More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0793 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0870  ATP-dependent DNA ligase  87.46 
 
 		 622 aa  1086    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140434  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0462  ATP-dependent DNA ligase  68.12 
 
 		 594 aa  826    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4617  ATP-dependent DNA ligase  86.35 
 
 		 622 aa  1056    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3237  ATP dependent DNA ligase  57.77 
 
 		 613 aa  657    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.330095  normal  0.222492 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0751  ATP-dependent DNA ligase  76.59 
 
 		 578 aa  898    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.280099 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0793  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 630 aa  1265    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.758441 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3561  ATP dependent DNA ligase  58.67 
 
 		 614 aa  667    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.147448 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0553  ATP-dependent DNA ligase  72.44 
 
 		 561 aa  820    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0628  ATP dependent DNA ligase  59.39 
 
 		 568 aa  681    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.639244  decreased coverage  0.00714589 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0798  ATP-dependent DNA ligase  74.42 
 
 		 648 aa  931    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109452  normal  0.0163574 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1470  ATP dependent DNA ligase  70.05 
 
 		 542 aa  637    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.997789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3432  ATP dependent DNA ligase  57.95 
 
 		 576 aa  655    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0304262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  65.49 
 
 		 570 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3691  ATP dependent DNA ligase  65.84 
 
 		 572 aa  579  1e-164  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1071  ATP dependent DNA ligase  61.04 
 
 		 574 aa  543  1e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4898  ATP-dependent DNA ligase  58.25 
 
 		 539 aa  517  1.0000000000000001e-145  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  48.87 
 
 		 550 aa  513  1e-144  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0032  ATP-dependent DNA ligase  59.01 
 
 		 536 aa  513  1e-144  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4044  ATP-dependent DNA ligase  57.67 
 
 		 539 aa  501  1e-140  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6007  ATP-dependent DNA ligase  54.33 
 
 		 539 aa  482  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0915  ATP-dependent DNA ligase  53.18 
 
 		 541 aa  475  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137062  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2804  ATP-dependent DNA ligase  54.95 
 
 		 537 aa  467  9.999999999999999e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.414276  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0803  ATP-dependent DNA ligase  52.75 
 
 		 541 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.117454 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  54.4 
 
 		 514 aa  439  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  53.06 
 
 		 522 aa  418  9.999999999999999e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  51.09 
 
 		 531 aa  416  9.999999999999999e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  51.84 
 
 		 532 aa  412  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00668  DNA ligase  42.48 
 
 		 576 aa  366  1e-100  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.60466  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  40.27 
 
 		 584 aa  306  1.0000000000000001e-81  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  36.28 
 
 		 544 aa  296  6e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  41.94 
 
 		 530 aa  296  7e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  42.98 
 
 		 551 aa  295  2e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  34.5 
 
 		 532 aa  295  2e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  45.03 
 
 		 551 aa  294  3e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  44.82 
 
 		 566 aa  290  5.0000000000000004e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  45.22 
 
 		 552 aa  290  8e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  44.78 
 
 		 532 aa  287  5e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2589  ATP-dependent DNA ligase  44.92 
 
 		 534 aa  286  1.0000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00328254 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2195  ATP-dependent DNA ligase  42.83 
 
 		 552 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0151417  hitchhiker  0.0044454 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  43.02 
 
 		 533 aa  284  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  42.79 
 
 		 533 aa  283  8.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  40.41 
 
 		 558 aa  281  3e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3044  ATP-dependent DNA ligase  43.25 
 
 		 563 aa  280  7e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0164872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  40.62 
 
 		 558 aa  278  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02270  DNA ligase  41.45 
 
 		 530 aa  278  2e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  43.2 
 
 		 534 aa  277  4e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  43.75 
 
 		 542 aa  276  9e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  36.23 
 
 		 532 aa  276  1.0000000000000001e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  43.89 
 
 		 559 aa  276  1.0000000000000001e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1211  ATP-dependent DNA ligase  41.87 
 
 		 562 aa  271  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837533 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  39.96 
 
 		 561 aa  271  2e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0311  ATP-dependent DNA ligase  43.18 
 
 		 559 aa  271  2e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.194095 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4307  ATP-dependent DNA ligase  41.95 
 
 		 552 aa  271  4e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.66248  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  38.41 
 
 		 535 aa  270  8e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3873  ATP-dependent DNA ligase  39.62 
 
 		 567 aa  269  1e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.537943 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  40 
 
 		 535 aa  268  2e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1145  ATP-dependent DNA ligase  42.73 
 
 		 552 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.646236 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1105  ATP-dependent DNA ligase  42.5 
 
 		 552 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1755  ATP dependent DNA ligase  36.15 
 
 		 533 aa  263  6e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4135  DNA ligase, ATP-dependent  39.09 
 
 		 571 aa  263  8e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1134  ATP-dependent DNA ligase  41.63 
 
 		 553 aa  262  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  39.12 
 
 		 551 aa  256  1.0000000000000001e-66  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0733  ATP-dependent DNA ligase  34.43 
 
 		 546 aa  254  3e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.12622  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  33.99 
 
 		 546 aa  253  8.000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  33.84 
 
 		 545 aa  252  2e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  33.77 
 
 		 546 aa  250  4e-65  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  38.58 
 
 		 538 aa  250  5e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1040  ATP-dependent DNA ligase  37.11 
 
 		 554 aa  235  2.0000000000000002e-60  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.081093  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  32.87 
 
 		 576 aa  176  9e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  29.69 
 
 		 567 aa  160  5e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.48 
 
 		 592 aa  159  1e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  37.57 
 
 		 1017 aa  153  7e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.18 
 
 		 562 aa  144  6e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.68 
 
 		 553 aa  139  1e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.25 
 
 		 509 aa  138  4e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  36.13 
 
 		 513 aa  137  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.78 
 
 		 550 aa  136  9.999999999999999e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  35.16 
 
 		 513 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.7 
 
 		 594 aa  130  9.000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  30.56 
 
 		 568 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.94 
 
 		 552 aa  128  3e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.7 
 
 		 522 aa  127  5e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  33.96 
 
 		 513 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.52 
 
 		 548 aa  124  6e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  33.04 
 
 		 519 aa  123  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  32.62 
 
 		 508 aa  123  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4316  ATP-dependent DNA ligase  35.34 
 
 		 503 aa  122  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.375111  normal  0.488131 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  28.11 
 
 		 547 aa  122  3e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.04 
 
 		 610 aa  119  9.999999999999999e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  34.2 
 
 		 527 aa  119  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  35.04 
 
 		 592 aa  117  6e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  29.98 
 
 		 546 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.74 
 
 		 556 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  31.07 
 
 		 511 aa  115  3e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2845  ATP-dependent DNA ligase  35.38 
 
 		 509 aa  115  3e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.45 
 
 		 588 aa  114  6e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13079  ATP-dependent DNA ligase  32.1 
 
 		 507 aa  113  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.43 
 
 		 510 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.4 
 
 		 531 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0293  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.33 
 
 		 573 aa  112  3e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.33298  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>