More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5292 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1105  ATP-dependent DNA ligase  61.99 
 
 
552 aa  664    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3873  ATP-dependent DNA ligase  59.83 
 
 
567 aa  639    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.537943 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  62.25 
 
 
551 aa  662    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1134  ATP-dependent DNA ligase  61.35 
 
 
553 aa  638    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720613  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1211  ATP-dependent DNA ligase  57.24 
 
 
562 aa  637    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.837533 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2195  ATP-dependent DNA ligase  62.06 
 
 
552 aa  662    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0151417  hitchhiker  0.0044454 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 
558 aa  1112    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4307  ATP-dependent DNA ligase  62.17 
 
 
552 aa  663    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.66248  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  93.37 
 
 
558 aa  1046    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  83.57 
 
 
561 aa  941    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1145  ATP-dependent DNA ligase  61.81 
 
 
552 aa  661    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.646236 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  64.87 
 
 
542 aa  665    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4135  DNA ligase, ATP-dependent  58.29 
 
 
571 aa  633  1e-180  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  60.11 
 
 
559 aa  624  1e-177  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0311  ATP-dependent DNA ligase  59.93 
 
 
559 aa  618  1e-176  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.194095 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3044  ATP-dependent DNA ligase  58.8 
 
 
563 aa  610  1e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0164872  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  58.94 
 
 
566 aa  606  9.999999999999999e-173  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  57.47 
 
 
551 aa  602  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  54.82 
 
 
552 aa  553  1e-156  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  53.63 
 
 
544 aa  539  9.999999999999999e-153  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  52.77 
 
 
584 aa  536  1e-151  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2589  ATP-dependent DNA ligase  53.83 
 
 
534 aa  523  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00328254 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  52.62 
 
 
532 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  48.82 
 
 
530 aa  513  1e-144  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  49.45 
 
 
538 aa  511  1e-143  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  51.16 
 
 
533 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  51.16 
 
 
533 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1755  ATP dependent DNA ligase  46.39 
 
 
533 aa  497  1e-139  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  46.86 
 
 
532 aa  489  1e-137  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  49.91 
 
 
532 aa  483  1e-135  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02270  DNA ligase  46.49 
 
 
530 aa  481  1e-134  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  49.46 
 
 
534 aa  476  1e-133  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  45.57 
 
 
535 aa  476  1e-133  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  48.48 
 
 
535 aa  447  1.0000000000000001e-124  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  38.38 
 
 
546 aa  421  1e-116  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1040  ATP-dependent DNA ligase  41.4 
 
 
554 aa  414  1e-114  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.081093  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  37.66 
 
 
546 aa  415  1e-114  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  41.9 
 
 
551 aa  410  1e-113  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0733  ATP-dependent DNA ligase  37.55 
 
 
546 aa  405  1e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.12622  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  37.95 
 
 
545 aa  402  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1071  ATP dependent DNA ligase  41.03 
 
 
574 aa  322  9.999999999999999e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4898  ATP-dependent DNA ligase  40.46 
 
 
539 aa  313  7.999999999999999e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0803  ATP-dependent DNA ligase  38.41 
 
 
541 aa  312  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.117454 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  38.21 
 
 
550 aa  312  1e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2804  ATP-dependent DNA ligase  39.57 
 
 
537 aa  311  1e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.414276  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0915  ATP-dependent DNA ligase  38.68 
 
 
541 aa  312  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137062  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6007  ATP-dependent DNA ligase  38.13 
 
 
539 aa  308  1.0000000000000001e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  38.06 
 
 
532 aa  309  1.0000000000000001e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  38.7 
 
 
514 aa  309  1.0000000000000001e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  38.83 
 
 
531 aa  304  4.0000000000000003e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0032  ATP-dependent DNA ligase  38.52 
 
 
536 aa  302  9e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  37.98 
 
 
570 aa  298  1e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4044  ATP-dependent DNA ligase  39.12 
 
 
539 aa  298  2e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0628  ATP dependent DNA ligase  39.36 
 
 
568 aa  296  6e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.639244  decreased coverage  0.00714589 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1470  ATP dependent DNA ligase  36.55 
 
 
542 aa  296  7e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.997789  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0751  ATP-dependent DNA ligase  38.41 
 
 
578 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.280099 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0870  ATP-dependent DNA ligase  40.7 
 
 
622 aa  289  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140434  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  41.17 
 
 
522 aa  289  1e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4617  ATP-dependent DNA ligase  39.96 
 
 
622 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3432  ATP dependent DNA ligase  36.58 
 
 
576 aa  278  2e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0304262  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0793  ATP-dependent DNA ligase  40.41 
 
 
630 aa  276  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.758441 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3691  ATP dependent DNA ligase  37.69 
 
 
572 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0462  ATP-dependent DNA ligase  37.02 
 
 
594 aa  273  4.0000000000000004e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0798  ATP-dependent DNA ligase  37.85 
 
 
648 aa  272  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109452  normal  0.0163574 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0553  ATP-dependent DNA ligase  39.21 
 
 
561 aa  262  1e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00668  DNA ligase  32.41 
 
 
576 aa  261  2e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.60466  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3237  ATP dependent DNA ligase  34.35 
 
 
613 aa  260  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.330095  normal  0.222492 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3561  ATP dependent DNA ligase  39.7 
 
 
614 aa  257  3e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.147448 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  30.73 
 
 
576 aa  204  4e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.44 
 
 
1017 aa  195  2e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.6 
 
 
592 aa  164  4.0000000000000004e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.09 
 
 
553 aa  155  2e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.85 
 
 
552 aa  155  2e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.58 
 
 
509 aa  151  4e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.53 
 
 
562 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  26.07 
 
 
568 aa  148  3e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.77 
 
 
556 aa  145  1e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  33.24 
 
 
527 aa  145  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  24.96 
 
 
550 aa  144  3e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.05 
 
 
610 aa  144  6e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  28.31 
 
 
583 aa  141  3e-32  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  29.46 
 
 
567 aa  141  3.9999999999999997e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.79 
 
 
522 aa  139  1e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.5 
 
 
548 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  28.52 
 
 
584 aa  137  5e-31  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0150  ATP-dependent DNA ligase  25.92 
 
 
598 aa  136  9.999999999999999e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.132861  normal  0.011821 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  36.48 
 
 
513 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  28.02 
 
 
584 aa  136  9.999999999999999e-31  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  32.78 
 
 
513 aa  134  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  32.59 
 
 
547 aa  134  6e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  32.75 
 
 
508 aa  133  7.999999999999999e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  35.85 
 
 
513 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  35.58 
 
 
519 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  31.19 
 
 
546 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.95 
 
 
531 aa  128  3e-28  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.91 
 
 
594 aa  126  1e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4586  ATP-dependent DNA ligase  35.67 
 
 
517 aa  125  2e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  26.9 
 
 
584 aa  125  3e-27  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  33.23 
 
 
511 aa  124  6e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.14 
 
 
539 aa  123  9.999999999999999e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>