  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3237  ATP dependent DNA ligase  53.08 
 
 
613 aa  588  1e-167  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.330095  normal  0.222492 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3561  ATP dependent DNA ligase  52.82 
 
 
614 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.147448 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  55.6 
 
 
531 aa  560  1e-158  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  52.95 
 
 
550 aa  541  1e-153  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  55.35 
 
 
532 aa  530  1e-149  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0870  ATP-dependent DNA ligase  59.68 
 
 
622 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140434  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  54.49 
 
 
522 aa  516  1.0000000000000001e-145  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0798  ATP-dependent DNA ligase  57.94 
 
 
648 aa  507  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109452  normal  0.0163574 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0793  ATP-dependent DNA ligase  59.33 
 
 
630 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.758441 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4617  ATP-dependent DNA ligase  57.93 
 
 
622 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00668  DNA ligase  43.78 
 
 
576 aa  477  1e-133  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.60466  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02270  DNA ligase  39.08 
 
 
530 aa  337  5e-91  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  40.74 
 
 
532 aa  335  9e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  38.05 
 
 
584 aa  335  2e-90  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  38.63 
 
 
530 aa  333  7.000000000000001e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1105  ATP-dependent DNA ligase  40.67 
 
 
552 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2195  ATP-dependent DNA ligase  40.43 
 
 
552 aa  331  2e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0151417  hitchhiker  0.0044454 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  39.96 
 
 
551 aa  330  3e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4307  ATP-dependent DNA ligase  39.86 
 
 
552 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.66248  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1755  ATP dependent DNA ligase  38.38 
 
 
533 aa  328  2.0000000000000001e-88  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1145  ATP-dependent DNA ligase  40.29 
 
 
552 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.646236 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  37.87 
 
 
535 aa  326  5e-88  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2589  ATP-dependent DNA ligase  40.48 
 
 
534 aa  325  1e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00328254 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  38.79 
 
 
538 aa  325  1e-87  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  41.28 
 
 
533 aa  323  6e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1134  ATP-dependent DNA ligase  39.93 
 
 
553 aa  322  7e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720613  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  40.18 
 
 
535 aa  322  9.000000000000001e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  40.18 
 
 
566 aa  322  9.000000000000001e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  39.61 
 
 
559 aa  322  9.999999999999999e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  41.32 
 
 
533 aa  320  3e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  41.39 
 
 
532 aa  319  6e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  39.36 
 
 
551 aa  319  1e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  38.7 
 
 
532 aa  319  1e-85  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  39.59 
 
 
534 aa  318  2e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3873  ATP-dependent DNA ligase  39.17 
 
 
567 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.537943 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1211  ATP-dependent DNA ligase  39.34 
 
 
562 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.837533 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0311  ATP-dependent DNA ligase  39.44 
 
 
559 aa  314  1.9999999999999998e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.194095 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4135  DNA ligase, ATP-dependent  38.34 
 
 
571 aa  313  6.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  39.79 
 
 
558 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  38.6 
 
 
552 aa  310  4e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  38.52 
 
 
558 aa  302  9e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3044  ATP-dependent DNA ligase  40.4 
 
 
563 aa  300  3e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0164872  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  37.7 
 
 
542 aa  297  3e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  37.05 
 
 
544 aa  296  6e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  38.11 
 
 
561 aa  295  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  33.09 
 
 
545 aa  294  3e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  32.07 
 
 
546 aa  291  2e-77  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  37.89 
 
 
551 aa  290  4e-77  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  31.79 
 
 
546 aa  290  5.0000000000000004e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0733  ATP-dependent DNA ligase  31.88 
 
 
546 aa  286  7e-76  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.12622  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1040  ATP-dependent DNA ligase  33.45 
 
 
554 aa  278  1e-73  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.081093  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  31.3 
 
 
576 aa  189  1e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  36.5 
 
 
1017 aa  157  3e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  28.48 
 
 
567 aa  144  5e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.24 
 
 
562 aa  139  2e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.12 
 
 
550 aa  137  3.0000000000000003e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.38 
 
 
553 aa  134  3e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  29.38 
 
 
568 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.07 
 
 
592 aa  128  2.0000000000000002e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.18 
 
 
552 aa  127  6e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.18 
 
 
509 aa  125  2e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.31 
 
 
556 aa  125  2e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.67 
 
 
548 aa  125  2e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  26.68 
 
 
546 aa  124  6e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  32.44 
 
 
527 aa  123  8e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.29 
 
 
531 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4316  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 
503 aa  122  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.375111  normal  0.488131 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.46 
 
 
594 aa  118  3e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0215  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  24.38 
 
 
573 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.21738 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.99 
 
 
522 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  25.88 
 
 
547 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  27.64 
 
 
584 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1643  DNA ligase (ATP)  26.91 
 
 
549 aa  115  3e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.75 
 
 
588 aa  111  3e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0293  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  23.68 
 
 
573 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.33298  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0793  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.42 
 
 
573 aa  110  6e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.027506  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1124  ATP-dependent DNA ligase  26.36 
 
 
603 aa  108  2e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000816424  normal  0.578001 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.4 
 
 
539 aa  108  2e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.7 
 
 
592 aa  108  2e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  28.36 
 
 
584 aa  107  5e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  28.99 
 
 
508 aa  106  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  27.25 
 
 
584 aa  105  2e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  27.94 
 
 
513 aa  104  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>