299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2195 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1105  ATP-dependent DNA ligase  76.17 
 
 		 552 aa  830    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4135  DNA ligase, ATP-dependent  75.09 
 
 		 571 aa  845    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1134  ATP-dependent DNA ligase  75.99 
 
 		 553 aa  823    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3873  ATP-dependent DNA ligase  75.62 
 
 		 567 aa  849    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.537943 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  69.01 
 
 		 551 aa  745    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1211  ATP-dependent DNA ligase  72.78 
 
 		 562 aa  820    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837533 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  61.88 
 
 		 558 aa  658    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2195  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 552 aa  1089    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0151417  hitchhiker  0.0044454 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1145  ATP-dependent DNA ligase  75.99 
 
 		 552 aa  830    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.646236 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  61.9 
 
 		 561 aa  662    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  62.06 
 
 		 558 aa  662    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4307  ATP-dependent DNA ligase  76.9 
 
 		 552 aa  846    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.66248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  65.71 
 
 		 559 aa  682    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  64.65 
 
 		 566 aa  659    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3044  ATP-dependent DNA ligase  65.06 
 
 		 563 aa  672    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0164872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0311  ATP-dependent DNA ligase  64.81 
 
 		 559 aa  673    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.194095 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  67.86 
 
 		 551 aa  711    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  61.4 
 
 		 542 aa  634  1e-180  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  53.53 
 
 		 552 aa  541  9.999999999999999e-153  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  53.71 
 
 		 544 aa  532  1e-150  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  51.61 
 
 		 584 aa  527  1e-148  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1755  ATP dependent DNA ligase  46.93 
 
 		 533 aa  509  1e-143  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  49.28 
 
 		 532 aa  496  1e-139  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02270  DNA ligase  48.29 
 
 		 530 aa  493  9.999999999999999e-139  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  49.02 
 
 		 538 aa  488  1e-136  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  48.37 
 
 		 530 aa  486  1e-136  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2589  ATP-dependent DNA ligase  50.54 
 
 		 534 aa  472  1e-132  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00328254 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  49.19 
 
 		 532 aa  465  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  49.19 
 
 		 533 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  48.92 
 
 		 534 aa  460  9.999999999999999e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  48.82 
 
 		 533 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  50 
 
 		 535 aa  454  1.0000000000000001e-126  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  48.03 
 
 		 532 aa  450  1e-125  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  44.34 
 
 		 535 aa  444  1e-123  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1040  ATP-dependent DNA ligase  44.27 
 
 		 554 aa  419  1e-116  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.081093  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  44.11 
 
 		 551 aa  417  9.999999999999999e-116  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  38.8 
 
 		 546 aa  417  9.999999999999999e-116  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  38.45 
 
 		 546 aa  411  1e-113  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0733  ATP-dependent DNA ligase  38.27 
 
 		 546 aa  405  1.0000000000000001e-112  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.12622  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  39.01 
 
 		 545 aa  399  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0032  ATP-dependent DNA ligase  40.43 
 
 		 536 aa  331  2e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  40.51 
 
 		 550 aa  328  2.0000000000000001e-88  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1470  ATP dependent DNA ligase  40.49 
 
 		 542 aa  327  2.0000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.997789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  40.85 
 
 		 532 aa  328  2.0000000000000001e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1071  ATP dependent DNA ligase  40.79 
 
 		 574 aa  324  3e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  41.34 
 
 		 514 aa  322  9.999999999999999e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0803  ATP-dependent DNA ligase  38.61 
 
 		 541 aa  321  3e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.117454 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0628  ATP dependent DNA ligase  40.21 
 
 		 568 aa  320  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.639244  decreased coverage  0.00714589 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  39.61 
 
 		 531 aa  318  1e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0751  ATP-dependent DNA ligase  39.97 
 
 		 578 aa  318  2e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.280099 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  39.41 
 
 		 570 aa  316  6e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0915  ATP-dependent DNA ligase  37.79 
 
 		 541 aa  316  7e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137062  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  41.12 
 
 		 522 aa  314  1.9999999999999998e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0462  ATP-dependent DNA ligase  40.23 
 
 		 594 aa  313  3.9999999999999997e-84  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3691  ATP dependent DNA ligase  38.82 
 
 		 572 aa  312  7.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6007  ATP-dependent DNA ligase  37.7 
 
 		 539 aa  311  2.9999999999999997e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4044  ATP-dependent DNA ligase  40.18 
 
 		 539 aa  308  2.0000000000000002e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4898  ATP-dependent DNA ligase  39.01 
 
 		 539 aa  308  2.0000000000000002e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2804  ATP-dependent DNA ligase  38.05 
 
 		 537 aa  303  5.000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.414276  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3432  ATP dependent DNA ligase  37.91 
 
 		 576 aa  301  2e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0304262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3561  ATP dependent DNA ligase  37.04 
 
 		 614 aa  293  8e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.147448 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0553  ATP-dependent DNA ligase  39.76 
 
 		 561 aa  291  2e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0798  ATP-dependent DNA ligase  40.91 
 
 		 648 aa  290  4e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109452  normal  0.0163574 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0870  ATP-dependent DNA ligase  42.58 
 
 		 622 aa  287  4e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140434  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3237  ATP dependent DNA ligase  35.65 
 
 		 613 aa  284  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.330095  normal  0.222492 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0793  ATP-dependent DNA ligase  42.83 
 
 		 630 aa  279  7e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.758441 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4617  ATP-dependent DNA ligase  42.18 
 
 		 622 aa  277  4e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00668  DNA ligase  32.61 
 
 		 576 aa  274  3e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.60466  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  32.25 
 
 		 576 aa  208  2e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  38.73 
 
 		 1017 aa  183  8.000000000000001e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.29 
 
 		 509 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.15 
 
 		 562 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  29.19 
 
 		 583 aa  139  1e-31  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.54 
 
 		 548 aa  139  2e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.77 
 
 		 592 aa  139  2e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  32 
 
 		 527 aa  134  3.9999999999999996e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  25.81 
 
 		 568 aa  133  6.999999999999999e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0150  ATP-dependent DNA ligase  27.14 
 
 		 598 aa  132  1.0000000000000001e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.132861  normal  0.011821 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.92 
 
 		 552 aa  131  3e-29  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  34.22 
 
 		 519 aa  129  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  28.81 
 
 		 567 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.78 
 
 		 550 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.82 
 
 		 553 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.89 
 
 		 610 aa  127  6e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  27.36 
 
 		 584 aa  127  7e-28  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.74 
 
 		 556 aa  125  2e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  27.65 
 
 		 584 aa  125  2e-27  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  28.4 
 
 		 547 aa  124  3e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  32.29 
 
 		 513 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1124  ATP-dependent DNA ligase  26.31 
 
 		 603 aa  121  3e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000816424  normal  0.578001 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.51 
 
 		 531 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  32.68 
 
 		 513 aa  120  7e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.01 
 
 		 594 aa  117  3.9999999999999997e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.91 
 
 		 539 aa  117  6e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1685  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.93 
 
 		 573 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0750  ATP-dependent DNA ligase  26.25 
 
 		 601 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  27 
 
 		 546 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1170  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  23.82 
 
 		 601 aa  115  3e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.51261  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  27.38 
 
 		 584 aa  114  3e-24  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  31.65 
 
 		 513 aa  114  6e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>