284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4680 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1105  ATP-dependent DNA ligase  62.01 
 
 
552 aa  658    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3873  ATP-dependent DNA ligase  58.83 
 
 
567 aa  635    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.537943 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  61.39 
 
 
551 aa  652    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1211  ATP-dependent DNA ligase  58.16 
 
 
562 aa  636    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.837533 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2195  ATP-dependent DNA ligase  61.9 
 
 
552 aa  662    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0151417  hitchhiker  0.0044454 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 
561 aa  1113    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4307  ATP-dependent DNA ligase  60.6 
 
 
552 aa  652    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.66248  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  83.21 
 
 
558 aa  940    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1134  ATP-dependent DNA ligase  61.02 
 
 
553 aa  635    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720613  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  62.86 
 
 
542 aa  642    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  83.57 
 
 
558 aa  941    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1145  ATP-dependent DNA ligase  61.13 
 
 
552 aa  649    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.646236 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  61.2 
 
 
559 aa  630  1e-179  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4135  DNA ligase, ATP-dependent  57.65 
 
 
571 aa  625  1e-178  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0311  ATP-dependent DNA ligase  61.02 
 
 
559 aa  626  1e-178  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.194095 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  60.32 
 
 
566 aa  610  1e-173  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3044  ATP-dependent DNA ligase  58.07 
 
 
563 aa  595  1e-169  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0164872  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  56.64 
 
 
551 aa  589  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  52.88 
 
 
552 aa  532  1e-150  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  52.88 
 
 
544 aa  525  1e-147  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2589  ATP-dependent DNA ligase  52.75 
 
 
534 aa  511  1e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00328254 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  49.82 
 
 
584 aa  510  1e-143  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  49.11 
 
 
530 aa  505  1e-141  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  47.96 
 
 
538 aa  493  9.999999999999999e-139  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  50.63 
 
 
532 aa  491  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  46.77 
 
 
532 aa  487  1e-136  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  49.55 
 
 
533 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  49.37 
 
 
533 aa  484  1e-135  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  48.57 
 
 
534 aa  483  1e-135  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1755  ATP dependent DNA ligase  45.6 
 
 
533 aa  478  1e-133  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  49.11 
 
 
532 aa  473  1e-132  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  45.14 
 
 
535 aa  465  9.999999999999999e-131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02270  DNA ligase  46.06 
 
 
530 aa  466  9.999999999999999e-131  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  47.51 
 
 
535 aa  439  9.999999999999999e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1040  ATP-dependent DNA ligase  40.49 
 
 
554 aa  416  9.999999999999999e-116  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.081093  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  37.5 
 
 
546 aa  407  1.0000000000000001e-112  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  40.49 
 
 
551 aa  400  9.999999999999999e-111  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  36.67 
 
 
546 aa  399  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0733  ATP-dependent DNA ligase  37.03 
 
 
546 aa  393  1e-108  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.12622  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  36.46 
 
 
545 aa  387  1e-106  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1071  ATP dependent DNA ligase  39.32 
 
 
574 aa  309  8e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0915  ATP-dependent DNA ligase  37.57 
 
 
541 aa  301  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137062  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0803  ATP-dependent DNA ligase  38.27 
 
 
541 aa  301  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.117454 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4898  ATP-dependent DNA ligase  40.49 
 
 
539 aa  300  3e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2804  ATP-dependent DNA ligase  37.94 
 
 
537 aa  300  4e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.414276  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  38.42 
 
 
514 aa  299  8e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  39.23 
 
 
532 aa  299  1e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0032  ATP-dependent DNA ligase  38.11 
 
 
536 aa  295  2e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  36.88 
 
 
550 aa  291  2e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6007  ATP-dependent DNA ligase  37.86 
 
 
539 aa  291  2e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4044  ATP-dependent DNA ligase  39.44 
 
 
539 aa  291  3e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  37.65 
 
 
531 aa  289  1e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0870  ATP-dependent DNA ligase  40.77 
 
 
622 aa  289  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140434  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0628  ATP dependent DNA ligase  39.49 
 
 
568 aa  288  2e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.639244  decreased coverage  0.00714589 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1470  ATP dependent DNA ligase  36.92 
 
 
542 aa  288  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.997789  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  41.26 
 
 
522 aa  285  2.0000000000000002e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0751  ATP-dependent DNA ligase  37.46 
 
 
578 aa  284  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.280099 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  37.79 
 
 
570 aa  280  4e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4617  ATP-dependent DNA ligase  39.2 
 
 
622 aa  272  1e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3432  ATP dependent DNA ligase  37.31 
 
 
576 aa  270  4e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0304262  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0798  ATP-dependent DNA ligase  37.59 
 
 
648 aa  270  5.9999999999999995e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109452  normal  0.0163574 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0462  ATP-dependent DNA ligase  36.14 
 
 
594 aa  266  5e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0793  ATP-dependent DNA ligase  39.88 
 
 
630 aa  267  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.758441 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3691  ATP dependent DNA ligase  37.63 
 
 
572 aa  261  2e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3237  ATP dependent DNA ligase  35.9 
 
 
613 aa  260  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.330095  normal  0.222492 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00668  DNA ligase  31.98 
 
 
576 aa  256  7e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.60466  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0553  ATP-dependent DNA ligase  38.25 
 
 
561 aa  255  2.0000000000000002e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3561  ATP dependent DNA ligase  35.04 
 
 
614 aa  254  3e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.147448 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  30.8 
 
 
576 aa  210  6e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  40.24 
 
 
1017 aa  187  4e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.23 
 
 
552 aa  160  8e-38  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.79 
 
 
592 aa  158  2e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.95 
 
 
556 aa  150  8e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  25.52 
 
 
567 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  36.27 
 
 
553 aa  149  2.0000000000000003e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.52 
 
 
550 aa  144  5e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  27.82 
 
 
584 aa  142  9.999999999999999e-33  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.62 
 
 
509 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 
527 aa  140  6e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  27.6 
 
 
583 aa  139  1e-31  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.3 
 
 
562 aa  138  2e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  25.68 
 
 
568 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.19 
 
 
610 aa  137  4e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  27.95 
 
 
584 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  30.67 
 
 
513 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.06 
 
 
594 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  27.61 
 
 
547 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.88 
 
 
522 aa  132  2.0000000000000002e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  26.38 
 
 
584 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.71 
 
 
548 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0150  ATP-dependent DNA ligase  25.89 
 
 
598 aa  130  6e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.132861  normal  0.011821 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 
508 aa  129  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  35.13 
 
 
513 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  35.58 
 
 
519 aa  127  6e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  31.73 
 
 
513 aa  127  7e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  33.44 
 
 
511 aa  125  3e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4586  ATP-dependent DNA ligase  35.65 
 
 
517 aa  124  4e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1124  ATP-dependent DNA ligase  26.1 
 
 
603 aa  122  1.9999999999999998e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000816424  normal  0.578001 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0793  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.08 
 
 
573 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.027506  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1170  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  24.82 
 
 
601 aa  121  3e-26  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.51261  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>