More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpAngola_A4062 on replicon NC_010159
Organism: Yersinia pestis Angola



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A4062  biofilm formation regulator HmsP  100 
 
 
728 aa  1492    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.996641 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0152  putative phosphodiesterase  66.37 
 
 
668 aa  913    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.651531 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0094  biofilm formation regulator HmsP  99.86 
 
 
728 aa  1491    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4069  biofilm formation regulator HmsP  99.86 
 
 
728 aa  1491    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0188  putative phosphodiesterase  48.49 
 
 
662 aa  629  1e-179  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3810  putative phosphodiesterase  48.42 
 
 
668 aa  625  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.612302 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3887  putative phosphodiesterase  48.27 
 
 
668 aa  625  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3823  putative phosphodiesterase  48.42 
 
 
668 aa  626  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4894  putative phosphodiesterase  48.49 
 
 
662 aa  626  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.509756  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3991  putative phosphodiesterase  48.42 
 
 
668 aa  626  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.185818 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3931  putative phosphodiesterase  48.42 
 
 
668 aa  625  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03377  predicted diguanylate cyclase  47.81 
 
 
649 aa  615  1e-175  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  47.81 
 
 
649 aa  615  1e-175  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3838  putative phosphodiesterase  47.81 
 
 
649 aa  616  1e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.261716 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03330  hypothetical protein  47.81 
 
 
649 aa  615  1e-175  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3935  putative phosphodiesterase  47.97 
 
 
651 aa  618  1e-175  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4017  putative phosphodiesterase  47.97 
 
 
651 aa  618  1e-175  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3732  putative phosphodiesterase  47.81 
 
 
651 aa  615  1e-175  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3926  putative phosphodiesterase  47.18 
 
 
657 aa  606  9.999999999999999e-173  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3056  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.3 
 
 
679 aa  350  7e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.029022  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2823  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.04 
 
 
677 aa  347  6e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.992425  hitchhiker  0.00613346 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0965  GGDEF domain-containing protein  30.79 
 
 
680 aa  343  9e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00724002  normal  0.0458332 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0994  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.14 
 
 
678 aa  340  5.9999999999999996e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.031573  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1018  GGDEF domain-containing protein  32.54 
 
 
678 aa  340  5.9999999999999996e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00123246  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3385  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.44 
 
 
677 aa  339  9.999999999999999e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.093446  hitchhiker  0.00322897 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3557  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.63 
 
 
677 aa  336  7e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.026762  decreased coverage  0.00000188852 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0082  diguanylate cyclase  46.04 
 
 
394 aa  332  2e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0079  diguanylate cyclase  46.78 
 
 
393 aa  331  3e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3235  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.49 
 
 
684 aa  331  4e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.612111  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3276  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.34 
 
 
684 aa  328  3e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0261711  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3413  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.34 
 
 
684 aa  327  3e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.341259  hitchhiker  0.0009308 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1132  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  30.34 
 
 
684 aa  327  3e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00732829  unclonable  0.0000000000153183 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2830  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.49 
 
 
682 aa  327  7e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0701966  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.04 
 
 
684 aa  326  9e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.10926  normal  0.0282645 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.04 
 
 
684 aa  326  9e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0216958  hitchhiker  0.00000239027 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1208  GGDEF domain-containing protein  30.04 
 
 
684 aa  321  3.9999999999999996e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1034  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.55 
 
 
674 aa  321  3.9999999999999996e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.20154  hitchhiker  0.000000435621 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2604  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.55 
 
 
678 aa  292  2e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.97 
 
 
826 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.37 
 
 
891 aa  272  2e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0782  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.79 
 
 
736 aa  271  2.9999999999999997e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4512  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.64 
 
 
1276 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.292373  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.55 
 
 
1282 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0958088  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  35.16 
 
 
1093 aa  268  2.9999999999999995e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.73 
 
 
827 aa  268  4e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0142  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.98 
 
 
539 aa  267  5e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56790  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  29.48 
 
 
687 aa  265  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4938  putative lipoprotein  30.16 
 
 
686 aa  264  4e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  35.51 
 
 
1245 aa  264  4e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0672  sensory box protein  36.41 
 
 
1276 aa  263  8.999999999999999e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321974  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4631  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  35.84 
 
 
1278 aa  263  8.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.41 
 
 
1276 aa  263  8.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.26462  normal  0.0640291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0980  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.08 
 
 
683 aa  263  1e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000403216 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0704  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.41 
 
 
1276 aa  263  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.116377  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.46 
 
 
711 aa  263  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.444283  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.81 
 
 
1247 aa  262  2e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0420  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.81 
 
 
1247 aa  261  3e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285216  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1841  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.6 
 
 
598 aa  261  3e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.142292  normal  0.143257 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1767  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.13 
 
 
716 aa  261  4e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00167565  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.2 
 
 
1247 aa  260  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.201907  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0386  sensory box protein  32.61 
 
 
1247 aa  259  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.298787  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4265  PAS:GGDEF  35.09 
 
 
1278 aa  258  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.49 
 
 
890 aa  258  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4474  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.32 
 
 
683 aa  259  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.192175 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3395  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.61 
 
 
1169 aa  258  3e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.856791  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.33 
 
 
694 aa  258  3e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.479212  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.45 
 
 
989 aa  258  3e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.32 
 
 
862 aa  257  4e-67  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3992  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.57 
 
 
718 aa  258  4e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4365  GGDEF domain/EAL domain protein  28.32 
 
 
683 aa  257  5e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4487  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.72 
 
 
683 aa  256  9e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0293073 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.97 
 
 
947 aa  256  9e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.71 
 
 
810 aa  256  9e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2730  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.82 
 
 
591 aa  256  9e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0590236 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1500  sensory box protein  35.68 
 
 
998 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
1158 aa  256  1.0000000000000001e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.81 
 
 
1248 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.15 
 
 
1009 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2753  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.15 
 
 
1009 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0914  GGDEF domain-containing protein  29.19 
 
 
693 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.398639  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.92 
 
 
965 aa  255  2.0000000000000002e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2565  two component signal transduction response regulator  35.6 
 
 
703 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3143  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.58 
 
 
608 aa  255  2.0000000000000002e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.322053  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  34.66 
 
 
1245 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.08 
 
 
1101 aa  255  2.0000000000000002e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2929  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.92 
 
 
1009 aa  254  3e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  34.7 
 
 
828 aa  254  5.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3153  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35 
 
 
842 aa  253  1e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.256561  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00559  signal transduction protein  35.13 
 
 
815 aa  253  1e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3878  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.79 
 
 
892 aa  252  2e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4060  GGDEF  28.06 
 
 
705 aa  252  2e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0509  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.79 
 
 
647 aa  251  2e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.171501 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.87 
 
 
1006 aa  252  2e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1988  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.1 
 
 
695 aa  251  2e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.407024 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3507  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.53 
 
 
1012 aa  252  2e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2224  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.72 
 
 
820 aa  252  2e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.387705 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.73 
 
 
692 aa  251  3e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.844542  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  34.76 
 
 
799 aa  251  4e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36 
 
 
862 aa  251  4e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.525156  hitchhiker  0.0000167572 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  33.56 
 
 
829 aa  251  5e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>