258 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4135 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  58.29 
 
 		 558 aa  650    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1105  ATP-dependent DNA ligase  75.09 
 
 		 552 aa  866    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4135  DNA ligase, ATP-dependent  100 
 
 		 571 aa  1159    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3873  ATP-dependent DNA ligase  95.97 
 
 		 567 aa  1092    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.537943 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  64.62 
 
 		 551 aa  737    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1145  ATP-dependent DNA ligase  75.09 
 
 		 552 aa  866    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.646236 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4307  ATP-dependent DNA ligase  75.44 
 
 		 552 aa  869    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.66248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1211  ATP-dependent DNA ligase  77.19 
 
 		 562 aa  889    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837533 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3044  ATP-dependent DNA ligase  63.6 
 
 		 563 aa  698    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0164872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  58.46 
 
 		 558 aa  647    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  57.65 
 
 		 561 aa  642    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  65.85 
 
 		 551 aa  730    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  64.14 
 
 		 566 aa  698    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0311  ATP-dependent DNA ligase  63.07 
 
 		 559 aa  691    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.194095 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  63.24 
 
 		 559 aa  694    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1134  ATP-dependent DNA ligase  75.09 
 
 		 553 aa  845    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2195  ATP-dependent DNA ligase  75.09 
 
 		 552 aa  858    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0151417  hitchhiker  0.0044454 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  57.94 
 
 		 542 aa  629  1e-179  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  50.68 
 
 		 552 aa  530  1e-149  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  50.51 
 
 		 544 aa  522  1e-147  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  48.87 
 
 		 584 aa  511  1e-143  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  47.92 
 
 		 538 aa  488  1e-136  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02270  DNA ligase  45.55 
 
 		 530 aa  486  1e-136  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1755  ATP dependent DNA ligase  44.68 
 
 		 533 aa  486  1e-136  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  47.39 
 
 		 532 aa  479  1e-134  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  45.63 
 
 		 530 aa  475  1e-133  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2589  ATP-dependent DNA ligase  48.7 
 
 		 534 aa  472  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00328254 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  47.11 
 
 		 532 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  47.11 
 
 		 533 aa  458  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  47.11 
 
 		 533 aa  457  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  46.86 
 
 		 532 aa  455  1.0000000000000001e-126  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  47.83 
 
 		 535 aa  449  1e-125  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  46.17 
 
 		 534 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  44.06 
 
 		 535 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  37.11 
 
 		 546 aa  412  1e-114  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  43.95 
 
 		 551 aa  412  1e-113  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  36.94 
 
 		 546 aa  408  1.0000000000000001e-112  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1040  ATP-dependent DNA ligase  42.49 
 
 		 554 aa  405  1e-111  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.081093  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0733  ATP-dependent DNA ligase  37.57 
 
 		 546 aa  397  1e-109  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.12622  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  37.56 
 
 		 545 aa  393  1e-108  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0032  ATP-dependent DNA ligase  38.34 
 
 		 536 aa  318  2e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1071  ATP dependent DNA ligase  37.5 
 
 		 574 aa  315  1.9999999999999998e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  38.04 
 
 		 532 aa  307  4.0000000000000004e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0915  ATP-dependent DNA ligase  36.78 
 
 		 541 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137062  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  36.28 
 
 		 514 aa  303  5.000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0803  ATP-dependent DNA ligase  36.1 
 
 		 541 aa  301  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.117454 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  37.06 
 
 		 550 aa  299  8e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1470  ATP dependent DNA ligase  36.52 
 
 		 542 aa  298  2e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.997789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0628  ATP dependent DNA ligase  37.4 
 
 		 568 aa  297  4e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.639244  decreased coverage  0.00714589 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  37.18 
 
 		 531 aa  294  3e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4044  ATP-dependent DNA ligase  37.48 
 
 		 539 aa  294  3e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  36 
 
 		 570 aa  294  4e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  38.5 
 
 		 522 aa  292  9e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3691  ATP dependent DNA ligase  35.74 
 
 		 572 aa  290  4e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0462  ATP-dependent DNA ligase  37.87 
 
 		 594 aa  288  2e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0751  ATP-dependent DNA ligase  37.64 
 
 		 578 aa  286  8e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.280099 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6007  ATP-dependent DNA ligase  35.38 
 
 		 539 aa  285  2.0000000000000002e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4898  ATP-dependent DNA ligase  36.02 
 
 		 539 aa  283  6.000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3432  ATP dependent DNA ligase  35.26 
 
 		 576 aa  280  6e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0304262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0798  ATP-dependent DNA ligase  38.36 
 
 		 648 aa  280  7e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109452  normal  0.0163574 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2804  ATP-dependent DNA ligase  35.14 
 
 		 537 aa  278  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.414276  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3561  ATP dependent DNA ligase  34.41 
 
 		 614 aa  271  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.147448 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3237  ATP dependent DNA ligase  33.85 
 
 		 613 aa  270  4e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.330095  normal  0.222492 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0870  ATP-dependent DNA ligase  40.37 
 
 		 622 aa  268  2e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140434  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0553  ATP-dependent DNA ligase  36.61 
 
 		 561 aa  261  2e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4617  ATP-dependent DNA ligase  38.22 
 
 		 622 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0793  ATP-dependent DNA ligase  39.09 
 
 		 630 aa  256  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.758441 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00668  DNA ligase  30.45 
 
 		 576 aa  248  2e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.60466  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  29.77 
 
 		 576 aa  181  4e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.44 
 
 		 1017 aa  167  5e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.65 
 
 		 509 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.99 
 
 		 562 aa  130  6e-29  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.79 
 
 		 592 aa  127  5e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.89 
 
 		 553 aa  126  1e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.55 
 
 		 556 aa  125  3e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  29.08 
 
 		 567 aa  124  7e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.73 
 
 		 610 aa  123  9e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.43 
 
 		 548 aa  121  3e-26  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  29.35 
 
 		 527 aa  120  6e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  24.42 
 
 		 568 aa  118  3e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  25.71 
 
 		 547 aa  117  5e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0150  ATP-dependent DNA ligase  24.8 
 
 		 598 aa  117  5e-25  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.132861  normal  0.011821 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.22 
 
 		 522 aa  116  8.999999999999998e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25 
 
 		 550 aa  116  8.999999999999998e-25  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.27 
 
 		 552 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0293  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.9 
 
 		 573 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.33298  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  28.34 
 
 		 513 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  29.69 
 
 		 519 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  29.3 
 
 		 513 aa  111  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1170  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  23.6 
 
 		 601 aa  110  1e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.51261  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  28.53 
 
 		 513 aa  109  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1685  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.56 
 
 		 573 aa  108  2e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  26.36 
 
 		 546 aa  108  3e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  26.26 
 
 		 511 aa  107  5e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  27.47 
 
 		 508 aa  107  6e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0750  ATP-dependent DNA ligase  26.68 
 
 		 601 aa  105  2e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.89 
 
 		 539 aa  105  2e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0215  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.99 
 
 		 573 aa  105  2e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.21738 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  23.83 
 
 		 583 aa  104  3e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0793  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.99 
 
 		 573 aa  104  3e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.027506  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>