More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A3991 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03377  predicted diguanylate cyclase  84.48 
 
 
649 aa  1135    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  84.48 
 
 
649 aa  1135    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3931  putative phosphodiesterase  99.1 
 
 
668 aa  1348    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03330  hypothetical protein  84.48 
 
 
649 aa  1135    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3823  putative phosphodiesterase  98.95 
 
 
668 aa  1347    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3887  putative phosphodiesterase  98.95 
 
 
668 aa  1347    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3810  putative phosphodiesterase  99.4 
 
 
668 aa  1353    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.612302 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3732  putative phosphodiesterase  84.48 
 
 
651 aa  1135    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4017  putative phosphodiesterase  84.64 
 
 
651 aa  1138    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3935  putative phosphodiesterase  84.64 
 
 
651 aa  1138    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0152  putative phosphodiesterase  53.09 
 
 
668 aa  684    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.651531 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0188  putative phosphodiesterase  84.89 
 
 
662 aa  1153    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3838  putative phosphodiesterase  84.64 
 
 
649 aa  1139    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.261716 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3926  putative phosphodiesterase  80.34 
 
 
657 aa  1085    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3991  putative phosphodiesterase  100 
 
 
668 aa  1362    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.185818 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4894  putative phosphodiesterase  84.74 
 
 
662 aa  1150    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.509756  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0094  biofilm formation regulator HmsP  48.42 
 
 
728 aa  620  1e-176  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4062  biofilm formation regulator HmsP  48.42 
 
 
728 aa  620  1e-176  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.996641 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4069  biofilm formation regulator HmsP  48.42 
 
 
728 aa  620  1e-176  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3056  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.86 
 
 
679 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.029022  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1018  GGDEF domain-containing protein  29.82 
 
 
678 aa  294  4e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00123246  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0965  GGDEF domain-containing protein  28.36 
 
 
680 aa  292  2e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00724002  normal  0.0458332 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0994  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.39 
 
 
678 aa  289  9e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.031573  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2823  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.51 
 
 
677 aa  287  4e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.992425  hitchhiker  0.00613346 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2830  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.61 
 
 
682 aa  282  1e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0701966  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.68 
 
 
684 aa  281  2e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.10926  normal  0.0282645 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.68 
 
 
684 aa  281  2e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0216958  hitchhiker  0.00000239027 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3235  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.65 
 
 
684 aa  281  3e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.612111  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1132  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  28.68 
 
 
684 aa  279  1e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00732829  unclonable  0.0000000000153183 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3413  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.68 
 
 
684 aa  279  1e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.341259  hitchhiker  0.0009308 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3276  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.65 
 
 
684 aa  279  1e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0261711  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1208  GGDEF domain-containing protein  28.49 
 
 
684 aa  278  2e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1034  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.81 
 
 
674 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.20154  hitchhiker  0.000000435621 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3557  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.14 
 
 
677 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.026762  decreased coverage  0.00000188852 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3385  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.38 
 
 
677 aa  274  3e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.093446  hitchhiker  0.00322897 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0079  diguanylate cyclase  40 
 
 
393 aa  268  2e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0082  diguanylate cyclase  40.16 
 
 
394 aa  264  4e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56790  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  30.37 
 
 
687 aa  249  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4938  putative lipoprotein  30.37 
 
 
686 aa  247  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2604  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.7 
 
 
678 aa  241  4e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1847  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.78 
 
 
648 aa  237  4e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4365  GGDEF domain/EAL domain protein  29.25 
 
 
683 aa  237  7e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  34.11 
 
 
685 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  34.34 
 
 
685 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.56 
 
 
709 aa  236  1.0000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.82 
 
 
876 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.46 
 
 
947 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  32.78 
 
 
1245 aa  234  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.25 
 
 
890 aa  234  3e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4262  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.88 
 
 
861 aa  234  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3153  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.68 
 
 
842 aa  235  3e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.256561  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.8 
 
 
692 aa  233  7.000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.844542  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4060  GGDEF  29.16 
 
 
705 aa  232  1e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.85 
 
 
827 aa  232  2e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.12 
 
 
576 aa  231  2e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
692 aa  231  3e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.97 
 
 
721 aa  231  3e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  34.11 
 
 
699 aa  231  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  34.11 
 
 
699 aa  230  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  34.11 
 
 
699 aa  230  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  32.31 
 
 
1245 aa  230  6e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  33.1 
 
 
703 aa  230  7e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.55 
 
 
711 aa  230  7e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.444283  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  33.64 
 
 
699 aa  229  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.86 
 
 
1212 aa  229  1e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.38 
 
 
1064 aa  229  1e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  28.55 
 
 
721 aa  229  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0086  PAS:GGDEF  33.26 
 
 
639 aa  228  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3722  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.67 
 
 
727 aa  228  2e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  33.64 
 
 
691 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.37 
 
 
1101 aa  228  2e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.25 
 
 
925 aa  227  6e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3727  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.56 
 
 
748 aa  227  6e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.26 
 
 
1499 aa  226  8e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0003  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.18 
 
 
669 aa  226  9e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0021  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.18 
 
 
1225 aa  226  9e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363406  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.75 
 
 
989 aa  226  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.76 
 
 
762 aa  225  2e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  33.26 
 
 
701 aa  224  3e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  33.33 
 
 
687 aa  224  3e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.9 
 
 
693 aa  224  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3507  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.98 
 
 
1012 aa  224  3e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.87 
 
 
683 aa  224  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00559  signal transduction protein  33.11 
 
 
815 aa  224  4e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2664  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.25 
 
 
1063 aa  224  6e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.180042  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
685 aa  223  6e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3217  signal transduction protein  32.4 
 
 
951 aa  223  7e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00711667  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.33 
 
 
693 aa  223  8e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.51 
 
 
1015 aa  223  9e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0488  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.97 
 
 
685 aa  223  9e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.51 
 
 
1015 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.94 
 
 
954 aa  222  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1326  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.51 
 
 
1015 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.18 
 
 
686 aa  223  9.999999999999999e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.6 
 
 
862 aa  222  9.999999999999999e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.51 
 
 
1015 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.595031 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0370  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.62 
 
 
981 aa  223  9.999999999999999e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.687258 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1062  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.12 
 
 
1027 aa  222  1.9999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.782086  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0980  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.47 
 
 
683 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000403216 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2577  GGDEF domain-containing protein  31.46 
 
 
1047 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>