More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0412 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  100 
 
 		 514 aa  1009    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4044  ATP-dependent DNA ligase  60.78 
 
 		 539 aa  605  9.999999999999999e-173  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0032  ATP-dependent DNA ligase  58.3 
 
 		 536 aa  593  1e-168  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4898  ATP-dependent DNA ligase  57.62 
 
 		 539 aa  578  1e-164  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0803  ATP-dependent DNA ligase  56.9 
 
 		 541 aa  574  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.117454 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2804  ATP-dependent DNA ligase  58.35 
 
 		 537 aa  573  1.0000000000000001e-162  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.414276  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6007  ATP-dependent DNA ligase  57.46 
 
 		 539 aa  573  1.0000000000000001e-162  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0915  ATP-dependent DNA ligase  56.72 
 
 		 541 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137062  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1470  ATP dependent DNA ligase  56.38 
 
 		 542 aa  557  1e-157  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.997789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  56.37 
 
 		 570 aa  555  1e-157  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0628  ATP dependent DNA ligase  57.58 
 
 		 568 aa  557  1e-157  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.639244  decreased coverage  0.00714589 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3432  ATP dependent DNA ligase  54.37 
 
 		 576 aa  548  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0304262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1071  ATP dependent DNA ligase  54.74 
 
 		 574 aa  538  9.999999999999999e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3691  ATP dependent DNA ligase  54.14 
 
 		 572 aa  538  1e-151  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3237  ATP dependent DNA ligase  51.75 
 
 		 613 aa  536  1e-151  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.330095  normal  0.222492 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3561  ATP dependent DNA ligase  52.01 
 
 		 614 aa  537  1e-151  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.147448 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0751  ATP-dependent DNA ligase  53.37 
 
 		 578 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.280099 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  56.73 
 
 		 522 aa  516  1.0000000000000001e-145  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0462  ATP-dependent DNA ligase  50.68 
 
 		 594 aa  514  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  52.35 
 
 		 550 aa  514  1e-144  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  53.38 
 
 		 531 aa  510  1e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0870  ATP-dependent DNA ligase  47.45 
 
 		 622 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140434  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0553  ATP-dependent DNA ligase  54.33 
 
 		 561 aa  500  1e-140  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  53.75 
 
 		 532 aa  496  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00668  DNA ligase  42.51 
 
 		 576 aa  454  1.0000000000000001e-126  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.60466  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0798  ATP-dependent DNA ligase  53.95 
 
 		 648 aa  441  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109452  normal  0.0163574 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0793  ATP-dependent DNA ligase  54.4 
 
 		 630 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.758441 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4617  ATP-dependent DNA ligase  53.95 
 
 		 622 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  40.07 
 
 		 584 aa  360  3e-98  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  44.23 
 
 		 533 aa  348  2e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  44.23 
 
 		 533 aa  347  3e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  44.51 
 
 		 532 aa  347  4e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  41.92 
 
 		 551 aa  341  2e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02270  DNA ligase  39.25 
 
 		 530 aa  337  2.9999999999999997e-91  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  39.28 
 
 		 530 aa  337  2.9999999999999997e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  42.56 
 
 		 532 aa  337  3.9999999999999995e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2589  ATP-dependent DNA ligase  43.05 
 
 		 534 aa  336  5e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00328254 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  38.52 
 
 		 535 aa  334  2e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  39.96 
 
 		 544 aa  332  1e-89  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  38.94 
 
 		 532 aa  330  5.0000000000000004e-89  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  42.36 
 
 		 551 aa  329  7e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  39.85 
 
 		 552 aa  328  1.0000000000000001e-88  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  41.54 
 
 		 566 aa  325  9e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1105  ATP-dependent DNA ligase  39.75 
 
 		 552 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1145  ATP-dependent DNA ligase  40.29 
 
 		 552 aa  324  3e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.646236 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2195  ATP-dependent DNA ligase  41.34 
 
 		 552 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0151417  hitchhiker  0.0044454 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  40.03 
 
 		 559 aa  320  5e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1755  ATP dependent DNA ligase  37.15 
 
 		 533 aa  320  6e-86  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  40.56 
 
 		 534 aa  318  2e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4307  ATP-dependent DNA ligase  39.18 
 
 		 552 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.66248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0311  ATP-dependent DNA ligase  39.69 
 
 		 559 aa  312  7.999999999999999e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.194095 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  38.75 
 
 		 538 aa  310  5e-83  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  38.7 
 
 		 558 aa  309  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  41.96 
 
 		 535 aa  306  5.0000000000000004e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  38.81 
 
 		 558 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3044  ATP-dependent DNA ligase  40.53 
 
 		 563 aa  301  1e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0164872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  38.42 
 
 		 561 aa  299  7e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3873  ATP-dependent DNA ligase  36.71 
 
 		 567 aa  296  8e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.537943 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1211  ATP-dependent DNA ligase  36.68 
 
 		 562 aa  295  1e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837533 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  33.58 
 
 		 545 aa  295  1e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  38.66 
 
 		 542 aa  295  2e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4135  DNA ligase, ATP-dependent  36.28 
 
 		 571 aa  293  5e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1134  ATP-dependent DNA ligase  38.68 
 
 		 553 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  33.21 
 
 		 546 aa  291  2e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  32.66 
 
 		 546 aa  290  4e-77  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0733  ATP-dependent DNA ligase  32.66 
 
 		 546 aa  288  1e-76  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.12622  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1040  ATP-dependent DNA ligase  36.55 
 
 		 554 aa  283  5.000000000000001e-75  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.081093  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  37.42 
 
 		 551 aa  270  4e-71  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  31.47 
 
 		 576 aa  210  5e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  37.08 
 
 		 1017 aa  184  3e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.57 
 
 		 553 aa  155  2e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.6 
 
 		 552 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.48 
 
 		 531 aa  153  8e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.23 
 
 		 548 aa  153  8.999999999999999e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.77 
 
 		 556 aa  152  2e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  38.04 
 
 		 539 aa  152  2e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  31.14 
 
 		 567 aa  146  1e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.02 
 
 		 550 aa  145  2e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.1 
 
 		 610 aa  144  3e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  29.85 
 
 		 546 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.37 
 
 		 562 aa  139  8.999999999999999e-32  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2592  ATP-dependent DNA ligase  33.93 
 
 		 507 aa  138  2e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000184866 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  30.34 
 
 		 568 aa  138  2e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.18 
 
 		 592 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  29.5 
 
 		 584 aa  136  7.000000000000001e-31  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  32.5 
 
 		 513 aa  136  8e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  35.74 
 
 		 519 aa  136  9e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  32.18 
 
 		 513 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  30.02 
 
 		 583 aa  133  7.999999999999999e-30  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  28.41 
 
 		 584 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  30.28 
 
 		 547 aa  131  3e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.63 
 
 		 594 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  28.63 
 
 		 584 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  34.53 
 
 		 513 aa  127  5e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.75 
 
 		 510 aa  126  9e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4316  ATP-dependent DNA ligase  35.95 
 
 		 503 aa  125  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.375111  normal  0.488131 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.57 
 
 		 509 aa  126  1e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.08 
 
 		 522 aa  125  2e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0096  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.09 
 
 		 506 aa  124  4e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0228406  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1643  DNA ligase (ATP)  26.86 
 
 		 549 aa  123  7e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>