More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pars_0076 on replicon NC_009376
Organism: Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009954  Cmaq_1124  ATP-dependent DNA ligase  60.98 
 
 		 603 aa  735    Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000816424  normal  0.578001 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  81.55 
 
 		 583 aa  1001    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0750  ATP-dependent DNA ligase  59.04 
 
 		 601 aa  667    Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  84.59 
 
 		 584 aa  1050    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 584 aa  1187    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  82.71 
 
 		 584 aa  1025    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0814  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  50.77 
 
 		 590 aa  580  1e-164  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.389607  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0150  ATP-dependent DNA ligase  48.56 
 
 		 598 aa  560  1e-158  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.132861  normal  0.011821 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1170  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  47.82 
 
 		 601 aa  556  1e-157  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.51261  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  42.25 
 
 		 588 aa  512  1e-144  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  42.66 
 
 		 582 aa  467  9.999999999999999e-131  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1643  DNA ligase (ATP)  41.05 
 
 		 549 aa  404  1e-111  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  36.84 
 
 		 583 aa  392  1e-108  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI04170  DNA ligase, putative  36.26 
 
 		 803 aa  351  2e-95  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56005  predicted protein  34.41 
 
 		 719 aa  343  5e-93  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.410085 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  37.2 
 
 		 552 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  36.55 
 
 		 568 aa  336  7.999999999999999e-91  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_51005  predicted protein  34.37 
 
 		 651 aa  333  7.000000000000001e-90  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  34.13 
 
 		 567 aa  324  3e-87  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_16988  predicted protein  33.77 
 
 		 664 aa  322  9.999999999999999e-87  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.606353  normal  0.523448 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06069  DNA ligase (Eurofung)  33.33 
 
 		 932 aa  318  1e-85  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.08 
 
 		 550 aa  311  2e-83  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  37.54 
 
 		 553 aa  309  9e-83  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.86 
 
 		 556 aa  302  1e-80  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.55 
 
 		 592 aa  280  7e-74  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.94 
 
 		 562 aa  276  1.0000000000000001e-72  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  31.67 
 
 		 546 aa  271  2.9999999999999997e-71  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  32.47 
 
 		 547 aa  267  5e-70  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0793  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.94 
 
 		 573 aa  267  5e-70  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.027506  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.36 
 
 		 548 aa  262  1e-68  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1685  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.18 
 
 		 573 aa  259  9e-68  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.72 
 
 		 610 aa  257  5e-67  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0215  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.35 
 
 		 573 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.21738 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.8 
 
 		 531 aa  253  6e-66  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0293  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.19 
 
 		 573 aa  251  4e-65  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.33298  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.91 
 
 		 594 aa  242  1e-62  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04883  DNA ligase (Eurofung)  30.58 
 
 		 816 aa  233  7.000000000000001e-60  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.125619 
 
 
-
 
NC_006670  CNA05480  DNA ligase, putative  26.27 
 
 		 944 aa  217  4e-55  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  30.49 
 
 		 576 aa  214  3.9999999999999995e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.02 
 
 		 509 aa  211  4e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  31.38 
 
 		 513 aa  205  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  34.43 
 
 		 508 aa  204  4e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  34.12 
 
 		 513 aa  203  6e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2592  ATP-dependent DNA ligase  30.58 
 
 		 507 aa  201  3e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000184866 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.8 
 
 		 510 aa  185  2.0000000000000003e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  30.57 
 
 		 511 aa  181  4e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  31.4 
 
 		 527 aa  180  8e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  31.56 
 
 		 520 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13079  ATP-dependent DNA ligase  32.68 
 
 		 507 aa  178  2e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  31.56 
 
 		 520 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  31.56 
 
 		 520 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  33.11 
 
 		 513 aa  176  8e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.59 
 
 		 539 aa  168  2.9999999999999998e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.13 
 
 		 522 aa  165  2.0000000000000002e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  32.24 
 
 		 519 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0272  ATP-dependent DNA ligase  32.9 
 
 		 512 aa  160  6e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.000560558  hitchhiker  0.000258657 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2025  ATP-dependent DNA ligase  30.27 
 
 		 534 aa  160  8e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189008  normal  0.878138 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4316  ATP-dependent DNA ligase  31.02 
 
 		 503 aa  158  2e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.375111  normal  0.488131 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.34 
 
 		 1017 aa  157  5.0000000000000005e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0096  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.55 
 
 		 506 aa  154  2.9999999999999998e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0228406  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4586  ATP-dependent DNA ligase  29.93 
 
 		 517 aa  150  5e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00097  DNA ligase 4 (EC 6.5.1.1)(DNA ligase IV)(Polydeoxyribonucleotide synthase [ATP] 4) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BH83]  26.39 
 
 		 1009 aa  149  1.0000000000000001e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0295925  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.74 
 
 		 592 aa  144  3e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2845  ATP-dependent DNA ligase  30.86 
 
 		 509 aa  143  7e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0719  ATP-dependent DNA ligase  29.22 
 
 		 537 aa  136  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10585  predicted protein  32.94 
 
 		 337 aa  135  3e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  26.38 
 
 		 561 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4933  ATP dependent DNA ligase  34.34 
 
 		 442 aa  129  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  28.94 
 
 		 550 aa  128  3e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  28.63 
 
 		 514 aa  127  5e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  26.92 
 
 		 558 aa  127  8.000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  25.48 
 
 		 584 aa  125  2e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2195  ATP-dependent DNA ligase  27.65 
 
 		 552 aa  125  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0151417  hitchhiker  0.0044454 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  26.9 
 
 		 558 aa  125  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1211  ATP-dependent DNA ligase  25.5 
 
 		 562 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837533 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0986  DNA ligase domain-containing protein  28.17 
 
 		 385 aa  121  3e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.982379  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1755  ATP dependent DNA ligase  26.21 
 
 		 533 aa  121  3.9999999999999996e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02270  DNA ligase  25.38 
 
 		 530 aa  120  6e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1105  ATP-dependent DNA ligase  26.02 
 
 		 552 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4044  ATP-dependent DNA ligase  28.38 
 
 		 539 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  24.52 
 
 		 552 aa  116  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4307  ATP-dependent DNA ligase  27.66 
 
 		 552 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.66248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  26.66 
 
 		 532 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1145  ATP-dependent DNA ligase  25.46 
 
 		 552 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.646236 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  26.7 
 
 		 533 aa  115  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  27.56 
 
 		 566 aa  115  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  28.08 
 
 		 551 aa  114  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  26.21 
 
 		 570 aa  114  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  26.86 
 
 		 533 aa  114  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1134  ATP-dependent DNA ligase  27.89 
 
 		 553 aa  114  6e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  24.74 
 
 		 544 aa  112  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  25.08 
 
 		 535 aa  112  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0803  ATP-dependent DNA ligase  26.35 
 
 		 541 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.117454 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  24.62 
 
 		 530 aa  111  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  25.33 
 
 		 559 aa  112  3e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  24.42 
 
 		 538 aa  111  3e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  23.41 
 
 		 546 aa  111  3e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1071  ATP dependent DNA ligase  27.57 
 
 		 574 aa  110  6e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  27.14 
 
 		 531 aa  110  6e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  33.69 
 
 		 832 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>